馬庫斯·史坦茲於2003/2004演出季期間被任命為科隆愛樂樂團的音樂指揮,並於2004/2005演出季伊始擔任樂團音樂總監。
科隆愛樂樂團有幸首演了很多傳世佳作,例如勃拉姆斯的《二重奏協奏曲》(作品102號)、理察·施特勞斯的《蒂爾的惡作劇》和《堂吉訶德》、馬勒的《第五交響曲》、馬克斯·雷格的《希勒變奏曲》、貝爾恩德·阿羅伊斯·齊默爾曼的《樂隊協奏曲》等。
1986年,新科隆愛樂音樂廳落成,自此它成為科隆愛樂樂團的駐地。1991年,詹姆斯·康倫被任命為樂團新任藝術總監後,樂團參加了一系列商業化的世界音樂會巡演。在過去的幾年中,詹姆斯·康倫指揮的樂團演出的多數作品都被錄製成唱片。其中EMI唱片公司出品的《Zemlinsky Cycle》獲得眾多國際唱片獎項,此外獲獎的還有由斯皮瓦科夫擔綱演奏的《20世紀小提琴協奏曲》系列以及《維克多·烏爾曼狂想曲》。
自2003年起,馬庫斯·史坦茲擔任科隆愛樂樂團的首席指揮及音樂總監。
2010年上海世博會之際,德國國家歌劇院與科隆愛樂樂團在上海演出了華格納最重要的作品《尼伯龍根的指環》。