台南縣北門鄉鯤江村海邊的三角洲，形如大魚，被稱為南鯤鯓。這裡有座台灣最古老、香火最旺的王爺廟———南鯤鯓代天府。在台灣的廟宇中，王爺廟最多，全台有近千座，都以南鯤鯓的代天府中的5位王爺為精神領袖，因此南鯤鯓代天府也被奉為全台的王爺總廟。
台灣的王爺信仰來之於福建。古時，福建沿海“放王船”風俗盛行。當瘟疫流行時，為了讓當地的人祈安求福，就要建王醮，把乘載王爺的王船送到大海，讓疫病和王船一併帶走。一些王船躲過海浪的吞噬，漂到台灣。由於台灣在開發之前，為瘴癘之地，當時的醫藥尚未發達，瘟疫一起，常常死亡無數，人心惶惶，談瘟變色。因此，台灣百姓接到大陸漂過來的王船之後，便在那個地方捐款蓋廟，台灣的王爺廟也就一座座地出現了。漂來的王船大都存放於廟內或廟旁，或為祭祀的對象，或另造小模型，供奉在神桌上膜拜。
南鯤鯓代天府建於公元1661年，已有300多年的歷史。傳說300多年前，台南麻豆漁夫楊世鄉發現了從大陸漂過來的王船，船上神像是李、池、吳、朱、范5位王爺，於是在南鯤鯓附近蓋一草寮供奉。據說很靈驗，遠近逐漸聞名，香火也就興旺起來。後籌資建廟，逐步擴大到如今這個規模。而原來的瘟疫邪神，也演變成驅瘟防疫的正神，甚至更進一步成了有求必應的萬能神。傳說5位王爺為玉帝所敕封，主要任務是稽察人間善惡，所以叫做“代天巡狩”，所駐王府也就叫做“代天府”。
如今的南鯤鯓代天府占地約為19公頃，宮殿式建築，精巧壯觀。映入眼帘的山門巍峨壯麗，兩邊是長長的迴廊，頂上繪有精美的圖案，深邃的長度，給人柳暗花明的感覺。正門廟額上刻有“南鯤鯓代天府”的旨牌，兩邊有雙龍護塔，運筆蒼勁，雕技精湛。在三川門的左右分別設有龍門和虎門，在龍虎門後面則各有一個六角形樓，左為龍鐘樓，右為虎鼓樓。凡是進香團或是貴賓入廟，就會鐘鼓齊鳴，以示敬迎。三川門和龍虎門的台階皆為三級，兩側各作五圈螺鏇形，就好像是打開的卷書，所以也叫卷書階。搭配丁字紋的紅磚鋪面，取其“人丁旺盛”之意。
代天府門楣的石楣、石壁、石窗、石堵等全都是由祖國大陸運來的青斗石、白石雕刻而成。每柱、壁、窗等均雕有中國古代故事人物或禽獸花木。三川殿前一對八角形龍柱，蒼勁渾厚，為南鯤鯓精神標誌。左右兩殿牆堵上，保留清代進士鄭板橋的石雕竹書，相當珍貴。
代天府的屋脊為歇山重檐頂，上面刻有鳳凰飛龍及各種植物造形、諸神仙傳說等，活靈活現，富麗堂皇。從上鳥瞰南鯤鯓代天府的廟頂，只見層層疊疊，組合豐富，脊線轉折變化精巧細緻，給人五彩繽紛、豪華富麗感覺。而拜殿藻井上的屋頂作八角狀，形如轎頂，俗稱“轎式屋頂”，造形獨特，成為該廟特有的建築景觀。
整個廟分為前殿後院。廟的前殿由三部分組成。以中間的代天府為主，放著5位王爺的神像，頂上懸掛著“代天行道”的橫匾，布置莊嚴。右邊是中軍府，左邊是城隍衙。正殿中央有一八角藻井，出自名家之手。它是由無數小塊香木榫接而成，向中心逐層嵌疊，匯集於最高點。按照周易六十四卦三百八十四爻，配合一年四季十二月廿四節氣與七十二候所形成的卦候圖而來的。整體結構奇巧，拼疊緊密，造形富麗精美，如同一幅蜘蛛結網的圖案，是該廟的寶貴文物之一。後來由台灣師傅雕刻的漁、樵、耕、讀四木雕，也是非常難得的藝術精品。
代天府的後殿，是供奉觀世音菩薩的青山寺。木製的門額上雕有雙龍搶珠，兩旁各雕有一隻螭虎，姿態悠雅閒逸。
在正殿後牆、青山寺正對面的牆壁，是台灣惟一用珊瑚礁石砌成的牆壁，並做金錢圖案，被稱為金錢壁。金錢作九五排列，枚枚相疊，塊塊相扣，幾乎看不到疊痕與縫隙。構圖優美，意寓招財納福。
