職能機構
（一）政治處
負 責全市檢察機關隊伍建設和思想政治工作，協助市委做好全市檢察系統黨的建設和領導班子建設；協同市有關主管部門管理全市各級檢察機關的機構設定、人員編制；負責市人民檢察院工作人員的錄用、考核、任免 調配以及法警警銜和臨時工的管理工作；組織開展全市檢察系統教育培訓工作；辦理市人民檢察院工作人員因公赴港澳的有關證件及相關手續；負責市人民檢察院工作人員的勞動工資、社會福利保障工作；負責離退休幹部 工會、共青團、婦女、計畫生育等工作。
（二）反貪污賄賂局
負責市人民檢察院管理的涉嫌貪污賄賂、挪用公款等職務犯罪案件，承辦上級檢察院交辦的案件，指導各區人民檢察院和萬山、橫琴檢察室反貪污賄賂案件的偵查工作。
（三）反瀆職侵權局
負 責省檢察院指定管轄的案件和直接立案偵查本地區有重大影響的瀆職侵權犯罪案件，辦理省檢察院批准立案偵查的國家機關工作人員利用職權實施的其他重大犯罪案件；督辦、參辦下級檢察院重大瀆職侵權犯罪案件的偵查工作，組織、協調、指揮跨區瀆職侵權犯罪案件的偵查工作；分析研究本地區瀆職侵權犯罪的特點和規律 提出懲治和防範對策。結合辦案，做好預防工作。
內設機構
（一）辦公室
負責協助市人民檢察院領導處理檢察政務，組織協調重要工作部署、重大決策的貫徹實施；負責文秘、機要保密、檔案管理、會務、檢察統計工作；編輯、印發工作簡報，收集反饋工作信息；辦理人大代表議案和政協委員提案；負責檢察宣傳工作。
（二）偵查監督科
負 責指導各區檢察院的審查批捕、刑事立案監督、偵查活動監督工作；辦理應當由市人民檢察院承辦的審查批捕和決定逮捕案件；結合辦案，保護未成年人犯罪者的合法權益，參與專項鬥爭和社會治安綜合治理；審批延長羈押期限；審查、批覆各區人民檢察院有關的請示、複議、覆核的案件；負責偵查監督業務規範化建設，制定有關細則、規定。
（三）公訴科
負責指導各區人民檢察院的審查起訴、出庭公訴和抗訴工作，以及刑事審判活動監督工作；承辦應當由市人民檢察院審查起訴、抗訴的案件，出庭支持公訴，並對刑事審判活動是否合法實施監督；負責審查、批覆各區人民檢察院有關的請示、複議、覆核的案件；負責公訴業務規範化建設，制定有關細則、規定。
（四）偵查指揮中心辦公室
負責組織、指揮、協調全市範圍內跨地區、跨部門的貪污賄賂、瀆職侵權等職務犯罪案件的偵查，交辦、督辦、參辦、提辦大案、要案，協調案件偵查中的爭議事項，制定相關的工作制度和規定，完成上級人民檢察院偵查指揮中心辦公室交辦的工作；負責部分職務犯罪案件線索的初查和追繳贓款贓物、緝捕在逃職務犯罪嫌疑人等工作。
（五）偵查一科
負責查處貪污等職務犯罪案件及相關工作。
（六）偵查二科
負責查處賄賂等職務犯罪案件及相關工作。
（七）偵查三科
負責查處挪用公款等職務犯罪案件及相關工作。
（八）瀆偵一科
負責司法機關工作人員及其他國家機關工作人員瀆職侵權犯罪的查辦。
（九）瀆偵二科
負責行政執法人員瀆職侵權犯罪的查辦。
（十）瀆偵三科
負責大要案統一指揮查辦中的具體協調工作和對基層院案件的督辦、指導及協查工作，負責處理局內日常事務。
（十一）監所檢察科
負責全市監所檢察工作，制定監所檢察業務工作細則和規定，監督看守所執行刑事判決、裁定和決定是否合法，保護公民不被非法拘禁；保證依法羈押人犯，維護在押人犯的合法權益；維護監管秩序，打擊在押人犯在羈押期間的犯罪活動。
