該理論是由卡爾·沃斯(Carl Woese)在1977年提出的生物分類﹐將原核生物分成了兩大類﹐起初稱為真細菌(Eubacteria)和古細菌(Archaebacteria)。Woese依據16S rRNA序列上的差別﹐認為這兩組生物和真核生物從一個具有原始遺傳機制的共同祖先分別進化而來﹐因此將三者各劃為一類﹐作為比界高的分類系統,稱作“域”(Domain)或者“總界”(Superkingdom)。1990年,Carl Woese為了避免把古細菌也看作是細菌的一類,又把三域目前這三域改稱為細菌(Bacteria)﹑古生菌(Archaea)和真核生物(Eukarya)。 然而﹐RNA樹有可能將進化太快的類群放錯位置(比如微孢子蟲)。有人認為生物的根應該在真細菌之內﹐很多真細菌的類群在古細菌之前分支出來﹐很晚古細菌和真核生物才彼此分開
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