背景
公元1644年初（崇禎十七年，即順治元年）農民起義軍向北京發起進攻，明王朝已處於土崩瓦解的危急狀態之中。形勢的最新變化訊息傳到盛京，清統治者認為這是入主中原的絕好機會。
明末農民戰爭而明朝最後一位皇帝崇禎帝在煤山自縊殉國，當天
大順皇帝李自成進入北京，標誌著明朝的滅亡。在短短的兩三個月里，大順政權憑藉兵威和深得民心，迅速地接管了整個黃河流域和部分長江流域的大片疆土，統治區包括了現在的陝西、寧夏、甘肅、青海、山西、河南、河北、北京、天津、山東全境以及湖北、江蘇、安徽的部分地方。山海關外的明朝軍隊在平西伯吳三桂、遼東巡撫黎玉田的帶領下撤入關內，並且同山海關總兵高第一道投降了大順政權；清廷乘機派鄭親王濟爾哈朗等收取了關外地區，這樣就形成了大順政權同清政權隔關相峙的局面。
以崇禎帝為首的明中央朝廷葬身於農民起義的烈火中，並不意味著明朝統治的全面結束。當時，明朝殘餘勢力盤據的地方還很大。除了張獻忠領導的大西軍正處於進軍四川途中以外，江淮以南的半壁江山仍然在明朝委任的各級官員統治之下，他們自居正統，繼續奉行崇禎年號。
而關外的滿清軍隊緊緊抓住農民軍推翻明王朝這一良機，當機立斷，迅速出兵，打出為故明臣民復君父仇的旗號。就在滿清政權接連取得軍事大勝利之時，皇太極以暴疾溘然長逝。掌握滿清實權的攝政王多爾袞揮師入關，入主中原。
過程
清軍入關和定都北京
對清軍入關起關鍵作用的多爾袞掌握清朝軍政大權的攝政王多爾袞繼承太宗的建立全國統一政權的戰略方針，積極
準備進攻明朝殘餘勢力。順治元年（1644年）春，他曾派人去陝西聯絡李自成領導的農民軍，以圖協謀同力，共滅明朝。但佇待多日，不見回信，後來得悉北京城已被李自成占領，決定利用這一混亂之機，集結傾國兵力，親自率兵攻占北京，以完成清的一統大業。
與此同時，占據北京的農民軍領袖李自成為防清兵入關，多次派人招降明山海關守將吳三桂，但未成功。在這種形勢下，李自成於四月十三日率師東征，兵鋒所及，直指山海關。
吳三桂得知農民軍前來進攻的訊息後，異常焦慮，立即派人向多爾袞乞援。
四月十五日，多爾袞率清兵進抵翁後 （今遼寧阜新境內），接到了吳三桂的乞援信，大喜過望，認為清軍找到了一個引路人；但對信中提出的以“財帛”和“裂土”為乞援的條件十分不快，立即回書說，清軍此次進兵不僅要消滅李自成的農民軍，而且更為重要的是在中國確立統治，要吳三桂認清形勢，儘早投降清廷，“必封以故土，晉為藩王。一則國讎得報，一則身家可保，世世子孫，長享富貴，如山河之永也。
”
吳三桂接到多爾袞的回信後，感到在李自成大軍壓境的危急局勢面前，只有降清才能保住自己的官爵和富貴，於是一方面在山海關城西石河一帶集結軍隊，設陣布防，對付前來進攻的農民軍，另一方面又急修書信，再次派人向多爾袞表達薙髮投降的願望。這樣，在共同對付農民起義軍的目標之下，滿漢官僚地主階級已相互勾結在一起了。
當多爾袞接到吳三桂第一封乞援信後，立即抓住這一有利時機，並當機立斷，改變了皇太極一貫採用的侵明路線 （即繞過山海關，越過長城，突入關內），整兵日夜兼程，直接疾馳山海關。
