歷史
石河子第二中學前身是1949年新疆和平解放後，整編第九軍籌建的九軍子弟校。1952年8月改建為22兵糰子弟校。開學時國小有一、二、三、四、五、六年級近200名學生。教職工20名左右。
1952年秋22兵糰子弟國小由景化（現呼圖壁）遷入石河子15小區（現農八師直屬學）。教職工30多名，學生600多人。1954年，成立新疆建設兵團，22兵糰子弟校更名為兵團第一子女校。1955年兵團石河子第一子弟校設立國中部。1956年8月，國中部從第一子女校分出，成立兵團第一所中學，名為“兵團石河子中學”，學校有23名教職工其中教師12名，兩個國中班，226名學生，校址在原馬莊機械處（現3小區），首任校長張致新。
隨著軍墾事業的發展，學校規模不斷擴大，1957年秋開學時，新初一有六個班，全校增至3年級9個班，500餘名師生，因校舍窄小，不敷使用，1958年學校遷入22小區（現公安局大院）。建起了實驗室，教學條件得到很大改善。1958年7月學校開辦高中班，由此兵團第一所完全中學正式誕生。是年秋，學生以達800多人，教職工90多名。
1959年9月，兵團石河子中學被自治區確定為首批重點中學。六十年代被自治區兩次調整仍為重點中學。
1961年首屆高中畢業生22人，除1人因家庭問題外，其餘21名均考入大學；這也是兵團第一批高中畢業生考入大學。1962年學校遷入現址（24小區）。辦學條件得到更大的改善。文革以前由於當兵團黨委和領導十分重視教育，學校經費投入充足，領導班子責任感、事業心強、治校有方、師資力量雄厚，治學嚴謹，該校以校風正、教學質量高聞名全疆，高考升學率均在85%以上。60年代新疆第一位考入清華大學的學生就是該校畢業生。
“文革”中學校遭到毀滅性的破壞。1968年8月，經兵團臨時文革批准，成立革命委員會。1969年春，學校作為“修正主義教育里的樣板”，被工宣隊宣布撤消。從初一到高三近千名學生全部下放到141、149等團場接受“再教育”，職工下放到142團，分配到連隊參加勞動。幹部教師除9人在校留守外，一律送到兵直“五、七”幹校。同年8月，又下放到農八師各團場“勞動鍛鍊”；部分校產和圖書資料喪失殆盡。
1969年7月，學校重新組建後，校名為新疆軍區兵團駐石河子指揮部中學，與兵糰子女校合併，重建後學校共19個教學班，實行部隊化管理，年級為連，設指導員，連長，教學班為排。
1970年2月，指揮部臨時黨委批准正式成立石指中學革委會。1975年5月，石河子建市後更名為石河子市第二中學。在這段時期，學校領導頂著壓力，排除干擾，撥亂反正，在恢復和建設教師隊伍和加強恢復教育教學管理，勤儉辦學，艱苦創業。努力提高教育教學質量等方面都做了大量卓有成效的工作，為學校的進一步發展打下了良好的基礎。1979年被確定為文革後墾區首批重點中學。
發展
1983年12月，為有利於中國小部的發展，教育局決定中國小再度分開，各自獨立建制，該校恢復為完全中學。1984年8月，為了推進石河子墾區的教育改革，師市和教育局決定將該校作為教育改革試點，實行校長負責制，任期制，教師聘任制，後勤承包制、契約制。新領導班子對學校的歷史和現狀進行全面深入的分析，認識到學校辦學條件是好的，有優良的傳統，特別是上級領導的重視支持和改革開放的大好形勢，雖然面臨著很多問題和困難，但只要我們抓住機遇，全面貫徹黨和國家的教育方針，深化改革，調動廣大教職工的積極性和創造性，大面積南昌市教育教學質量和為學效益，就一定能重振雄風，再創一流。
自1984年起，十年時間，先後制定並實施了《關於調動廣大教職工積極性的十二條規定》和《關於全員聘任、二級管理、結構工資的試行方案》等10多個改革方案，走過了“獎罰分明——科學考評——目標管理”三大步，初步探索了以分配製度為側重點的第一輪改革；1994年7月，又拉開了以人事制度為側重點的第二輪改革的序幕。學校各項工作也在改革的推動下，取得了長足的進步和顯著的成績，又重新躋身於自治區一流學校行列，贏得了廣泛的社會讚譽，在全疆教育界產生了較大影響。
1998年7月，教育局黨委本著年輕化的精神，對學校領導班子進行了調整。書記單維楊接任校長，副校長李少華任黨總支書記。學校在實現現代化教育技術、改善辦學條件，提高教育教學質量方面取得了長足進步和突破性進展。
2000年7月被兵團確立為首批重點高級中學，校長單維楊被授予“自治區特級教師”的稱號，高中學部主任毛鳳錦成為“國家級骨幹教師”，同年12月經自治區教育廳推薦進入《中國特色學校》一書。
2000年7月依據師市【2000】15號檔案“調整教育結構，加快高中階段教育改革，逐步擴大普通高中辦學規模，不斷提高普通高中教學質量、辦學效益和水平”的精神，市二中和市三中合併，成立新的石河子市第二中學，原市二中為每年招收10個班的高中學部，原市三中為九年義務教育學部，學校領導班子重新調整。新市二中占地面積11.84萬平方米，建築面積4.446萬平方米，教職工305人，教師267人；高級職稱75人，中級職稱教師130人；學生3800餘名，教學班74個。
榮譽
2001年3月學校被授予“新建中學競賽先進學校”和“新疆創新寫作教學研究與試驗基地”。因辦學成績突出，2001年3月經新疆維吾爾自治區教育廳批准，依據新教基字【2001】14號檔案精神面向自治區北疆招收高一年級教改試驗班新生。2001年9月雷曉紅被授予“全國模範教師”稱號。
2002年7月承辦兵團高中“宏志班”，榮獲“全國青少年科普創新示範學校”稱號，承辦“國家青少年體育俱樂部”和“石河子青少年活動中心”。校長單維楊被授予“全國中學優秀地理教育工作著”。教師雷曉紅獲“國務院特殊緊貼”，並獲“全國中青年士傑教師”提名獎。高中學部主任毛鳳錦被授予“全國優秀語文教師”稱號。2003年學校先後被授予“全國教育系統關心下一代先進集體”“自治區衛生紅旗單位”“兵團綠色學校”。2003年3月被兵團教委推薦進入“全國名校600家”行列。
2004年1月石河子人民政府根據自治區教育工作會議“逐步實行國中、高中分設”的要求，恢復市第三中學建制，初高中剝離，原義務教育學部成為第三中學，市二中成為獨立建制高級中學。
2004年7月學校進入“自治區示範高中”行列，成為“聯合國國際空間技術青少年活動基地”“全國信息技術人才幼苗培養基地”和“全國青少年科普教育俱樂部學校”，2004年12月副校長毛鳳錦被授予“自治區特級教師”稱號。
師資
現在的石河子市第二中學，專任教師116名，其中高級教師54人，中級職稱教師48人，全國模範教師、國家級骨幹教師、兼職教研員、自治區特級教師、教學能手、優秀教育工作者、地區教學能手、拔尖人才以及擔任地區級以上學術機構理事以上職務34人。
貢獻
建校五十多年來，為國家培養了二萬餘名初、高中畢業生，恢復高考以來，為高等院校輸送了5千多名新生。其中三分之一進入重點大學。為社會主義祖國做出重大的貢獻。
