一、主要職能職責
1、貫徹執行國家自然保護的法律、法規和方針、政策；
2、組織實施自然保護區的規劃；
3、制定自然保護區的各項管理制度，統一管理自然保護區；
4、組織自然保護區自然資源管理及界標的設定，協調自然保護區的林政、防火、野生動植物保護工作；
5、調查自然資源並建立檔案，組織環境監測，保護自然保護區內的自然環境和自然資源；
6、組織或者協助有關部門開展自然保護區的科研工作；
7、在不影響自然保護區的自然環境和自然資源保護的前提下，開展旅遊開發及林場的生產經營等活動；
8、開展自然保護知識宣傳教育，積極開展社區共管；
9、依法開展自然保護區的國內外交流合作；
10、負責對涉及保護區範圍的舜皇、紫雲、金子嶺、萬峰四個國有林場的管理與指導；
11、依法查處保護區內違反野生動植物資源管理政策、法規的各類行政案件；
12、完成上級交辦的各項工作、任務。
二、內設機構
根據工作需要設定5個副科級內設科室。
1、辦公室（加掛監察室牌子）：負責協調各職能機構之間的分工與合作；組織編制自然保護區長遠和年度發展計畫；開展日常管理，負責做好文秘、黨群、紀檢監察、機構編制、勞保人事、計生、後勤、工會等工作。編制4名，其中主任（副科級）1名，副主任（正股級）2名。
2、計畫財務科：負責保護區的基本建設，計畫統計、財務管理、下屬機構財務撥付及監督管理，上級項目資金的爭取及劃撥。編制3名，其中科長（副科級）1名，副科長（正股級）1名。
3、資源保護管理科：負責自然保護區資源保護的日常管理工作，護林防火和林業有害生物防治工作，自然保護區的法制宣傳、行政執法，組織自然資源管理及界標的設定；指導、監督護林哨卡和�望台的業務工作；協助森林公安派出所偵破違法犯罪案件。負責轄區內的保護管理站和管護點的監管指導工作。編制4名，其中科長（副科級）1名，副科長（正股級）2名。
4、經營管理科：負責制定、實施自然保護區的生態旅遊、多種經營發展規劃及經營管理；自然保護區的造林綠化和營林生產；負責舜皇、紫雲、金子嶺、萬峰四個國有林場的協調管理、發展及經營管理的指導。編制3名，其中科長（副科級）1名，副科長（正股長）1名。
5、科教宣傳科：負責自然保護區的常規性科學研究和生態環境監測工作；收集、整理各種自然資源進行課題研究；負責新技術的開發、引進與推廣工作；負責科研檔案、標本、儀器設備、圖書資料的管理及科普宣傳教育等。編制2名，其中科長（副科級）1名，副科長（正股級）1名。
三、領導職數和人員編制
管理局機關定全額事業編制22名，其中局長、書記各一名（副處級），副局長2名（正科級）、紀委書記1名（正科級），總工程師1名（正科級），內設機構副科級職數5名。
按規定核定機關後勤事業編制2名。
四、管理局直屬機構領導職數和人員編制
涉及自然保護區的4個林場劃歸自然保護區管理局管理，其它林場維持林業局管理不變。
1、舜皇山林場整體劃歸舜皇山國家級自然保護區管理局管理。在舜皇山林場機關加掛湖南舜皇山國家級自然保護區管理局舜皇山保護管理站牌子，實行兩塊牌子一套人馬辦公，機構級別為副科級。機構性質維持原林場差額性質不變。核定舜皇山保護管理站和舜皇山林場機關差額事業編23名，其中場（站）長、書記各1名，副場（站）長3名。負責舜皇山保護管理站及林場的全盤工作。原新寧縣舜皇山自然保護區管理所及湖南省新寧縣舜皇山森林公園管理處同時核銷。財政可根據保護區面積核一定金額的保護經費並納入預算。
2、紫雲山林場整體劃歸舜皇山國家級自然保護區管理局管理。在紫雲山林場機關加掛湖南舜皇山國家級自然保護區管理局紫雲山保護站牌子，實行兩塊牌子一套人馬辦公，機構級別為副科級。機構性質維持原林場差額性質不變。核定紫雲山保護站和紫雲山林場機關差額事業編制20名，其中場（站）長、書記各1名，副場（站）長3名。負責紫雲山保護站及林場的全盤工作。原新寧縣紫雲山自然保護區管理所同時核銷。財政可根據保護區面積核一定金額的保護經費並納入預算。
3、萬峰林場整體劃歸舜皇山國家級自然保護區管理局管理。在萬峰林場機關加掛湖南舜皇山國家級自然保護區管理局萬峰保護站牌子，實行兩塊牌子一套人馬辦公，機構級別為副科級。機構性質維持原林場差額性質不變。核定萬峰保護站和萬峰林場機關差額事業編18名，其中場（站）長、書記各1名，副場（站）長3名。負責萬峰保護站及萬峰林場的全盤工作。原新寧縣萬峰山自然保護區管理所同時核銷。財政可根據保護區面積核一定金額的保護經費並納入預算。
4、金子嶺林場整體劃歸舜皇山國家級自然保護區管理局管理。在金子嶺林場機關加掛湖南舜皇山國家級自然保護區管理局金子嶺保護站牌子，實行兩塊牌子一套人馬辦公，機構級別為副科級。機構性質維持原林場差額性質不變。核定金子嶺保護站和金子嶺林場機關差額事業編17名，其中場（站）長、書記各1名，副場（站）長3名。負責金子嶺保護站及林場的全盤工作。財政可根據保護區面積核一定金額的保護經費並納入預算。
