歷史
玄菟郡所在地，原是衛氏朝鮮屬國沃沮的故地。漢武帝元封三年，西漢征衛滿，並於次年滅其國，置四郡，是為漢四郡，皆屬幽州。漢四郡除玄菟郡外，還包括樂浪郡、臨屯郡和真番郡，但以玄菟郡的面積最大。郡治位於玄菟城（一說夫租縣，即今日鹹鏡南道鹹興市）。玄菟郡有戶口4萬5006戶，人口22萬1845人。除了管治本郡以外，扶餘國、東沃沮及高句麗亦從屬於玄菟郡。
公元前82年（漢昭帝始元五年），西漢調整玄菟郡之疆界，廢真番郡、臨屯郡，並把當作部份編入玄菟郡及樂浪郡。之後，玄菟郡的郡治移往高句驪縣，即今日吉林省集安市通溝鄉（一說遼寧省撫順市新賓滿族自治縣的永陵地區）。江內之地劃入玄菟郡，江外之地劃入樂浪郡，此時的玄菟郡大約南達清川江和大同江上游北岸，與樂浪郡為鄰；北達哈達嶺、輝發河一帶，與夫余為鄰；其西為遼東郡，以長城為界；其東以長白山為界與沃沮相接，居民以漢人與高句麗人為主。
公元前1世紀東夷諸國與玄菟郡位置。公元前75年（漢昭帝元鳳六年），西漢對玄菟郡再度縮減：玄菟郡東部的7個縣被遼東郡所吸收，這時的玄菟郡已經是名存實亡，只是在遼東郡內的玄菟城（遼寧省老城・興京方面）仍然殘留著“玄菟”這個名字。
公元12年（新朝始建國四年），王莽改高句麗為“下句麗”又名樂鮮，仍屬幽州。其部將嚴尤誘殺高句麗的君主（被殺者有琉璃明王、琉璃明王的部將延丕和閔中王三種說法），高句麗遂脫離中原王朝獨立，開始吞併玄菟當時的轄縣。西元28年，東漢遼東郡太守發兵討伐高句麗。大武神王高無恤堅壁清野，退入國內城。漢光武帝建武八年（32年），新成立的東漢接受高句麗的朝貢。
漢安帝永初元年（107年），將長城內候城、高顯、遼陽三縣劃歸玄菟，將玄菟遷到長城以內，轄今日瀋陽、撫順一帶，人口約4萬餘。不久，高句麗又開始蠶食玄菟郡在長城內的轄地，屢次入侵。東漢中平六年（189年），公孫度割據遼東，玄菟為其屬地，其太守一直都由公孫家的人擔任。
238年，曹魏太尉司馬懿滅公孫淵，廢候城縣，設高句麗、高顯、遼陽、望平四縣於玄菟郡。
265年，西晉建立，廢遼陽縣。後歸慕容垂；子寶，以句麗王安為平州牧居之。
404年，高句麗乘中原內戰之機，占領遼東全境，玄菟郡為其占領，設玄菟城管領。
及至唐高宗與新羅聯軍滅高句麗，玄菟郡全境盡歸唐朝，原境被改編成安東都護府。
歷任太守
耿臨五鹿充宗
霍雲
宣彪
姚光
公孫域
公孫度
公孫
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侯玄嗣
裴武
高詡
劉佩
乙逸
吉貞
高隱
