主要職責
（一）宣傳、貫徹執行黨和國家關於衛生工作的方針、政策、法律、法規，擬訂本縣衛生事業發展規劃，並組織實施。（二）推進全縣醫藥衛生體制改革，擬訂全縣衛生改革與發展規劃和方針政策。
（三）統籌規劃與協調全縣衛生事業資源配置；制定社區衛生服務發展規劃和服務標準；協同有關部門管理醫療衛生行業的價格；負責醫療衛生機構的國有資產監管；指導醫療衛生機構的經營管理。
（四）研究擬訂農村衛生、社區衛生、婦女保健、兒童保健、健康教育等有關政策和措施，並組織實施。制定全縣農村衛生保健規劃並指導實施。
（五）貫徹預防為主方針，開展疾病預防控制工作，指導鄉鎮預防保健工作；制定重大疾病防治規劃和預案並指導實施；管理傳染病防治工作；負責衛生應急工作，擬訂衛生應急預案，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置，發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（六）負責對醫療服務、醫療機構的監督管理，組織實施醫療機構、從業人員、醫療服務技術套用等方面的準入制度；研究指導醫療衛生機構改革；督導醫療服務質量管理；依法監督管理采供血及臨床用血工作。
（七）制定全縣衛生人才發展規劃，按許可權對衛生技術人員資格進行審查；制定全縣醫學科技教育發展規劃；組織實施醫療衛生從業人員的教育、培訓和業務指導與管理。
（八）依據衛生法律、法規及相關技術規範、標準，組織實施公共衛生監督與執法；依法對環境衛生、食品衛生、職業衛生、學校衛生、傳染病防治等實施管理，對健康相關產品實施認證管理。
（九）承擔食品安全綜合協調工作。參與重慶市衛生局組織的食品企業標準備案、食品安全風險監測、信息發布和預警等基礎工作、承擔組織查處食品安全重大事故的責任。
（十）制定全縣中醫、中西醫結合醫院發展規劃，指導全縣中醫工作，協調有關部門共同發展全縣中醫藥事業。
（十一）按管理許可權負責各醫療衛生單位的幹部管理、人事勞資、紀檢監察、統戰、精神文明建設等工作。負責幹部保健工作。
（十二）承擔縣愛國衛生運動委員會的具體工作。
（十三）承擔縣紅十字會的具體工作。
（十四）承辦縣政府及上級部門交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，秀山土家族苗族自治縣衛生局設6個內設機構：（一）辦公室
主要職責：綜合協調機關政務工作和對外社會活動事務；制定機關管理工作制度並組織實施；牽頭承辦全局性會議和接待工作；負責草擬綜合性檔案、材料以及所有檔案、材料的文字把關工作；負責制訂衛生信息化規劃並組織實施，負責承辦目標管理、文秘、機要、保密、檔案管理、綜合信息、機關後勤、安全保衛工作；負責黨的建設、精神文明建設、工會、婦委會等工作。
（二）人事科
主要職責：負責系統內幹部隊伍建設與管理工作；協同有關部門制定衛生人才發展規劃並指導實施；組織實施衛生系統幹部人事制度改革工作；負責衛生專業技術人員職務資格審查、年度考核、人才培養；承擔機構編制管理，人事管理，人才引進、招聘、聘用管理以及工資福利獎勵、人員懲戒管理，退休人員管理，幹部保健等工作。
（三）規劃財務科
主要職責：牽頭擬定本縣區域衛生規劃，編制全縣衛生事業中長期發展規劃及衛生資源配置方案並組織實施；負責衛生事業費的預決算，監督執行衛生財務會計制度，負責衛生統計工作；監督管理衛生基建項目、大型醫療設備配置、國有資產和醫療服務、藥品價格的監督執行；研究衛生經濟政策，對醫療衛生單位經濟、經營活動進行指導實施、監督管理和效益評估。擬訂全縣衛生系統內部審計工作規定和制度；指導和監督衛生系統內部審計工作；負責組織實施所屬單位領導幹部任期經濟責任審計；負責對重大項目進行內部審計；協調、配合縣審計局等部門對衛生系統行業審計或專項審計調查，並負責督促整改；指導所屬單位開展專項審計工作。負責組織實施國家基本藥物制度。
（四）醫政和中醫科
主要職責：負責擬訂醫療事業的改革與發展規劃並協同實施；制定醫療機構和社區衛生機構設定規劃，負責醫療機構、社區衛生機構和從業人員資質考核審批、執業登記及監督管理和初級衛生保健工作；負責無償獻血管理，實施采供血機構和血液質量的監督管理；負責醫療質量監督管理；負責醫療糾紛和醫療事故的處置工作；制定農村衛生、初級衛生保健的規劃並指導實施；負責醫學科技教育、醫療救護、徵兵招生體檢和醫療機構、社區衛生機構內部藥事管理、執業資格考試等組織協調工作；制定全縣中醫、中西醫結合發展規劃；抓好中西醫專業人員及農村衛生人員的培訓、進修工作；指導縣醫學會、縣中醫學會等衛生社團工作。
（五）食品安全與應急科
主要職責：負責承擔食品安全綜合協調、參與重慶市衛生局組織的食品企業標準備案、食品安全風險監測、信息發布和預警基礎工作、承擔組織查處食品安全重大事故的責任；負責衛生法律法規的宣傳、普及工作，指導和承辦普法教育、衛生涉法事務工作；指導規範衛生行政執法工作。按照職責分工，指導衛生監督所進行職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所、飲用水衛生和傳染病防治監督管理，整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為，督辦重大醫療衛生違法案件。負責擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施，指導突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援和分析評估等衛生應急活動；協同有關部門對重大災害等突發公共衛生事件進行處置；發布突發公共衛生事件應急處置信息工作。
（六）預防保健科
主要職責：負責公共衛生及預防保健體系建設、管理、改革和考核；對傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病和公共衛生相關疾病提出預防控制措施並組織實施；負責婦女保健、兒童保健措施的制定與實施；協同食品安全與衛生應急科對重大災害等突發公共衛生事件的應急處置；組織實施健康教育與健康促進工作。負責社區衛生、健康教育、紅十字會工作。貫徹落實社區衛生有關政策，規劃社區衛生服務體系建設並組織實施。
