定義
對多數真菌來說，由菌絲分化形成特殊的性細胞(器官)配子囊或由配子囊產生的配子來相互交配，形成有性孢子，兩個有性細胞結合以後產生新個體的過程。。
分類
根據產生有性孢子菌絲來源或親和力不同，一般可分為同宗配合和異宗配合兩類。
同宗配合：指不同交配型的核在一個菌絲體中，即每一菌體都是自身可孕的，不靠別的菌體幫助而能獨立地進行有性生殖。
異宗配合：是指每一菌體都是自身不孕的，不管它是否雌雄同體，都需要藉助另一個可親和菌體的不同交配型來進行有性生殖，以“+”和“-”來表示兩個不同質的細胞。
詳細
研究真菌的有性生殖時．發現真菌存在性分化現象。大多數真菌是雌、雄同株的，即同一個菌體上可以分化出雌、雄配子體，少數為雌雄異株的，即一些菌株只產生雌配子體而另一些菌株只產生雄配子體。然而並不是所有雌雄同株的真菌都可以單株進行有性生殖。雌、雄配子體可以交配完成有性生殖的稱為性親和（sexual compatible)，不能交配的稱為性不親和(sexual incompatible）。有些真菌單個菌株就可以完成有性生殖稱為同宗配合(homothallism)，而多數真菌為異宗配合(heterothallism)的．即單個菌株不能完成有性生殖，需要兩個性親和菌株共同生長在一起才能完成有性生殖。 多數真菌如鞭毛菌、接合菌、子囊菌及少數擔子菌的異宗配合特性一般由一對等位基因(通常用A、a表示)控制，因此可以分為兩種交配型，即“+”菌株和“-”菌株。“+”菌株必須與“-”菌株交配才能完成有性生殖，分別單獨培養不能進行有性生殖。許多高等擔子菌的性的親和性分化更為複雜，由多個等位基因控制。可以分為四種交配型。
同宗配合或異宗配合是真菌的一種生理特徵，在分類上意義不大。相近的真菌如同一個屬的不同種或同一個種的不同菌株,可以是同宗配合，也可以是異宗配合。對大多數雌、雄同株的異常配合真菌,同一種內的不同交配型菌株之間，除交配型的生理特徵外，在形態上沒有明顯區別。一般來說．同宗和異宗配合現象在卵菌、接合菌、子囊菌中都常見，而擔子菌則異宗配合的居多。異宗配合真菌的有性生殖需要不同菌株間的雜交，因此有性後代比同宗配合真菌具有更大的變異性、這對增強異宗配合真菌適應性與生活能力是有益的。對異宗配合的植物病原真菌,如引起馬鈴薯晚疫病的致病疫霉和引起麥類鏽病的禾柄鏽菌,不同致病類型菌株間的雜交,可以使有性後代發生致病力變異．產生新的致病類型。
