原本屬於呼瑪縣管轄的林區,1958年開始籌建碧洲林場。1965年建成投產,並改稱碧洲公社,隸屬黑龍江省大興安嶺新林林業公司管轄,1967年改隸新林區(林業局)。1970年復又改為碧洲林場。1987年4月,在原址設定碧洲鄉。1991年3月,改設碧洲鎮,實行“政企合一”。全鎮總面積913.7平方公里,森林資源豐富,以木材生產和加工為主,產品遠銷全國和世界各地。1992年末全鎮總人口5210人,其中非農業人口4972人;滿、蒙古等少數民族人口約占3%,鎮政府駐地碧洲村。改革開放後,由於木材砍伐生產逐漸接近飽和,經濟逐年下滑,很多人搬遷至他省市,年輕人考大學畢業後基本上直接在外省市就業,沒有考上大學的也基本都到大城市打工,以至於碧洲鎮人口逐年減少。
教育上,原有碧洲中學已於2002年與新林二中合併,在碧州鎮目前只有碧洲國小。