在新的形勢下，皖南醫學院共青團組織高舉鄧小平理論偉大旗幟，堅持以十六大精神和“三個代表”重要思想為指導，全面貫徹上級團組織工作會議精神，緊緊圍繞“培養優秀醫學生為中心、全面推進四項重點建設工程、努力實現爭創一流醫學院”的戰略目標，以“思想先行、文化領唱、實踐並重、文明修身”為拓展載體，以中央16號檔案為主線，以全面加強團的基層組織建設為重點，大力加強團學幹部隊伍、校園文化和學生社團建設，按照班子建設好、支部建設好、主題活動好、陣地建設好的“四好” 工作方針，大力實施了思想教育工程和大學生素質拓展工程，著力構建青年思想道德建設體系、服務體系和組織體系，切實加強團的自身建設，使共青團組織成為學校育人工作的一支重要力量；同時學校各級團組織積極代表廣大青年團員的切身利益，反映青年願望，組織團員青年參與學校的教學改革，使廣大青年成為學校改革與發展的積極的推動力量。
面向新世紀，皖南醫學院團委正以嶄新的精神風貌，團結帶領全校團員青年迎接新世紀的召喚，積極探索新形勢下高校團建工作的新思路、新模式，繼承傳統，創出特色，樹立品牌，不斷推動該校團的工作上新台階，新水平，為共青團事業的發展作出更大的貢獻。
