中心標誌
創新基金圖示說明創新基金標誌圖形上端的金鑰匙由C、T、E三個英文字母通過藝術變形組成。C、T、E既體現了創新基金的宗旨--培育科技型中小企業（CHINA TECHNOLOGY ENTERPRISE），促進高技術成果的轉化；同時體現了科技型中小企業應是資本、技術、創業者的最佳集合（CAPITAL、TECHNOLOGH、ENTERPRENEUR）。由C、T、E字母構成的金鑰匙寓意著創新基金是國家對科技人員創新創業，從科技的殿堂走向經濟建設主戰場的最初始階段的支持，同時也是為科技型中小企業開啟通向成功之門的有力幫助。 圖示下端似手型的兩片藍葉，即表示科技型中小企業猶如春天的嫩芽，雖很弱小，但生機勃勃；同時也寓意著科技型中小企業期盼著得到更多的支持與幫助。
創新基金圖示整體寓示著國家創新基金將為我國科技型中小企業的快速發展、國家創新體系的建設做出重要貢獻，同時科技型中小企業也必將在國家創新基金的支持和幫助下，躊躇滿志、英姿勃發。
主要職能
創新基金管理中心統一受理創新基金項目申請並對申請項目材料進行初步審查；
負責編制創新基金年度支持重點和工作指南；
負責創新基金專家庫的建設、管理工作和專家委員會的聯繫工作。
二．項目審理部
負責委託或組織有關中介機構、專家進行創新基金項目的立項評估、評審、招標及專家
諮詢工作，並提出立項建議；
研究提出有關創新基金項目的評估、評審、招標標準及中介機構的資格條件。
三．信息監理部
負責對項目的立項及實施過程進行監理並組織項目驗收；
負責對創新基金整體實施進展、實施效果進行評價，並提出創新基金年度執行情況報告；
負責創新基金的信息管理、信息諮詢及信息開發工作；
負責受理外界對創新基金有關問題的投訴。
四．計畫財務部
負責制訂並協調落實創新基金年度工作計畫；
負責提出創新基金項目建議意見，經報批後，編制及下達創新基金項目執行計畫，並負
責與項目承擔單位簽訂項目契約；
負責財務管理工作，並聯繫有關金融機構落實項目貸款。