然而，李自成對滿漢地主階級的這種聯合和勾結缺乏足夠的估計，對即將到來的與吳三桂、多爾袞聯軍的作戰更是認識不足，因而在思想上和軍事行動上沒有作出任何必要的準備。這就注定了李自成在這場激戰中必然失敗的結局。
引清兵入關的吳三桂四月二十一日清晨，李自成率領
的農民軍抵達山海關，當即展開攻奪關城的戰鬥。山海關是連線關內外的咽喉之地，形勢十分險要，為兵家必爭之地。它以關城為主體，四面各有一輔翼之城，東西名為東羅城、西羅城，南北名為南翼城、北翼城。李自成首先在西羅城前的石河一帶，向吳軍發起猛烈進攻。經過長達8個小時的激烈戰鬥，大批吳軍被殲，死者枕借，石河防線也被迅速突破。
這時，只見農民軍的一支精銳部隊向西羅城逼近。明守將眼看抵擋不住，於是設計了一個偽降計，使天真質樸的農民軍上當受騙，他們的進攻受到了挫折。與此同時，東羅城和北翼城的明軍也陷於農民軍的圍困之中，瀕臨危殆，難以支撐。只有南翼城瀕臨大海，農民軍無法進攻，而未有戰事。至晚，激戰一天的農民軍未能攻克關城，暫且收兵回營，次日再戰。
當天晚上，多爾袞率領清軍，經過了一晝夜200里的急行軍，來到關外十五里處，由於天色昏黑，咫尺難辨，屯兵不進。次日早晨，吳三桂得知清兵已到關前，急不可耐地要抓住這棵救命稻草。於是，他率領當地紳衿和一些親軍，在炮火的掩護下，突圍出城，馳往清營，正式向多爾袞薙髮稱臣，投降了清廷。但是，多謀善斷的多爾袞卻不肯讓清軍輕易地投入戰鬥，而是令吳三桂先行回關，領軍出戰；由其兄弟英王阿濟格、豫王多鐸領清軍尾隨入關，隱蔽在關城之下，相機而動。
這時，李自成鑒於山海關城堅難以攻克，已改變戰術，停止攻城，而是把6萬大軍沿石河西岸擺成一字陣式。這一天，李自成農民軍和吳軍進行了長達十個小時的更為激烈的戰鬥。吳三桂雖然揮軍死斗，無奈力不能支，被農民軍團團圍住，幾番衝殺，均不能出圍。正當雙方戰至精疲力竭之時，一直作壁上觀的多爾袞看到時機已到，立即命令十萬清軍從陣右猝然殺出。農民軍對這突如其來的事變還未反映過來時，就已處於吳軍和清軍兩面夾擊之中，立即陷入困境。不料，這時天公也不作美，農民軍剛一接觸清軍，即狂風大作，陣陣黃埃由遠及近，咫尺難辨人影。這些使農民軍很快失去戰鬥力，不戰而潰。李自成只得帶著餘下的農民軍戰士向關內退卻，二十六日回到北京，
不久，多爾袞和吳三桂的追兵漸漸逼近，李自成只得於三十日退出北京，
返回西安。
山海關戰役是明清之際一次十分重要的戰役，對交戰各方均有舉足輕重的作用。首先，清軍靠坐收漁人之利，擊敗了農民軍，掃清了入關建立全國政權的障礙；其次，吳三桂引清兵入室，標誌著滿漢地主階級聯合和勾結的開始；再次，農民軍的受挫，導致其一蹶不振，不可避免地走上了徹底失敗的道路。
李自成退出北京的第二天，即五月初二日，尾隨而至的多爾袞率領清軍到達北京。多爾袞為儘快建立全國統一政權，需竭力擴大清統治的階級基礎。為此，他提出了“除暴救民”、“復君父仇”的口號，下令全國軍民為崇禎帝服喪，官僚地主只要薙髮歸順照舊錄用，加封吳三桂為平西王，歸降的地方官加升一級，廢除三餉加派等等，以爭取和籠絡漢族官僚和地主階級
。
不久，多爾袞發現，京城內外人民經亂離之後，對清統治者驚疑未定，訛言遍地，而其中最為駭異的，竟有“訛傳七八月間東遷者”，這將對清朝統治極為不利。於是，他和諸王等商議，認為“燕京勢踞形勝，乃自古興王之地”，定議建都燕京（今北京），派輔國公吞齊喀等人前往盛京（今瀋陽）“迎駕” 。
