中心現有工作用房5770平方米，其中實驗室用房1610平方米，設理化檢驗室、血清檢驗室、臨床檢驗室、腸道致病菌檢驗室、HIV抗體初篩實驗室、衛生微生物檢驗室、千級和萬級潔淨室。現擁有原子吸收分光光度計、氣相色譜儀、自動生化儀全、自動血球計數儀、酶標儀、自動滅菌器、電子分析天平、紫外可見分光光度計、尿液分析儀等實驗室設備及公共場所、職業場所現場監測設備和電測聽室、500mA X光機等體檢設備。可開展水源水、生活飲用水、飲用純淨水衛生質量檢測，公共場所衛生指標檢測，消殺滅菌及其藥械效果的衛生檢測，食品（食品產品、原料、添加劑、營養品、容器、包裝材料和食品生產工具等）衛生質量檢測，食具消毒衛生指標檢測，外照射量及噪聲測定，工作場所空氣有毒有害物質檢測，工作場所空氣中粉塵濃度、衛生質量檢測及職業健康檢查、從業人員健康體檢工作。
中心秉承“遵循標準、行為規範、方法科學、數據準確、立場公正、服務熱情、團結奉獻、開拓進取”的質量方針，在原斗門區疾病預防控制中心取得“HIV抗體初篩實驗室”、“廣東省衛生廳衛生監督檢驗檢測機構認定證書”、“廣東省職業衛生技術服務機構資質證書”、“廣東省職業健康檢查機構資質證書”的基礎上，按照ISO/IEC17025國際標準和實驗室資質認定評審準則的要求重新建立、維持和運行管理體系，並持續改進。
