主要職責
根據《中共潮州市委、潮州市人民政府關於印發<潮州市人民政府機構改革方案>和<潮州市人民政府機構改革方案實施意見>的通知》（潮發[2009]19號），設立潮州市環境保護局，為市人民政府主管全市環境保護工作的工作部門，其主要職責是：（一）貫徹執行國家和省關於環境保護的方針、政策、法律法規，起草本市環境保護管理辦法、規定，並經批准後監督實施；擬訂環境保護規劃和計畫；組織編制環境功能區劃；審核城市總體規劃中的環境保護內容。
（二）監督管理大氣、水體、土壤、噪聲、固體廢物、有毒化學品以及機動車等污染的防治工作;負責輻射環境監督管理；調查處理重大污染事故和生態破壞事件；協調解決環境污染糾紛；負責環境監理和實施轄區內的環境保護綜合行政執法。
（三）組織編制環境保護任期目標和任務，檢查、指導、協調各縣和有關行業環境保護責任目標；牽頭實施全市污染減排目標、總量減排考核並公布考核結果，督查、督辦、核查各縣污染物減排任務的完成情況；組織實施本市城市環境綜合整治及其定量考核工作。
（四）受市政府委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫組織環境影響評價；監督建設項目環境影響評價和“三同時”制度的實施；按管理許可權審批環境影響評價檔案。
（五）組織和監督排污總量控制、排污申報登記、排污許可證、污染限期治理、污染集中控制和達標排放等環境管理制度的實施。
（六）組織、檢查、指導排污費的徵收、管理和使用；會同有關部門管理市級環境保護專項資金。
（七）監督管理本市自然環境保護，統籌規劃本市的自然保護區；監督對生態環境有影響的資源開發活動；指導、協調和監督全市農村生態環境保護、生態示範區建設。
（八）組織推廣環境保護科學技術成果和技術示範工程；協助辦理環保資質認可和環境管理體系、環境標誌認證；指導和推動環保產業發展。
（九）負責環境監測、統計、信息管理工作；組織建設和管理本市環境監測網和信息網；組織編報環境質量報告書；發布環境狀況公報。
（十）組織指導環境保護宣傳教育工作，普及環境科學和法律知識；組織在職人員業務培訓；指導中國小環境知識教育。
（十一）接待、受理環境保護方面的民眾來信來訪；承擔有關行政處罰、行政複議、行政應訴工作；辦理市人大、政協有關環境保護的建議、提案。
（十二）直接統一監督管理市區環境保護工作；對各縣環境保護行政主管部門和行業的環境保護工作進行業務指導；歸口管理環境保護項目利用外資工作；組織環境保護的對內對外交流與合作。
（十三）管理屬下事業單位。
（十四）承辦市委、市人民政府和上級主管部門交辦的其他事項。
內設機構
潮州市環境保護局設6個內設機構：辦公室
（1）組織協調局機關日常工作：（2）承擔文電處理、秘書事務、機關財務、保衛、保密、檔案、政務公開、信訪、督查督辦等工作；
（3）負責綜合性會議的組織工作和綜合性材料的起草工作；
（4）編報政務信息專報；
（5）負責機關和指導屬下單位的人事管理、機構編制、勞動工資、資產管理、培訓、計畫生育、黨群、紀檢、監察和離退休人員服務等工作；
（6）會同有關部門管理市級環境保護專項資金；
（7）歸口管理環境保護項目利用外資工作。
環境規劃科
（1）擬訂並組織實施市環境保護規劃和計畫；（2）負責城市環境綜合整治定量考核、環境保護責任考核工作；
（3）編制、監督實施環境保護任期目標和任務，指導、協調各縣和有關行業的環境保護目標和任務；
（4）擬訂全市主要污染物排放總量控制計畫並組織實施；
（5）組織實施全市污染減排目標，承擔總量減排的督查、督辦、核查及考核工作；
（6）指導環境監測、信息管理工作，負責環境統計，組織編報發布環境狀況公報；
（7）組織協調環境保護科學研究和技術引進，組織推廣環境保護技術成果和技術示範工程；
（8）承擔環境保護資質認可和環境管理體系、環境標誌認證等工作；
（9）指導推動環保產業發展；
污染防治科
（1）負責對全市的大氣、水、噪聲、固體廢物、危險廢物、放射源、電磁輻射、有毒化學品以及機動車等污染防治的監督和管理工作；（2）負責編制和組織實施大氣、水、噪聲、固體廢物、危險廢物、放射源、電磁輻射、有毒化學品以及機動車等環境保護專項規劃；
（3）負責大氣、水、聲環境功能區的劃定和管理工作；
（4）組織實施大氣、水、噪聲、固體廢物等排污許可證、污染源限期治理和達標排放等環境管理制度。
環境影響評價管理科
（1）負責本市許可權內的建設項目環境影響評價報告的審核和“三同時”竣工驗收審核工作；（2）組織對重大經濟和技術政策、發展規劃及重大經濟開發計畫進行環境影響評價審查；
（3）負責本市建設項目環境影響評價單位的監督管理；
（4）負責全市自然生態環境保護和農村生態環境保護的監督管理。
法制宣傳科
（1）起草本市環境保護管理辦法、規定；（2）參與重大環境問題的調研；
（3）組織環境保護執行檢查；
（4）負責行政處罰的審核，承擔行政複議、聽證和應訴工作；
（5）承辦有關的人大建議和政協提案；
（6）組織開展環境保護宣傳教育工作，普及環境科學知識和法律知識；
（7）組織環境保護新聞發布，協調重要環境新聞採訪報導，收集、分析環境輿情動態和網路環境信息；
（8）組織綠色創建活動；
（9）組織環境保護的對外交流與合作。
環境監察科
（1）負責指導、監督、協調下級環境保護綜合行政執法工作；（2）負責聯繫湘橋區、楓溪區環境保護工作，依法對轄區內排污單位執行有關環境保護法律法規的情況進行監督檢查，實施行政處罰、行政強制；
（3）負責環境污染事故和糾紛以及信訪案件的調查處理；
（4）負責對建設項目執行環境影響評價制度和“三同時”制度情況、污染治理設施運行情況以及限期治理項目完成治理任務情況進行監督檢查，實施行政處罰、行政強制；
（5）負責排污申報核定和排污費的徵收工作。