九月十九日，順治帝和滿族統治集團抵達北京。十月初一日，世祖祭告天地社稷，“奉太祖、太宗神主入太廟”，即皇帝位，國號仍為“大清”，定都燕京，年號順治。接著，舉行了隆重的登基大典，接受王公百官的三跪九叩禮，禮成，頒詔天下。
詔書一方面把清廷定都燕京說成是“荷天眷”、“順民情”，另一方面又祈求天地“佑助”，使“我大清皇圖永固”。這標誌著清朝中央政權在全國的確立，從此一個新的皇朝出現在中國的歷史舞台。
消滅農民軍
在揚州抗清的史可法李自成大順軍于山海關戰敗
後，被迫撤離北京，退往豫、陝，以西安為都，組織山西、河南、陝西、湖北各地大順軍抗清作戰。順治元年十月，多爾袞命英親王阿濟格為靖遠大將軍，率兵3萬餘，經山西入陝；命豫親王定國大將軍多鐸率兵2萬餘，由河南趨陝，兩路合攻西安。
十二月，多鐸部從孟津渡過黃河，連破洛陽、靈寶等地，進逼潼關。大順軍於潼關設重兵防守，力圖拒清軍於關外。清軍在潼關連戰十餘日，後調來紅衣大炮攻關。順治二年正月，攻占潼關，直指西安。此時，阿濟格部亦已由山西渡過黃河，攻占綏德、延安等地。為脫離腹背受敵的危局，李自成主動放棄西安，率部退入豫陝鄂三省交界的商洛地區，繼續抗清。
清廷見大勢已定，便抽調多鐸部轉兵東南，命阿濟格部繼續追擊大順軍。五月，李自成行至湖北通山縣九宮山，被地主武裝殺害，大順政權亡。清軍相繼攻占豫、陝、鄂。大順軍餘部在李過、郝搖旗、高夫人等率領下，後與南明聯合繼續抗清。
1646年的中國形勢大順軍占領北京後，腐集在江南的明朝官僚於五月間扶植明福王朱由崧在南京建立弘光政權，擁兵數十萬。朱由崧命兵部尚書兼東閣大學士史可法督師揚州，總兵劉澤清、劉良佐、黃得功、高傑分守江北，企圖保住半壁河山，與清朝分南北而治。然而，弘光政權建立伊始便陷入激烈的黨爭，同室操戈，無暇防務。唯有史可法忠於職守，積極備戰。順治二年正月，多鐸由西安轉兵東南，進攻弘光政權。
三月，清軍攻占歸德（今河南商丘）；四月，分兵進攻徐州、亳州（今安徽亳縣），兵鋒直指兩淮。明督師史可法於揚州指揮軍民拚死抵抗，堅守l0天，後城破被殺。
此後，清軍幾乎未遇抵抗。五月，清軍渡過長江，占領南京，在蕪湖（今屬
安徽）俘獲朱由崧，弘光政權亡。由於清廷強制推行“剃髮”政策，江南地區爆發了大規模的反剃髮鬥爭，民族矛盾異常尖銳。多爾袞先後調兵24萬，鎮壓了江陰號稱40萬軍的反抗；鏇又三次屠殺上海嘉定抗清民眾，史稱“嘉定三屠”。不久，清廷改變政策，在分兵掠地的同時，派兵部尚書洪承疇經略江南，以漢治漢，實施折撫，方安定了江南局勢。
當清軍占領北京，開始向大順軍進攻時，張獻忠於當年十一月在成都建立大西政權，控制四川，威脅陝、鄂。順治二年十一月，江南已定，多爾袞命駐西安的內大臣何洛會為定西大將軍，並派固山額真巴顏等率部相助，由陝西往攻大西政權。該部清軍在漢中地區遭到大西軍攔阻，進川未果。
