皇澤寺始建於唐開元年間,原名“烏奴寺”,一名“川主廟”,相傳是為了紀念李冰與二郎的。唐貞觀年間,武則天的父親武士彠任利州都督時,武后就出生於此,建立武周政權以後,施脂粉錢修建當時已具規模的川主廟,後取“皇恩浩蕩,澤及故里”之意改名“皇澤寺”。據明代陳鴻恩所撰《皇澤寺書事碑》載:“皇澤寺相傳為武后創”,清代張邦伸《雲棧記程》中也說:“武后秉政,建皇澤寺於此”。
後蜀廣政二十二年(959年),當地政府又對該寺進行了改擴建,形成“唐則天皇后武氏新廟”,當時的皇澤寺,臨江是“則天門”、“天后梳洗樓”、“樂樓”(戲樓),還有“彌勒佛殿”、“鐵觀音殿”等建築。
其後屢有毀建,現存建築大部為清代建築。已歷1300多年的皇澤寺,現在主體建築有大門、二聖殿、則天殿、大佛樓、呂祖閣、五佛亭等,寺依懸崖,下瞰江流,雕樑畫棟,錯落有致,氣勢不凡,頗有巴山蜀水之秀麗巍峨。