通關作業無紙化的目標是單證審核依據由傳統的紙質單證為主向電子數據為主轉變，實現通關全程無紙化。通關作業改革涉及口岸管理的方方面面，海關與檢驗檢疫、港務、機場、銀行等其他單位聯動顯得至關重要。據統計，上海口岸21%的進出口報關單需驗核檢驗檢疫通關單（其中進口環節18%，出口環節23%）。上海出入境檢驗檢驗局與海關聯繫合作，共同研究決定自2012年4月23日起，對上海口岸進出境貨物實施通關單無紙化試點。根據《上海海關和上海出入境檢驗檢疫局關於實施通關單無紙化試點的公告》確定的試點範圍，4月23日起出口法檢商品和部分試點企業的進口法檢商品的通關手續得以簡化，並納入海關 “無紙通關、事後交單”和“無紙通關、單證暫存” 新模式的適用範圍。此項改革試點將進一步提升上海口岸通關效率，最佳化通關環境，提高通關作業的電子化水平，加快通關作業向真正無紙化轉變的進程。
以往企業報關前須到檢驗檢疫部門業務現場申領紙質通關單後才能向海關報關。實現通關單無紙化以後，申領紙質通關單這一環節節省了，法檢商品的進出口通關作業環節簡化，企業往返通關現場的次數減少，通關效率進一步提高，企業通關成本隨之降低。
從4月23日起辦理出口貨物通關的企業和部分進口貨物的試點企業，如貨物需法定檢驗檢疫的，可先將通關單申報電子數據傳送給檢驗檢疫，審核無誤後，檢驗檢疫將通關單電子數據傳送給海關。企業向海關電子申報後，海關電子通關系統將報關單和通關單的電子數據進行自動比對，辦理相關通關放行手續，並將驗放指令通過網路回執告知企業和港務、機場，企業收到回執後即可辦理出運和提貨手續。從申報到放行全程無須遞交紙面通關單。
目前通關單無紙化改革尚處起步階段，上海檢驗檢疫和海關雙方將及時跟蹤試點情況，協調解決試點中遇到的問題，並根據試點情況，逐步擴大改革試點的覆蓋面，打造上海更和諧、更便捷的口岸環境。