順治三年（1646年）正月，清廷命肅親王豪格為靖遠大將軍，擊敗漢中農民軍，於十一月入川。張獻忠率眾數十萬北進西充，豪格命鰲拜、準塔等為先鋒，自率主力隨後，於二十七日黎明追及大西軍，張獻忠被射殺。接著，清軍分兵出擊，連破大西軍營130餘處，殺傷數萬人，占領四川。大西政權亡，餘部由孫可望、李定國等率領，轉入雲、貴地區繼續抗清。
攻滅南明和明鄭
滅弘光政權
參見：
弘光政權被消滅後，明唐王朱聿鍵於二年閏六月在福州稱帝，改元隆武；魯王朱以海稱監國於紹興。浙、閩地區抗清鬥爭日益高漲。三年二月，清廷命博洛為征南大將軍，率部進攻浙、閩。五月，清軍至杭州，陳兵錢塘江上。朱以海沿江設防連綿數百里。六月，清軍渡江，占領紹興，朱以海逃亡海上，魯王政權亡）。清軍占領浙江大部。八月，博洛兵分兩路，由衢州（今浙江衢縣）、廣信（今江西上饒）進攻福建。操縱隆武政權的鄭芝龍秘密降清，撤除入閩關口仙霞嶺（今屬浙江）之防守。博洛部長驅而入，二十八日攻占汀州（今福建長汀），俘殺朱聿鍵，隆武政權亡。九月，清軍占領福州，分兵撫定全閩。
滅隆武、永曆政權
隆武政權滅亡後，當年十一月，廣東建立了兩個南明政權：唐王朱聿建稱監國於廣州，年號紹武；桂王朱由榔在肇慶繼位，年號永曆。二者互爭帝統，相煎火併。此時清廷已命孔有德為平南大將軍，率部進攻湖廣和兩廣。命佟養甲、李成棟領兵由閩南攻廣東。十一月，李成棟攻占潮州（今廣東潮安）、惠州，十二月占領廣州，朱聿?自縊身死。紹武政權亡。時大順軍餘部李過、郝搖旗等及大西軍餘部孫可望、李定國等，先後與南明聯合抗清，軍勢大振，與清軍在贛、湘、兩廣地區展開拉鋸戰。激戰四年，清軍孔有德部攻占廣西，尚可喜部重占兩廣地區。
這時，孫可望，李定國率大西軍餘部兩路出師，進攻湖廣、四川，數月內拓地數千里，迫定南王孔有德自盡，又陣斬敬謹親王尼堪，局勢為之一變。十年五月，洪承疇受命經略湖廣、雲、貴等省，制定了嚴防重鎮，互為犄角，先安湖廣，後平雲貴的方略，基本上停止了大規模的攻勢作戰。雙方相峙近四年，後孫可望與李定國內訌，孫可望於十四年九月戰敗降清。清軍乘南明內亂，人心未定之機，發動大規模進攻。十五年四月攻占貴陽，隨定貴州全省。九月，清信郡王鐸尼奉命至貴州主持西征軍務，分北、南、中三路向雲南進攻：北路由吳三桂率領，自遵義經七星關；南路由卓布泰率領，自乎浪（今都勻）經安隆所；中路由鐸尼親率，自平越經關嶺鐵索橋。十六年正月初三，三路會師占領昆明，永曆帝逃往緬甸。十七年八月，清廷以內大臣愛星阿為定西將軍，統兵往雲南，會同吳三桂等部追擊永曆帝。十八年九月，清軍分兩路，右路由愛星阿、吳三桂率兵5萬出隴川、勐卯（今瑞麗）；左路由馬寧、王輔臣率兵2萬出姚關。十二月，吳三桂部至緬甸境，索獲朱由榔，班師昆明。永曆政權亡
。
肅清東南沿海
在東南沿海，永曆政權的另一支柱鄭成功部，以福建金門、廈門為基地，先後三次北伐，屢與清軍作戰，互有勝負。
鄭成功收復台灣順治十八年（1661年），民族英雄鄭成功驅逐荷蘭侵略
