濟寧學院數學系始建於1971年2月,源於濟寧師專數學系,同年設定數學教育專科,是學校最早的四個教學單位之一。1994年成立了套用數學研究所。數學系下設函式論、代數、幾何、套用數學、機率論與數理統計、數學教育、金融工程7個教研室。濟寧市數學會設在數學系 。
數學系1971年開始招收數學教育專科學生,1999年開始招收計算機科學教育專科生,2006年初計算機專業從數學系分出,2007年數學與套用數學專業升為本科,是學校首批升本專業。現有數學與套用數學本科、金融工程本科(含金融工程、金融與財務兩個方向)、數學教育專科3個專業,共有在校生1249人,其中本科生601人,專科生648人。已有3屆數學與套用數學本科畢業生,40屆數學教育專科畢業生,5屆計算機科學教育專科畢業生,共有畢業生7830餘人 。