內設機構
新疆維吾爾自治區焉耆縣水利局的內設機構：負責水利年鑑和局大事記的編纂工作；負責水利隊伍建設和專業技術人員的管理工作，承擔水利行業崗位和技術等級培訓的具體工作；指導全縣水利安全生產工作。
水政監察大隊部門職能：負責縣域內水行政執法、漁政執法、水土保持監督等工作，依法保護水資源、水域、水工程、防汛抗旱、漁業資源及水文監測等有關設施；對水事活動進行監督檢查，維護正常的水事秩序，對公民、法人或其他組織違反水法規定的行為實施行政處罰或採取其他行政措施；負責水利鑿井隊和取水、退水水質及計畫用水的監督工作；完成上級部門交辦的其它工作。
工程股部門職能：組織擬定自治縣水利工程建設管理辦法、規章制度，編制水利發展規劃和中長期計畫及農田水利基本建設項目的年度計畫；負責全縣水利工程、安全飲水、防洪、水土保持工程建設行業管理並對水利工程建設招投標活動實施行政監督，推行水利建設的項目法人負責制、招投標制、建設監理制、契約管理制；負責組織縣域內小型農田水利工程的綜合治理與開發利用；組織協調水利工程項目的建設與驗收；組織縣域內小型水利工程建設項目編制報建、主體工程建設及工程後評價。
水管總站部門職能：依據國家和自治區有關的法律和法規研究制定自治縣水管工作發展規劃和年度計畫以及有關水利政策，並組織實施和監督檢查；結合自治縣實際，最佳化配置全縣的水資源，做好灌區的灌溉供水計畫和輪灌計畫，擬定全縣中、長期供水計畫，水量分配方案並負責監督管理；負責對基層站工作的下達、管理和監督並督促各基層水管站用水計畫的上報和落實工作；負責全縣農業供水、節約用水和小型農田水利建設；制定相關標準及時掌握水情與灌溉進度管理工作；對全縣水量進行統一的調節與調度，編制並實施用水、配水計畫，總結推廣先進節水灌溉、灌溉管理辦法；負責全縣水利基本建設工程的建設管理、灌溉用水管理以及用電協調工作並組織質量監理和竣工驗收；負責對全縣水費的統一收繳和管理，合理調配各項開支；負責水管總站及基層水管站的教育培訓和日常考核等工作；辦理縣人民政府和水利局交辦的其它事項。
飲水安全辦公室部門職能：負責安全飲水供水的規劃、設計、測量、施工管理等工作；組織協調全縣農村人畜安全飲水服務工作，指導各鄉鎮飲水安全供水分站飲水安全管理及水費收取的政策制定工作；負責農村飲水安全管理人員培訓及全縣農村飲水水費徵收工作。
領導班子
局長麻志國：主持水利局全盤工作，主持水管總站全盤工作；負責項目前期、規劃計畫、財務、防汛抗旱、農田水利基本建設、工程項目、社會治安綜合治理、糾風工作、計畫生育、安全生產、水利體制改革，負責與涉農部門協調。支部書記、副局長田斌：主管黨支部全面工作，負責組織人事、水政水資源、水土保持、水產、漁政管理、行政執法、黨建、黨風廉政建設、政府績效管理、精神文明建設、工會、信訪、團支部、普法、老齡、包鄉住村，負責與涉農部門協調；協助局長分管防汛抗旱、農田水利基本建設。
副局長亞克甫.阿布利孜：主管機關工作、婦聯、檔案保密、環境衛生、殘聯、物業管理，協助局長分管水管、安全生產、社會治安綜合治理工作、計畫生育。
副局長羅煒：主管安全飲水、工程建設管理、信息、職工科技培訓、提案、議案辦理、糾紛工作、環保；協助局長分管農田水利基本建設、防汛抗旱。
