甘肅中醫藥大學臨床醫學院現設有臨床醫學、臨床醫學(免費定向)、臨床醫學(全科醫生)、臨床醫學專科起點本科、醫學影像學、醫學檢驗學等6個本科專業(或方向),有醫學影像技術及醫學檢驗技術等2個專科專業,擁有臨床醫學一級學科碩士學位授權點。
臨床醫學院有專兼職教師180餘人,碩士研究生導師100餘人;現有在校學生3007人,其中本專科學生2808人,研究生199人;設有綜合辦公室、教學科研辦公室、學生管理辦公室、臨床醫學院團委等4個管理機構;有內科學、外科學、診斷學、臨床檢驗技術、檢驗基礎、影像學、法醫學等7個教研室。
臨床醫學院現有甘肅中醫藥大學附屬醫院、附屬蘭州市第一人民醫院、附屬蘭州石化總醫院、附屬酒泉市人民醫院、附屬張掖市人民醫院、附屬天水市第一人民醫院、附屬甘肅省人民醫院等附屬醫院和教學醫院等各類實踐教學基地20餘所。