中營駐防府城，分防府境各汛，設中軍游擊、守備各1員，千總2員、把總4員、馬戰兵156人、步戰兵241人、守兵449人，計846人，後增為855人。分防各汛兵力：駐防福寧府城，有中軍游擊、守備各1員，兵402人；分防大金堡，兼轄府前嶺、沙塘寨、漁洋、高羅嶺、積石堡、閭峽、沙洽等塘汛，有把總1員、兵72人；分防松山港口，兼轄赤岸橋寨、罡溪、路口、杯溪、棲勝、柘洋、後墩等塘汛和漁井炮台，有把總1員、兵86人；分防三沙堡炮台，兼轄青浩寨、小浩嶺、古洋寨、觀石、小馬寨、石貝、二鋪、暗橋等塘汛，有把總1員、兵117人；分防下滸堡，兼轄羅浮、延亭、小柘洋等塘汛，有把總1員，兵52人；另撥守內港哨船2隻、兵40人，派防壽寧縣各塘汛戰守兵41名。
左營駐福安縣城。設游擊1員、守備1員(乾隆二十二年改駐府城)，馬、步、守兵共855名，分防各汛，其中撥防清海關、化蛟塘、合掌嶺、大梅塘、松羅塘、柳溪塘等兵30名；撥防白蓮塘、穆洋塘、青草渡、牛嶺尾、車嶺塘等兵20名；閩坑嶺塘汛兵5名(雍正十一年新設)；分防白石司炮台，兼轄白石司、大梨嶺、衡洋塘、南浦塘、洋尾塘、嶺頭塘、坂頭塘、猴壠塘、大留塘、曾板塘等汛，有千總1員、兵180名；撥防白沙塘兵11名(雍正十三年設)；撥防內港哨船1隻、兵20名；分防嶺頭寨，兼轄大倉塘、社口塘汛等，把總1員、兵30名；分防鹽田堡，兼轄鹽田、官嶺、前郎、杞灣、下邳、梅洋、灣塢墩、馬頭等塘汛，設把總1員，兵80名；分防壽寧縣各塘汛千總1員、外委千總1員、兵122名。貼防府城兵281名。嘉慶七年(1802年)移駐霞浦三沙，改為水師左營。
右營駐防寧德縣城，順治十五年(1658年)置。設游擊1員，守備1員(乾隆二十二年改駐府城)、千總2員、把總4員、馬步戰守兵855名。其中撥防黃土岩，兼轄馬鞍山寨、洋尾寨、蚶崎塘、大?塘等汛，把總1員、兵80名；分防漳灣寨，兼轄藍田塘、港尾塘等汛，千總1員、兵40名；派撥內港哨船2隻、兵40名；分防東牆寨，兼轄六都後攏塘、東山鋪、大橋塘、邸塘、白鶴塘、界首塘等汛，把總1員、兵60名；分防河西寨，兼轄銅鏡塘、閩坑塘、牛嶺塘、周墩(今周寧縣城關)塘、晡兜塘、麻嶺塘、霍童塘、鹹村(今周寧縣鹹村鎮)塘、外渺塘、下薦塘、樓坪塘、秋坪塘、湯洋塘等汛，把總1員、兵125名；貼防府城兵242名。
桐山營 康熙八年(1669年)，總鎮吳萬福抽調省內八府部分官兵駐防桐山(今福鼎縣城)，次年設桐山營，兼轄建寧楓嶺營(今屬建甌縣)，雍正十二年(1734年)楓嶺營改隸建寧鎮，桐山營增轄連江、羅源營。該營設游擊1員、守備1員、千總2員、把總4員、馬步戰守兵759名。其中分防沙埕汛炮台，兼轄虎頭鼻、流江塘、前岐塘、東山嘴塘、岩坑塘、大崗塘、三叉河塘等，千總1員、兵71名；分防分水關，兼轄戰坪洋塘、貫嶺塘、馬山頭塘、岩前塘、王孫塘、店頭鎮、倪家地塘、白琳塘、金剛墩塘、五蒲嶺塘、三十六灣塘、蔣洋塘、杜家塘、龍亭寨、錢大王墩、八尺門墩等塘汛，千總1員、兵134名；分防牙城堡，兼轄楊家溪、豐嶺墩、烏歧渡等塘汛，把總1員、兵67名；分防南鎮炮台，兼轄瀲城塘、白鷺塘、店下塘、黃崎塘、三佛塘、周倉嶺塘、後岐塘、六都亭、峽門塘、下尾塘等，把總1員、兵107名；派撥內港哨船1隻；分防天竹寨，兼轄南溪塘、疊石塘、沈青塘、金沙溪塘、烏石門塘、管洋塘等，把總1員、兵68名；另貼防府城兵40名。
此外，順治年間(1644～1661年)有撫標游擊1員、兵300名駐古田，康熙元年(1662年)改調福州城守協左營游擊1員駐防，其中古田縣城設千總1員、有守兵150名，水口設把總1員、兵50名，黃田設把總1員、兵50名。
清雍正十三年(1735年)，屏南自古田析出設縣後，縣城雙溪駐有經制把總1員，步、守兵83名，外委把總2員分駐嶺頭、甘棠2塘汛，駐兵70多名。
