2000年土木建築系更名為土木工程系。
2001年公路與城市道路專業從城市建設系調整至土木工程系，至此，歷經17年的建設和多次專業調整，“大土木”的構架已基本形成。
湖南城市學院成立後，2003年12月，土木工程系與城市建設系合併，土木工程學院成立。
2006年1月，在院系調整中，恢復成立城市建設系，相關專業亦相應從土木工程學院劃出。
目前，土木工程學院是湖南城市學院師生人數最多的院系，下設院辦、黨務辦、學工辦、成教辦等4個行政辦公室，有力學、建材、城市地下空間與隧道工程、結構、施工、道路、橋樑、交通工程8個教研室以及土木工程實驗中心和土木工程檢測中心。
土木工程學院現有土木工程、力學、材料科學與工程和交通運輸工程等4個一級學科，12個二級學科。本科專業有土木工程（含建築工程、交通土建、城市地下空間與隧道工程三個方向）；專科專業有建築工程技術（原房屋建築工程專業）、道路橋樑工程技術（原公路與城市道路工程專業）2個專業。有專任教師61人，兼職教師4人，實驗室教師8人，其中，教授6人，占7.3%；副教授21人，占25.6%；高級工程師9人，占10.98；高級實驗師2人，占2.44%；講師17人，占20.7%；工程師7 人，占8.5%。在職教師中有博士7人，在讀博士18人，碩士48人。目前土木工程學院有全日制在校學生2536多人，51個班級，其中本科班46個，專科班13個。
土木工程實驗中心成立於2002年，下設建材、力學、土工、結構、道路、橋樑等專業實驗室。經過十餘年的發展，現已成為具有一定規模的學校重點實驗室之一。本中心現有專業技術人員14名，其中博士生1人，高級職稱1人，中級職稱5人。本中心擁有六層土木實驗樓1棟，結構廠房一棟，建築面積約8000平方米，實驗設備約400餘台套，總值約800萬元，擁有多台先進的大型設備、儀器，其中包括500噸壓力試驗機、結構疲勞試驗機、全站儀、樁基檢測儀、電子萬能試驗機、智慧型液塑限聯合測定儀，多功能振動測試系統，超音波檢測儀等。隨著本科教育的發展，土木工程實驗中心將進一步加大對實驗室建設的力度，爭取邁上一個新的台階。土木工程實驗中心除承擔了全校工程類專業的實驗教學任務外，還和湖南城市學院土木工程檢測中心對外承接了大量房建、道路、橋樑、岩土、測繪工程等方面的試驗和檢測項目，同時也是重要的科研基地。
湖南城市學院土木工程檢測中心（以下簡稱檢測中心），成立於2001年8月，為獨立法人檢測機構。湖南城市學院土木工程檢測中心在益陽市工商局依法註冊，是獨立核算、自負盈虧的經濟實體。中心企業法人證書登記編號為4309001000830 ，組織機構代碼為74838821-X，註冊資金為人民幣壹佰捌拾萬元。檢測中心於2003年1月獲得省質量技術監督局的計量認證，2003年4月獲得營業執照，2003年5月獲中華人民共和國組織機構代碼證，2003年9月獲省建設廳二級試驗室資格。2004年5月獲省交通廳乙級試驗檢測資質（包含橋樑荷載試驗檢測）， 2008年11月獲得湖南省建設廳見證取樣資質和湖南技術質量監督局頒發的計量認證證書，2009年2月獲得交通廳公路工程綜合乙級資質。2009年7月，獲得湖南省乙級諮詢資質。2009年8月獲得地基基礎計量認證增項，為產學研結合提供了廣闊的平台。
