醫院臨床科室齊全，技術力量雄厚，醫療設備先進，服務功能完善。配有中醫、西醫、中西醫結合三套力量，技術人才結構合理，擁有副主任、副教授以上高級職稱百餘人，有60餘位學科帶頭人在國家級、省級學會擔任主要職務。醫院設有急診科、內科、外科、婦科、兒科、骨科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、康復科、肛腸科、男科、皮膚科、針灸科、推拿科、理療科等二十多個臨床一級學科，下設心血管內科、呼吸內科、消化內科、神經內科、內分泌科、腎內科、血液內科、中西醫結合外科、普外科、神經外科、泌尿外科、腫瘤外科、蛇傷科、燒傷科等近二十個臨床二級學科。設有CCU、ICU和血液透析中心，開展醫療特色濃厚的專科專病門診50餘個。配備有影像科、檢驗科、功能科和病理科，擁有核磁共振（MRI）、多排螺鏇CT、全數位化血管造影X線儀（DSA）、全數位化平板X線攝影裝置（DR）、全數位化X線診斷儀（數字胃腸機）、彩色都卜勒超聲診斷儀、系列內窺鏡（電子胃鏡、電子腸鏡、腹腔鏡、關節腔鏡等）、大型全自動生化分析儀、全自動免疫分析儀、特定蛋白檢測系統、血液透析機、最新型惠普多參數
擁有4個國家級重點專科（專病）——全國中西醫結合眼底病重點專病、中醫肛腸科、毒蛇咬傷、慢性腎小球腎炎等三個國家中醫藥管理局重點專科（專病）建設項目，8個省級重點專科——福建省中醫心血管病重點專科、福建省中醫腦血管病重點專科、福建省中醫腎臟病重點專科、福建省中醫眼耳鼻喉病重點專科、福建省中醫肛腸病重點專科、福建省中醫糖尿病重點專科、福建省中西醫結合骨傷重點專科建設項目、福建省蛇傷救治中心；並設有衛生部婦科內鏡診療技術培訓基地、全國針灸臨床研究中心福建分中心、全國高科技健康產業胃腸腫瘤防治專業委員會、福建中醫學院骨科臨床研究所、福建中醫學院附屬人民醫院肢體殘疾矯治重點專科 、杏苑國醫診治中心、福建中西醫結合研究院微創醫學研究所等；有12個臨床教研室 ；擁有中西醫結合臨床科學、中醫骨傷科學2個博士專業；中西醫臨床科學、中醫骨傷科學、中醫內科學、中醫兒科學、中醫五官科學、中醫婦科學等7個碩士專業和中醫內科學、中醫兒科學、中醫五官科學、中醫婦科學等5個碩士學位授權點，接受國內外、港澳台人員進修學習。近十年來榮獲省部級科技成果獎數十項。
醫院始終以“醫術第一，病人至上”為辦院宗旨，把以病人為中心作為醫院管理的出發點和歸宿擺在第一和最高位置，實現“讓民眾享有價格合理、質量優良的醫療服務”，狠抓醫療質量、服務態度和醫德醫風建設，促進醫院朝著標準化、規範化、科學化和現代化方向奮進，在社會上產生良好的影響，多次榮獲省部級“精神文明”建設單位單位稱號。
