產生原因
1.雜誌編輯。編輯認為陰性研究結果無價值，退稿，或即使認為有價值，但推遲發表。稿件審核時，審核員認為陰性研究對本專業沒有價值，建議退稿。曾經有一糖尿病雜誌社，在給作者的訓導版中寫到"只有在個別情況下，少許與已知事實一致的文獻能得以發表，同種情況也適用於無陽性結果的試驗性和觀察性研究論文"。
2.作者。是產生髮表性偏倚的主要因素。作者投稿時，往往只考慮雜誌聲望﹑權威性及可被接受性，多數情況下，願意將陽性結果的研究投稿於英文雜誌，而對陰性結果的研究，缺乏嚴謹撰寫的興趣。被退稿件作者放棄了對陰性研究的發表，或再投於那些非英語性、不被資料庫收錄、不知名的地方性雜誌。
3.文化背景和政治因素也可影響出版的決策。某些地區的研究者或編輯從不報導陰性結果的研究。
4.研究資金來源的影響。如果說由政府機構和公共衛生部門提供資金的項目還可以接受陰性研究結果的話，那么，由製藥公司資助的研究是絕對不可能接受陰性結果的。因此，資金的來源決定了研究結果是否會被發表。現有89%所報導的，聯合用藥比單一用藥更好的臨床研究是由藥商贊助的，而只有61%的其它研究得出類似的結論。
5.多中心臨床試驗比一般臨床試驗更易發表。然而，高質量研究並非比質量差的研究更有多的發表機會。
6.同一陽性研究結果反覆被多次發表。未及時發現某些陽性研究曾被多次發表，可導致SR過高估計干預的療效。在對樞復寧治療術後嘔吐的Meta 分析中，1/3的患者被報導過兩次，如果未能辨別，可導致療效被高估23%。
7.陽性研究與陰性研究被引用頻率差別過高也可導致偏倚的產生。如在降低膽固醇治療的研究中，不管研究規模和質量，那些認為治療有益的研究比認為治療無意義的研究被引用得更多，然而，與專家論著和描述性綜述相比，SR更能識別和排除這些重複性文獻所導致的偏倚。
8.各國文獻收錄標準的差異。對已開發國家而言，如多數非英文的西歐雜誌被收錄在Embase和 Medline中，而對不已開發國家就並非如此。Embase、Medline 和 SCI收錄的 3000至4000種雜誌中，僅2%來自不已開發國家。如印度是科研論文產量極高的開發中國家，而在Medline 收錄的3861種雜誌中僅30種來源於此國，且僅包括英文。陽性研究多發表在被資料庫收錄的雜誌上，而陰性研究則往往發表在未被收錄的期刊上。
其他原因
其他在研究及出版過程中可能產生髮表性偏倚的環節和因素有：預試驗時，小樣本研究可能因得不出預期結果或部分因為"商業機密"而不被發表；在進行研究設計、組織和提供資金時，人們都傾向於選擇有陽性結果的研究；研究進行中如果發現可能出現陰性結果，研究會被擱置；完成論文時， Medline、Embase、Best Evidence等電子資料庫不會細察、檢索納入陰性結果的文獻；健康管理者和政策制定者們絕不會依據陰性研究結果去制定政策；新研究報告在提供進一步的研究依據時，只討論自己的發現，絕對不會引用陰性研究的結論；專家們寫綜述時，絕不會引用陰性研究結果；系統評價者致力於去確定陰性報告，卻漏掉了陰性研究；與企業相關的評價者，武斷地提取未發表的存檔資料，將不可信的未發表的研究報告納入SR；雜誌編輯拒絕發表納入了未發表研究的Meta分析或系統評價；制定循證指南是以漏掉了陰性研究的SR為基礎；進一步資金投入的確定，排除了陰性結果的研究。
