職能調整
1、原市土地管理局的行政管理職能。
2、原市地質礦產局的行政管理職能。
3、原市建委承擔的測繪管理職能。
主要職責
（一）組織貫徹國家和省、福州市有關國土資源管理的法律法規和政策；制定全市國土資源管理政策並組織實施；依照規定負責有關行政複議。
（二）組織編制和實施國土規劃、土地利用總體規劃和有關的專項規劃；參與城市總體規劃的審核，指導、審核全市土地利用總體規劃；組織礦產資源的調查評價，編制礦產資源保護與合理利用規劃、地質勘查規劃、地質災害防治和地質遺蹟保護規劃。（三）依法保護土地、礦產資源所有者和使用者的合法權益，承辦並組織調處土地、礦產權屬糾紛，查處國土資源違法案件。（四）組織實施耕地特殊保護和鼓勵耕地開發政策，實施基本農田保護和農用地用途管制，開展未利用土地開發、土地整理、土地復墾和開發耕地的監督工作，依法收回閒置土地，保證耕地總量動態平衡。
（五）統一管理全市土地資源和城鄉地籍、地政工作。制定地籍管理辦法，組織土地資源調查、地籍調查、土地統計和動態監測；負責土地確權、城鄉地籍、土地定級和登記等工作。
（六）擬定並組織實施土地使用權出讓、租賃、作價出資、轉讓、交易管理辦法，規範土地市場；指導國有土地使用權招標拍賣工作；貫徹實施國有土地劃撥使用目錄指南和鎮（街）村用地管理辦法；指導鎮（街）非農土地使用權的流轉管理。
（七）會同有關部門定期確定公布全市基準地價、標定地價；主管全市城鄉農用地轉用、徵用工作；承擔各類用地的審查、報批工作。
（八）負責礦產資源探礦權、採礦權和採礦權轉讓、出租的登記發證工作；審核對外合作區塊；承擔礦產資源儲量管理工作；依法實施地質勘查行業管理，審定地質勘查單位和礦產資源開發利用單位資格；負責礦產資源補償費和採礦權使用費、採礦權價款的徵收和使用；管理地質勘查專項資金。
（九）組織監測、防治地質災害和保護地質遺蹟；依法管理環境地質勘查和評價工作；認定具有重要價值的古生物化石產地、標準地質剖面等地質遺蹟保護區。
（十）安排並監督檢查土地開發整理、地質勘查專項資金以及財政撥給的其它資金.
（十一）組織開展土地資源、礦產資源的科技工作和對外合作與交流。
（十二）負責全市測繪管理工作。
（十三）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市國土資源局設6個職能科（室）。（一）辦公室
1、組織協調局機關日常工作。2、負責有關檔案起草、重要會議組織、文電處理、秘書事務、信息綜合、督查、新聞宣傳、檔案、信訪、保密、保衛、接待、後勤服務等工作。3、負責國土資源法制宣傳工作。
執法科
1、監督檢查國土資源法律法規的貫徹執行情況。2、組織查處國土資源違法案件和國土資源違法交易行為。3、監督檢查鎮（街）國土資源管理部門依法履行國土資源管理職責的情況。4、管理國土資源執法隊伍。5、辦理行政複議案件和行政訴訟應訴事務。
規劃地籍科
1、會同有關部門編制全市國土資源利用總體規劃和年度計畫。2、指導、協調、組織編制基本農田保護、耕地開發、土地整理、土地復墾、礦產資源開發利用、地質環境保護等專項規劃。3、指導和審核鎮（街）國土資源利用總體規劃和專項規劃。4、參與城市規劃和其它專項規劃的審核。5、負責國土資源系統科技和綜合統計工作。6、負責全市測繪管理。7、組織實施全市城鄉地政、地籍管理。8、組織全市土地資源調查、地籍調查工作、負責全市土地資源統計及土地動態監測管理工作。9、負責市區土地權屬確認、登記、發證和權屬變更。10、協同有關部門調處土地權屬糾紛。11、編制並組織實施全市地籍測量計畫。
財務科
1、編制年度財務用款計畫。2、負責國土資源有關規費徵收、使用、管理。3、監督管理礦產管理補償費和國土資源管理各項行政事業性收費及專項稅費。4、負責局機關財務管理。5、監督管理與審計直屬單位的財務和國有資產。
農用地耕地管理科
1、負責耕地總量動態平衡管理。2、組織劃定基本農田保護區，擬定並組織實施基本農田保護區管理的有關規定和技術方案。3、組織耕地後備資源開發，負責審核和報批耕地占補平衡方案。4、辦理需市政府批准的國有荒山、荒地開發的立項審查、報批工作。5、負責組織全市農用地轉用、土地徵用工作。6、承辦市政府和福州市政府批准的各類建設項目農用地轉用和徵用的審查、匯總、報批工作。7、負責國有存量土地的劃撥。
地質礦產管理科
1、負責《礦產資源法》及其配套法規和地質礦產的方針政策的宣傳。2、組織制定全市地質礦產行政管理實施辦法及有關管理規章，並對全市執法情況進行監督檢查。3、負責履行全市礦產資源管理（含資源分配）、礦產資源開發利用和保護的監督管理、地質勘查行業管理和地質環境的監督管理。
根據有關規定派駐監察室，按照《行政監察法》履行職責。
