秦佩珩其一生的學術貢獻集中在3個方面：（1）是國內學術界最早研究明清社會經濟發展的學者之一，對明清社會經濟的發展有系統的研究，主要成果有《明清社會經濟史論稿》一書；（2）是國內經濟史學界最早研究經濟史學科發展歷史的學者之一，他最早對中國經濟史學的萌芽和形成進行研究，並提出了自己的學術觀點，主要成果有《中國經濟史壇的昨日、今日和明日》、《從蓬勃到沉寂的中國經濟史》、《目前中國經濟史研究存在的幾個問題》、《中國經濟史研究應走的新途徑》、《史海夜航》等論文；（3）是國內經濟史學界最早研究城市經濟的學者之一；（4）對經濟史學科建設和人才培養提出許多建議。其觀點有研究經濟史要注意方法論，研究經濟史要注意和新興學科的結合。論文和專著主要有：《遼代貨幣新考》，《古代經濟史》，《明代經濟史論述叢初稿》，《中國古代地理史剩稿》、《中國史部目錄學論要》、《南詔史淵源略論稿》等。
秦佩珩是中國民主促進會河南省組織的創始人，曾任民進中共參議委員會委員、民進中央直屬河南省支部主任，河南省政協常委。
