建制沿革
解放以前，百山祖地區古稱二都，主要人口聚集村莊為三堆村、合湖村、龍巖村等行政村。
1958年7月，慶元縣萬里林林場建立。
1980年11月1日，麗水行署批准以萬里林林場為基礎，劃合湖、齋郎公社及後廣公社的黃皮、橋陌、車根、桐梓4個大隊建立“萬里林工商聯合企業”（行政級別相當於區公所）。
1982年5月5日，成立萬里林區公所，原“萬里林工商聯合企業”撤銷。
1982年10月，劃黃皮、車根、橋陌、桐梓四村建立黃皮管理區，隸屬萬里林區
1984年5月，原黃皮管理區改制為車根鄉，萬里林區轄車根鄉、合湖鄉、齋郎鄉。
1992年慶元縣實行撤擴鄉調整，撤銷萬里林區設定，合併車根鄉、齋郎鄉設立百山祖鄉。
2013年3月28日，《浙江省人民政府關於慶元縣部分行政區劃調整的批覆》（浙政函[2013]61號）：同意撤銷合湖鄉、百山祖鄉建制，合併設立百山祖鎮。
行政區劃
百山祖鎮總面積 190.26平方公里，耕地面積 8.73平方公里，山林面積 140.71平方公里，森林覆蓋率達88.8%，鎮政府所在地車根村。全鎮戶籍人口3078戶 8145人，常駐人口 2186人；2012年，全鎮農村經濟總收入7749萬元，農民人均收入7162元。
全鎮轄17個行政村，31個自然村。17個行政村為：
| 車根村 | 三堆村 | 合湖村 | 蘭泥村 | 久住垟村 |
| 齋郎村 | 龍巖村 | 黃水村 | 黃水岙村 | 黃土垟村 |
| 橋陌村 | 黃皮村 | 楓坪村 | 西排村 | 坑底村 |
| 栗洋村 | 桐梓村 |
地理環境
浙江省慶元縣百山祖鎮位於慶元縣城東北部，距縣城22公里，東與景寧畲族自治縣和慶元縣張村鄉接壤、北靠龍泉市和景寧畲族自治縣、南與慶元縣五大堡鄉和賢良鎮交界、西與龍泉市交界，是華東地區海拔最高的山區鎮，海拔最高處為霧林山（霧林尖）1856.7米，為江浙第二高峰。鎮政府所在地車根村海拔1138米，平均海拔為1089米。氣候冬暖夏涼，夏季最熱月平均氣溫為22.5℃。
自然資源
百山祖鎮境內森林鬱鬱蔥蔥，物種繁多，資源豐富，森林覆蓋率達88.8%，龍泉鳳陽山－慶元百山祖國家級自然保護區橫亘其間，自然資源得天獨厚，是華東地區最大的自然生物圈。
動植物資源極為豐富：已知種子植物2005種，蕨類植物236種，苔蘚327種，大型森林真菌256種，其中國家保護的珍稀瀕危植物有約40餘種。其中，有1987年由國際物種保護委員會（SSC）公布列為世界最瀕危的12種植物之一的百山祖冷杉，它是第四世紀冰川氣候的殘遺物種。野生動物僅脊椎動物就有250餘種，昆蟲2192種。列為國家保護的有：雲豹、虎、黃腹角雉、獼猴、大靈貓、白鷳、大鯢、中華虎鳳蝶等60餘種。
風景名勝
百山祖鎮是麗水市較有代表性的生態旅遊特色鎮，全鎮自然與人文資源豐富，百山祖4A景區位於其境內，景區內自然環境優越，人文歷史獨特，地理條件特殊，分布有百山祖冷杉、低碳體驗區、神秘百瀑溝、古道杜鵑谷等主要景點十餘處，其中雲海日出是著名景觀之一，因山高霧多，夏日初秋，雲海時如蛟龍翻滾，時如烈馬狂奔，風平浪靜之時，尤如姑娘害羞的臉上蒙著一層薄薄淡淡的面紗，茫茫雲海，蔚為壯觀，人在雲上走，形似神仙遊。此情此景可與泰山的日出相媲美，與黃山的雲海比高低。除百山祖4A景區外，全鎮名勝古蹟還有齋郎紅軍戰鬥指揮部遺址、龍巖香菇文化村、黃皮上下湖、合湖疊石（又稱石磨）、三堆井、一龍三凸、仙人石、億年矽化石、鬼洞岩、飛閣橋、回龍廟等；民情民俗有迎神節（三堆村、蘭泥村、楓坪等村）和吃新谷；民間文化有民間剪紙藝術、龍風冠和二都戲。近年來，該鎮還推出了合湖田螺節、三堆迎神廟會等一系列特色節目。