（十二）民事行政檢察科
負責指導全市檢察機關對民事經濟審判活動和行政訴訟實行監督，協調各區人民檢察院辦理重大民事、行政訴訟案件；審查提請抗訴案件；負責偵查、審理在民事、行政審判中的徇私舞弊案件。
（十三）控告檢察科
負責指導全市檢察機關控告舉報檢察工作，接待民眾來訪，受理公民和單位報案、舉報、控告，接受犯罪分子投案自首；負責對部分職務犯罪案件線索進行初查等。
（十四）刑事申訴檢察科
負責指導全市檢察機關申訴檢察工作，受理不服人民檢察院不批准逮捕、不起訴、撤銷案件及其他處理決定的申訴，受理不服人民法院已經發生法律效力的刑事判決、裁定的申訴，受理人民檢察院負有賠償義務的刑事賠償案件等工作。
（十五）職務犯罪預防科
負責全市貪污、賄賂、瀆職等職務犯罪的預防工作和綜合治理工作；研究、分析職務犯罪工作的特點和規律提出預防建議，抓好預防措施的落實。指導全市各區人民檢察院開展預防職務犯罪工作。
（十六）檢察技術科
負責全市檢察系統刑事偵查技術、物證檢驗技術和鑑定審核工作；覆核公安機關移送的技術資料，辦理檢察院自偵案件的技術鑑定；指導全市檢察機關的檢察技術工作。
（十七）法律政策研究室
負責調查研究國家有關法律、規章、政策的執行情況，提出意見或建議；開展檢察理論研究工作，收集管理圖書資料，編輯檢察工作年鑑；指導全市各區人民檢察院的法律政策研究工作。
（十八）行政裝備科
指導全市檢察機關武器彈藥、服裝的統籌計畫管理工作；管理市人民檢察院機關通訊、交通工具以及行政事務；管理市檢察院檢察業務、基建等經費和贓款、贓物；負責行政接待工作。
（十九）監察室
負責全市檢察系統監察工作，受理對檢察人員違紀違法行為的檢舉、控告以及檢察人員不服處分的申訴；按照管理許可權，審議違紀人員的紀律處分事項；制定全市檢察機關廉政建設制度，組織開展廉政紀律教育和執法執紀大檢查活動。
派駐機構
（一）中共珠海市紀律檢查委員會派駐珠海市人民檢察院紀檢組
負責全市檢察系統紀律檢查和行政監察工作，受理對檢察人員違紀行為的檢舉、控告以及檢察人員不服處分的申訴；按照管理許可權，審議違紀人員的紀律處分事項；制定全市檢察機關廉政建設制度，組織開展廉政紀律教育和執法執紀大檢查活動。
（二）高檢院、省檢院派駐珠海涉澳個案協查辦公室
按照最高人民檢察院的指令，負責協助全國檢察機關赴澳門調查取證，受理全市檢察系統赴港澳調查取證，協助港澳地區辦案人員在珠海調查取證；協助外省、市、縣人民檢察院在珠海調查取證。
直屬機構
（一）珠海市人民檢察院派駐萬山海洋開發試驗區、橫琴經濟開發區檢察室
將萬山管理區檢察室、橫琴經濟開發區檢察室合併為珠海市人民檢察院派駐萬山海洋開發試驗區、橫琴經濟開發區檢察室。負責履行所轄區域的檢察機關法律監督職能。
（二）珠海市人民檢察院司法警察支隊
主要負責傳遞法律文書；看守嫌疑人犯，協助逮捕、拘留、押解人犯，搜查和追捕逃犯；指導各區人民檢察院司法警察隊伍的工作；負責市人民檢察院機關的安全警衛工作。
事業單位
機關服務中心
市人民檢察院管理的事業單位，負責市人民檢察院機關人員的後勤生活保障和辦公條件保障；管理、維護機關辦公大樓及相關設施；管理機關食堂和招待所。
