王幸男畢業於陸軍軍官學校專修班，1970年前往美國經商，並且與不少台灣同鄉有所接觸。但是由於目睹“國民政府”的戒嚴高壓統治，王幸男決定效法前以色列總理比金主持過的爆炸復國行動，以暗殺方式向“國民政府”發出警訊。1976年10月王幸男以國語辭典製作成炸彈郵包，將郵包寄給謝東閔、李煥與黃杰。其中，寄給謝東閔的郵包在被拆封時爆炸，謝東閔遭炸斷一臂；而李煥當時也收到郵包，炸傷手指，並立即通知各黨政要員，黃杰乃逃過一劫。之後，“國民黨政府”將王幸男的家屬捕入保全處開始偵訊，並準備以“販毒”或“匪諜案”查辦，以脅迫王幸男回台；故王幸男於1977年返台，入境後被捕；隨後於1977年1月28日被判處無期徒刑，被囚禁於綠島。1990年5月5日，王幸男獲得假釋。
1992年王幸男開始協助“台灣獨立建國聯盟”成員與黑名單成員返台，並且於1993年陳唐山參選台南市長時出任競選總部總幹事。陳唐山當選台南市長後，王幸男出任台南市政府機要秘書。1998年，王幸男代表民進黨於台南市選區參選“立法委員”當選，並且於2001年轉戰台南市選區當選，2004年連任。目前王幸男也是“財團法人台灣人文化基金會”董事長，同時從事動物保護工作，協助籌辦台南市關懷流浪動物協會。
2004年3月16日上午，連宋台南市競選總部青年軍在“東菜市場”拜票，遭王幸男所率隊的助選員毆打。事後，王幸男表示：“看那個手勢是輕微帶過去，真正打不是那種打法。就輕輕這么一揮，那不能算是打，這樣解釋太過頭。”泛藍陣營認為2004年3月19日“總統”槍擊事件系泛綠自導自演，並曾點名王幸男為主要策劃者，但此一說法缺乏證明。
2006年7月23日，民進黨第十二屆“全國”黨員代表大會中，王幸男提出“解散派系”提案，在出席的279位黨代表中，獲得153票贊成票，以過半票數通過。除了將禁止以派系名義設辦公室、招募會員、對外募款，也規定黨內公職人員不得加入派系。解散派系的配套措施，將送交下次全代會議決。在同年底的百萬人民倒扁運動時，王幸男也曾大力批評施明德等人的行為。
2007年12月3日，時任“立法院”民主進步黨團書記長的王幸男，和幹事長王拓等人連署提出“二二八事件及戒嚴時期政府違法責任追究特別條例”草案，其中第四條明定刑事責任不適用刑法追訴權時效消滅之規定，即便被告死亡，該條例所為之訴追、審判程式不因而停止，應命被告之配偶、直系或旁系三親等內血親“續行程式”，代為行使被告訴訟法上之權利與義務，包括忍受義務（拘提、羈押、逮捕等等）、到場義務（出庭），以及對質義務。此案引起輿論對於“由子孫親人承受訴訟是否恰當”之討論與爭議。
