物理作圖

物理作圖,是指以物理尺度(如鹼基對的基因)標明各種遺傳標記在基因組上的位置和距離。

定義

以物理尺度(如鹼基對的基因)標明各種遺傳標記在基因組上的位置和距離。

構建途徑

基因組物理圖譜的構建不需要經過減數分裂的世代群體,可直接利用DNA分子分析,主要有以下三種構建途徑:

限制性酶圖譜。利用限制性內切酶構建圖譜,對於DNA分子長度在50kb以下的片段,一般沒有什麼困難。而對於大於50kb的DNA分子,可選用稀有切點的內切酶酶切DNA。

(1)用識別較多核苷酸的內切酶,如NotI。

(2)選用其酶切位點在基因組中出現頻率低的內切酶。

螢光原位雜交。螢光原位雜交技術(fluorescent in situ hybridization, FISH)是另一種物理圖譜的構建方法。它通過螢光標記的探針與DNA分子雜交,使染色體上的雜交信號在顯微鏡下可直接觀察。原位雜交中的探針可用螢光或同位素標記。染色體上出現雜交信號的位置,就是探針DNA在染色體上的圖譜位點。

方法是取有絲分裂中期的細胞製片,將染色體變性成單鏈,再講變性的DNA探針變性後加到染色體上,保溫及處理後記錄結果。在FISH中,一個克隆的DNA片段就可作為雜交的探針。

序列標籤位點。利用某一已知序列為標籤的位點(sequence tagged site, STS)作探針,與基因組DNA雜交,繪製物理圖譜。作為STS,需要具備兩個條件:一是其序列是已知的,以便用PCR檢測;二是在基因組中僅一個位點,沒有重複。

1.

限制性酶圖譜。利用限制性內切酶構建圖譜,對於DNA分子長度在50kb以下的片段,一般沒有什麼困難。而對於大於50kb的DNA分子,可選用稀有切點的內切酶酶切DNA。

(1)用識別較多核苷酸的內切酶,如NotI。

(2)選用其酶切位點在基因組中出現頻率低的內切酶。

2.

螢光原位雜交。螢光原位雜交技術(fluorescent in situ hybridization, FISH)是另一種物理圖譜的構建方法。它通過螢光標記的探針與DNA分子雜交,使染色體上的雜交信號在顯微鏡下可直接觀察。原位雜交中的探針可用螢光或同位素標記。染色體上出現雜交信號的位置,就是探針DNA在染色體上的圖譜位點。

方法是取有絲分裂中期的細胞製片,將染色體變性成單鏈,再講變性的DNA探針變性後加到染色體上,保溫及處理後記錄結果。在FISH中,一個克隆的DNA片段就可作為雜交的探針。

3.

序列標籤位點。利用某一已知序列為標籤的位點(sequence tagged site, STS)作探針,與基因組DNA雜交,繪製物理圖譜。作為STS,需要具備兩個條件:一是其序列是已知的,以便用PCR檢測;二是在基因組中僅一個位點,沒有重複。

套用

可與遺傳圖譜相互借鑑,相互補充,作為基因組圖譜利用。

相關詞條

熱門詞條

聯絡我們