一、主要職責
（一） 負責在保護區貫徹執行黨和國家的路線、方針、政策及有關自然保護區的法律、法規。（二） 研究制定適應保護區的各項規章制度和管理措施，並負責監督落實。
（三） 採取有效措施對保護區內自然資源和自然環境實行全面管理，對區內人事、財務、多種經營，基本建設等重大事項進行科學決策。
（四） 代管小溪鄉和鎮溪鄉，對長官鎮的野竹村、回龍鄉的吳家村和張壩村、朗溪鄉的尚家村等共19個村的自然資源與環境實行保護和管理。
（五） 完成縣委、縣政府交辦的事項。
二、 內設機構
（一） 辦公室負責處理局機關的日常工作和各科、室、站的協調工作；負責文字綜合、信息調研及有關會務與檔案工作；負責上傳下達及公共關係、內務管理及後勤工作；承辦黨務、紀檢監察、機構編制、人事勞動等具體工作。
（二） 資源保護科
負責貫徹執行自然保護區有關方針、政策和法律、法規；制定保護管理制度、措施；負責自然保護方面的宣傳教育；負責森林資源、野生動植物的保護管理，環境監測與保護；負責森林防火工作。
（三） 計畫財務科
負責財務預決算；負責各種項目資金管理和日常財務管理、固定資產的登記與管理等工作。
（四） 科研科（對外稱科研所）
負責編制科研計畫，確定科研課題，編制科研報告；組織配合有關國內外專家對保護區的科研、考察活動，為保護區有效保護提供科學的依據。
（五） 經管宣教科
負責保護區內農村宣傳教育和合理利用自然資源方案的落實，有計畫地開展各種生產和經營活動。
三、 其它事項
設立湖南小溪國家級自然保護區公安派出所，加掛永順縣森林公安分局小溪派出所牌子，合署辦公，級別與其他公安派出所同等對待，隸屬保護區管理局、縣公安局雙重管理。行政上以管理局管理為主，業務和人員調配由縣公安局主管，並應徵求管理局意見。派出所所長由縣公安局派出，教導員由森林公安分局派出，一般幹警從公安局和森林公安分局現有在編人員中選調。人員列入公安序列，所有派出所人員的調配、任免均應按政策規定和程式報批。公安派出所主要職責是負責轄區內的治安秩序，掌握社會治安情況，預防和制止保護區內各種違法犯罪活動，查處保護區內的治安案件和刑事案件。向民眾進行法制宣傳教育，搞好重點人口管理工作。
公安派出所經費由管理局負責。
