本志書的索引分為人名索引、地名索引、組織機構索引、書刊文獻文藝作品索引、圖片索引、表格索引、其他索引共七類。各類索引由標引詞(主題詞)和題址兩大部分組成。標引詞頂格排。題址由冊次、頁碼、區位三項內容構成：冊次用阿拉伯陽圈碼錶示；頁碼用阿拉伯數字表示；區位按每頁碼整版面平均分為上、下兩個半區，分別用“a”“b”表示。如題址⑥263b，表示某標引詞內容在志書第六冊第263頁下半區。同一標引詞在同冊中多次提取時，僅在第一次提取處標明冊次，其餘處不再標冊次，只標頁碼和區位。臥排頁不分上、下區，該頁題址不帶“a”“b”字樣。同一標引詞在同一區位只提取一次。以志書的類目、分目、子目標題，或特殊情況下的章節標題作為標引詞時，其題址頁碼和區位排等線黑體，同一標引詞在該目(分目、子目)或該章節中不再重複提取。
在《索引》中，人名索引、組織機構索引、書刊文獻文藝作品索引、其他索引，按標引詞首字的漢語拼音順序排列。同音調的，按首字的筆畫順序排列，畫數少者在前，畫數多者在後；畫數相同的，以起筆筆形橫(一) 、豎(|)、撇(丿)、點(、)、折(?)為序。首字相同時，視次序，以此類推。外文字母和阿拉伯數字開頭的標引詞，依次排在漢字標引詞的後面。 圖片索引、表格索引，按題址的先後順序排列。 人名索引。標引志書中出現的所有人名，但有些情況例外，如：不標引與其他詞語連綴構成另一專有名詞中的人名(如“毛澤東思想”之“毛澤東”)；不標引中國歷史紀年中的帝王名(如“漢高祖二年”之“漢高祖”)；不標引照片說明詞和引文中出現的人名。此外，對一人多名者，除選一常用名作正條外，其餘名稱或括注於正條之後，或列參見條。一名多人者，或括注人物的生活時代，或括注籍貫，或括注身份，以示區別。 地名索引。用於標誌書中出現的本區域(濟南市政區)所有地名，酌情收錄外國友好城市等域外的地名。包括街巷、村莊以上的政區和居民地的名稱、自然地理實體名稱等。 對於組織機構索引，主要用於標引志書中出現的所有設駐於本區域的中外機關團體、企事業單位(含駐軍)等各類組織機構名稱。 書刊文獻文藝作品索引則標引志書中出現的圖書報刊、文章碑記、重要的地方文獻、文學藝術作品等名稱，並酌情在標引詞後括注所屬類別，如“趵突泉 (詩) ”、“曹操(書)”“晨鐘(戲劇)”“晨鐘(刊)”。 另外幾種索引也各有其創舉和特點。 勘誤表部分則將整部《濟南市志》前七冊不確鑿之處、訛誤、錯別字等一一列舉，依次按冊次、 頁碼予以編排， 清晰的指出行數， 於訂正欄勘誤。勘誤表僅限於對2004年9月前(第八冊志書付印前)所發現的錯訛進行訂正。對一些未能得出訂正結論的數字問題，亦在訂正欄內用楷體標明“數字分總不合”等字樣，以提醒讀者審慎使用該資料。 最後一部分《總目錄》則將前七冊志書的分冊目錄進行匯總，依次編排為18卷，卷首有市情綜述、大事記，卷末為附錄、索引、勘誤表、總目錄，並將每一部分所在冊、頁都予以標出，以利讀者按所需進行查閱。 新編《濟南市志》2005年獲山東省新編地方志優秀成果獎一等獎。
