一、主要領導及分工
局長：閆俊傑
主持全面工作，兼管人事、財務、衛生專項經費、職稱晉升工作。
總支書記、副局長：李鹹德
協助李碧華局長，負責黨務、實績考核、合作醫療、中蒙醫、婦幼保健和醫學繼續教育工作。
紀檢書記：劉飛
協助李碧華局長，負責紀檢監察、機關常務、衛生項目實施工作。
副主任科員：烏蘭
協助李碧華局長，負責機關支部、計畫生育、工青婦、綜治、城管、精神文明工作。
副主任科員：高俊
協助李碧華局長，負責醫政、疾病預防控制、衛生監督工作。
二、主要職能職責
（一）貫徹執行黨和國家、自治區關於衛生工作的方針、政策、法律、法規，並監督實施。加強巨觀管理，研究擬定全旗衛生工作的有關政策和措施，並組織實施。
（二）研究制定全旗衛生事業發展總體規劃。組織指導對全旗衛生工作的管理體制，醫療布局，衛生防疫，地方病防治，農牧區基層衛生組織的建設，旗直醫院的分級管理與建設；並組織檢查、實施。
（三）制定組織實施全旗醫學科學研究、學術交流、人才培養、教育。
（四）研究制定全旗愛國衛生工作的規劃和措施，並協調有關部門組織實施。組織社會力量開展衛生科普知識的宣傳教育。
（五）在旗委、政府領導下，負責應急處理暴發性流行傳染病、大型食物中毒、突發性災害的醫療搶救和防範工作；防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
（六）組織實施全旗婦女、兒童保健工作。
（七）研究指導全旗醫療機構改革，監督實施有關執行的標準、醫療質量標準和服務範圍。
（八）貫徹中蒙西醫並重的方針，推進中蒙西醫的繼承和創新，實現中蒙醫的現代化；指導全旗中蒙醫醫療、科研機構建設和人才培養等工作。
（九）制訂全旗衛生人才發展規劃，嚴格執行衛生機構編制標準和衛生技術人員資格認定標準，並組織實施。
（十）承擔旗政府、市衛生局和自治區衛生廳交辦的其它事項。
三、內設機構及職能職責
根據以上職責，旗衛生局內設五個職能股（室）：
（一）辦公室
1、負責組織協調機關的各項工作。制定年度計畫，確定工作目標組織實施。組織室內工作人員做好文秘、綜合、調研、信息、信訪、提案、會務安排等項工作。草擬修改以局名義上報下發的文稿，把好政策文字關，對來文提出擬辦意見，對局領導批示的事項進行催辦、查辦，組織室內有關人員搞好局內統計、車輛、備品、衛生、生活福利、對外接待等行政事務工作，協助局機關黨支部抓好局內政治思想，業務建設和文體活動。
2、做好機構編制、幹部、人事管理的業務工作，組織制定局機關及直屬事業單位有關幹部、人事管理制度、規定和實施辦法，全面掌握局機關幹部、人事情況，做好局機關和旗直衛生（科級建制）單位幹部任免，考核獎懲、監察、工資福利、專業技術職務評聘管理工作。負責做好局務會議提案、記錄、議定事項落實、催辦、查辦等工作。草擬以局機關名義上報下發的各種檔案、論證、技術鑑定，調查研究全旗衛生科研工作中的情況和問題，提出解決問題的意見和辦法。做好衛生技術人員的在職教育、人才培養等項工作。
（二）醫政股
1、組織檢查全旗醫療衛生單位貫徹執行醫療衛生工作方針，政策和有關條例、法規。加強醫院分級科學化管理。提高醫護質量水平，加強職業道德建設等項工作。檢查指導全旗醫療單位的醫療安全工作，妥善處理醫療糾紛和事故，組織參與重大災害的醫療急救工作，調查研究全旗醫療工作改革和基層衛生組織建設情況。不斷總結交流經驗。提出深化改革措施和意見。組織監督檢查全旗中蒙醫院的管理工作，負責做好《醫療機構管理條例》的實施工作。
2、擬訂醫療機構、醫療技術套用、醫療護理質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準並組織指導實施；擬訂醫務、護理和采供血人員的執業標準和服務規範並組織實施；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與研究擬訂藥品和醫療器械臨床套用管理的地方性法規、規章、政策；協調組織城鎮醫療支援農村牧區工作，協助突發公共衛生事件的醫療救治和重大人員傷亡事件的緊急醫療救援工作；貫徹執行國家基本藥物制度，組織實施藥品法典和國家基本藥物目錄；貫徹國家藥物政策，參與研究與實施基本藥物採購、配送、使用的政策措施；會同有關方面提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策。
（三）婦社與中蒙醫股
負責婦幼衛生、社區衛生、健康教育工作,起草有關法規草案、政策、規劃、規範並組織實施; 依法對婦幼保健和生殖健康專項技術實施監督管理; 參與擬訂並實施婦幼衛生專項技術標準，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作;制定婦幼保健、社區衛生、健康教育機構的建設、人員崗位、技術服務和信息系統規範並組織實施。
貫徹執行黨和國家的中蒙醫藥方針政策和法律法規；擬訂並組織實施中蒙醫工作的管理辦法、規章制度、技術標準和醫藥衛生體制改革中有關中蒙醫藥改革的政策措施，制定全市中蒙醫藥事業發展和應對突發公共衛生事件、防治重大疾病規劃和工作計畫；負責指導協調蒙中醫醫療、預防、保健、康復、研究機構結構布局及其運行機制改革；負責中蒙醫醫療機構及人員的評價和監督管理；負責擬訂中蒙醫藥人才發展規劃，加快中蒙醫藥人才隊伍建設；監督並規範中蒙醫醫療機構和醫療服務秩序等工作；組織開展全旗中蒙醫藥對外交流與合作等工作。
（四）財務股
1、如實反映單位財務狀況；建立健全財務制度；加強經濟核算，提高資金使用效益；加強資產管理；對本部門經濟活動進行財務控制和監督。
2、按照規定，審核會計記帳憑證，認真辦理會計核算業務，及時、準確、完整的記錄、計算、反映財務收支和經濟活動情況，為有關各方提供合法、真實、準確、完整的會計信息。按照規定進行會計監督，發現問題及時向領導反映，便於領導正確決策。對違反財經制度和紀律以及程式不健全的，提醒領導並有權拒付。按規定完成各項有關會計報表，整理有關會計資料、立卷、歸檔。
（五）農衛股（新農合）
擬訂農村牧區衛生相關規章，擬訂農村牧區衛生事業發展規劃並組織實施;負責農村牧區基本衛生保健工作綜合管理與評估,擬訂農村牧區基本衛生保健規劃並組織實施;負 責組織擬訂新型農村牧區合作醫療政策,承擔全旗新型農村牧區合作醫療工作和各項制度的落實及綜合管理；依法開展鄉村醫生執業註冊與相關管理工作，收集、分析農牧民健康狀況信息,檢查評價農村牧區重要衛生政策實施落實情況；承擔督導、檢查、統計、網路平台建設、調研和綜合分析。
