根據20日福建省政府、福州市政府與中國科學院簽署的共建中國科學院大學福建學院協定，中國科學院大學福建學院為中科院大學的直屬二級學院，將以中科院海西研究院為牽頭承辦單位，建成國際上獨具影響力的“一流的學院、一流的學科、一流的教師團隊、一流的教學體系”。學院將朝著小規模、有特色方向發展，每年輸送畢業研究生500~700人，在滿足區域發展的同時，輻射全國。
自2003年以來，中科院與福建省簽署了多輪院省合作協定，雙方合作關係日益緊密、成績顯著。2017年3月中科院與福建省簽訂了新一輪深化科技合作協定，建設福建學院是落實雙方戰略合作的有力載體。
中國科學院大學福建學院將面向福建省創新驅動發展重大戰略需求，發揮科教融合與協同創新優勢，聚焦化學、物理、材料、資源與環境科學領域的核心問題和發展方向，首期建設物理科學學院（福州）、化學學院（福州）、材料學院（福州）、資源與環境學院（廈門）、雙創學院和繼續教育學院，未來根據需求新建其他學院。
同時，中國科學院大學福建學院將圍繞區域經濟發展需求，依託中科院海西研究院建設科技型中小企業育成平台、創新創業人才培訓平台。
根據協定，至2020年，中國科學院大學福建學院在學研究生總體規模將達到1200人，崗位教師達到200人；至2025年，在學研究生總體規模達到2000人，崗位老師達到400人；至2030年，在學各類學生達到3000人，崗位教師600人。
