牛頓數學科學研究所1993年7月建成並正式開始活動，但領導機構早在1990年就組成，它們是管理委員會和科學指導委員會，由阿蒂亞(Atiyah, M. F.)任首任所長，另設專職副所長一名.管理委員會負責實施研究工作的各項活動、出版研究成果、對外聯絡及其他行政事務;科學指導委員會負責確定科學政策，制定研究計畫.研究活動涉及數學的各分支，包括純粹數學、統計、數值方法、套用數學、理論物理、數理經濟、理論計算機和數理生物學等.其目的是通過組織系列專題計畫促進這些領域的研究，把英國各大學的數學家和國外有名專家邀集到一起研究有關專「1課題，並通過講座、專題討論會交流思想，並通過非正式接觸擴大影響.研究所主要是按專題計畫接受訪問學者，進行研究工作.研究所同時安排兩個專題計畫((6個月左右)，每年安排4個專題.所里的來訪學者通常保持20人到25人，停留時間為2周至6個月不等，與相應的專題計畫保持一致.每一專題計畫都包含系列講座、專題討論會、討論班和研究生課程等，並由3-4位專家主持.如所涉及的學科是英國較強的領域，則由本國專家主持，否則邀請外國專家主持.第一年的4個計畫的主題分別為“低維拓撲與量子域理論”、“動力理論”、"L函式與算術”、“流行病模型”.懷爾斯(Wiles, A.)於1993年6月在此第一次宣布了他在費馬大定理研究方面的進展.研究所除專題計畫外，還組織適合更多人興趣的講座、專題討論會或演講會等.所內研究人員除了使用本所的圖書館外，還可自由使用劍橋大學中心圖書館和有關係的圖書館.劍橋大學聖約翰學院和三一學院為研究所提供了啟動經費.此外，研究所還獲得了劍橋其他學院以及倫敦數學會、科學與工程研
牛頓數學科學研究所究委員會、物理學會等的資助.美國、法國、日本的有關方面則為各自本國研究人員到牛頓數學科學研究所工作提供資助.研究所開始活動的第一年度(1992-1993)中，接受訪問人員共200多人，其中大多數來自世界各國.
