主要職責
一、貫徹執行國家和省有關港口和水路運輸管理工作的方針政策和法律、法規，擬定我市港口和水路運輸管理規定，並組織實施．
二、按照全市社會經濟和城市發展總體規劃，擬定全市港口總體規劃和水路運輸行業發展規劃，並組織實施．
三、負責制訂港口航道布局規劃，劃定或審核港口危險貨物作業泊位、庫場的區域範圍，並監督實施；對港口的岸線、陸域、水域實施統一的行政管理．
四、負責港口和水路運輸的行業管理；對港口和水路運輸企業經營性收費項目和價格實施監督管理；按有關規定徵收代征港口和水運規費及其他費收；對港口和水路運輸行業的經營秩序、安全生產、環境保護等實施監督管理；協助處理突發事件和災難事故．
五、負責水運工程建設市場管理；對全市港口、水運工程建設市場秩序和建設項目的工程質量、安全實施監督管理；負責組織市屬港口公用基礎設施（指公用的進出港航道、防波堤、錨地等）的建設、維護和管理工作．
六、負責協調國家重點物資、軍事及搶險救災等物資的水路運輸．
七、管理、指導船舶引航工作．
八、負責協調推進全市港口和水運科學技術工作；組織港口和水路運輸管理專業人員的培訓；做好港口和水路運輸行業的統計工作．
九、收集、發布國內外港口信息和情況資料，組織開展與國內外港口間的合作交流．
十、承辦市委、市政府和市交通局交辦的其他事項．
內設機構
辦公室
協助局領導組織協調機關日常工作，負責機關文秘、信息、檔案、保密、信訪、督查、綜合性文稿的起草及後勤服務等工作；負責機關人事、勞動工資、離退休人員管理服務和計畫生育等工作；組織港口和水路運輸管理專業人員的培訓；負責行業精神文明建設等工作。
規劃建設與規費征稽科
負責擬定全市港口總體規劃和水路運輸發展規劃，並組織實施；負責制訂全市港口航道布局規劃，審核港口危險貨物作業泊位、庫場的區域範圍，並監督實施；對港口的岸線、陸域、水域實施統一的行政管理；負責水運工程建設市場管理，對水運工程建設項目提出行業審查意見，辦理有關審批、申報事項；對港口、水運建設市場秩序實施監督管理；負責組織全市港口和水運規費征稽工作，按有關規定徵收和代征港口和水運規費及其它費收；對港口和水路運輸企業經營性收費項目和價格實施監督管理；協調推進港口和水運科學技術工作；負責港口和水路運輸行業統計工作；負責機關財務工作。
港務監管科
負責港口、貨主碼頭和自然裝卸站（點）的行業管理；參與港口對外開放的審查。負責港埠企業、港口服務性企業的設立及從事港口經營性業務的審核或申報、審批，對港口經營市場秩序進行監管；負責管理、指導船舶引航工作，監督引航收費，監督協調引航業務；收集、發布國內外港口信息和情況資料，組織開展與國內外港口間的合作交流。
水運監管科
負責全市水路運輸（包括水路客貨運輸、運輸船舶維修、搬運裝卸、水路運輸服務業等）的行業管理；負責水路運輸企業設立、新增航線運力、船舶代理、貨運代理、外輪理貨及其他水運服務業務經營的審核或申報、審批；對水路運輸市場秩序進行監督管理；協調國家重點物資、軍事及搶險救災等物資的水路運輸。
安全監管科
負責港口和水路運輸行業的安全生產和環境保護的監督和管理；協助處理突發事件和災難事故。
蓬長航線管理科
負責蓬萊長島航線水路運輸營運秩序的協調管理和安全生產監督管理等工作。
