據《永昌府志》載，玉皇閣為明嘉靖二十四年（公元1545年）郡人馮君魯在原毗盧閣廢址上所建，現存大殿及大殿前丹墀兩側之鐘鼓二亭。大殿矗立在鑲嵌青石浮雕的高台基座上，基座平面401平方米，高闊方直，呈灰青色調，給人以素雅博大之感。其上所承大殿為三重檐歇山頂，早先曾塑玉皇金身座像和四大真人巨型立像。大殿面闊5間，23米；進深5間，17米。下有六六三十六根大柱舉架支撐，中柱通高13.6米。明間和次間之間採用移柱法將中柱後移，以擴寬殿堂中央空間；穹頂呈覆斗形八卦藻井，頂面繪太極圖；殿內壁畫飄逸多姿，一派仙家氣象；格子門勻雕有動物、花卉，空靈娟秀。殿頂通覆黃色琉璃瓦，正脊飾以寶頂、禽獸、鴟吻，垂脊亦作花飾、尾吻，四角懸以風鈴。三重檐下均懸巨匾，尤其是二層檐口懸掛的四塊木質浮雕彩繪的單字匾引人注目，正視為“至誠無息”四個朱黃大字，右側（北）視為“龍飛鳳舞”四個紅綠色大字，左側（南）視為“諸神參天”四個紅褐色大字，一匾而三用，建築師匠心獨運，由此可見一斑。殿前兩側為鐘鼓二亭，昔時亭內懸鐘架鼓，朝暮為聲；大殿北鄰之會真樓，為徐霞客當年遊歷保山下榻處所。
保山玉皇閣現在是保山市博物館，屬省級重點文物保護單位。 2006年05月25日，保山玉皇閣作為明代古建築，被國務院批准列入第六批全國重點文物保護單位名單。