者，收復台灣，作為抗清基地。翌年，鄭成功病逝，子鄭經嗣位。康熙三年、四年，清福建水師提督施琅兩次率軍征台，遇颶風無功而返，於是清廷決定招撫。康熙六年五月，清廷對鄭經許以“八閩王及沿海諸島”，鄭經予以拒絕，宣稱“東寧（台灣）遠在海外，非屬版圖之中”，要求清廷仿照朝鮮的成例處理台灣與中央政權之間的關係。鄭經的言行使台灣鄭氏集團與清廷的矛盾從抗清一變成為分裂祖國。康熙帝對鄭經的要求給予嚴厲的駁斥，指出：“朝鮮系從來之外國，鄭經乃中國之人”。為了維護國家統一，康熙帝任命施琅為福建水師提督，於康熙二十二年（1683年）武力統一台灣，鄭成功之孫鄭克塽率部降清。這之後，就如何管理台灣的問題，又引發了清廷內部一場“棄留”之爭。康熙帝明確指出：“台灣棄取關係甚大”，“棄而不守，尤為不可”。據此，清廷在台灣設定一府三縣，總兵官一員，兵八千；澎湖設副將一員，兵二千，隸屬於福建省。從此，台灣和大陸統一起來，其行政建制與內地劃一。
剿滅夔東十三家
李來亨抗清
1659—1664年的中國形勢順治七年冬，大順軍忠貞營
由李來亨及黨守素率領，從廣西輾轉至夔東，與先期進駐該處的劉體純、郝搖旗、袁宗第、塔天寶、馬騰雲等大順軍餘部會合，逐步聯合南明王光興、賀珍、楊啟明及地方反清武裝首領譚文、譚詣、譚宏等共13部，奉南明永曆年號共同抗清，謂“十三家軍”。最盛時眾至20餘萬，活動範圍以興山縣（今屬湖北）茅麓山為中心，地跨大巴山、武當山、巫山、荊山四大山系、20餘縣。
劉體純、袁宗第等部駐於巴東及夔州地區，稱西線；郝搖旗等部駐於房縣為中心的地區，稱北線；李來亨等部駐於興山茅麓山區，稱東線。為鞏固這一人煙稀少、土地貧瘠的抗清基地，十三家軍安撫百姓，恢復生產，組織屯墾，發展貿易，解決物質困難，為長期堅持鬥爭創造條件。十三家軍接受永曆朝廷封爵官職，有時在戰略上也與永曆朝廷的主要支柱大西軍餘部相互支援。由於地域阻隔和派系之爭，各部之間缺乏統一指揮。儘管如此，十三家軍建立的抗清基地，扼控長江航道，使清軍只能從陸路北經陝西或南經廣西進兵西南，抵禦了清軍武力圍剿，有力地牽制了南下清軍。
康熙元年（1662），以大西軍為主體的西南抗清鬥爭失敗，東南沿海抗清勢力也因鄭成功病卒而削弱。同年九月，清廷集中兵力，三路圍攻夔東十三家。東南路由湖廣提督董學禮統兵3萬，西北路由陝西提督王一正統兵3萬，西路由四川總督李國英統領。二年正月初三，李國英率軍渡大寧河（今四川巫溪東），袁宗第被迫放棄大昌（今屬四川），撤入深山茶園坪。據守大寧（今巫溪）的賀道寧率部出降。清軍乘機進攻茶園坪。袁宗第寡不敵眾，傷亡2000餘人，率餘部轉入鄂西同郝搖旗部會合。與此同時，董學禮部攻占長江通道香溪口（今湖北秭歸西）。正月上旬，王一正率軍進攻郝搖旗部，占領竹山、竹溪。二月，郝搖旗部在房縣赤土坡、鄧川峪兩次作戰失利，被迫於六月間放棄經營12年的房縣基地，轉入川、鄂交界的吳家垣子同劉體純部會合。
劉體純、郝搖旗抗清
劉體純、郝搖旗在清軍三面進逼、基地逐漸縮小的處境下，決定聯合李來亨部對清軍實施反擊。七月二十三，李、劉、郝三部出清軍不意，合力奮擊，大敗進至興山縣的董學禮，迫其率殘部逃回夷陵（今湖北宜昌）。李、劉、郝諸部乘勝聯舟西上，反擊李國英部。
八月廿五，李來亨等率軍造雲梯，挖地道，進攻巫山城，數日未下。九月初七黎明，與出城的李國英部決戰失敗，傷亡將士7000餘，次日被迫撤退。十三家軍活動餘地越來越小，處境日趨不利。是年秋，清廷又增派滿洲八旗兵參戰，命西安將軍傅喀禪統駐防兵由陝入川；以穆里瑪為靖西將軍、圖海為定西將軍統京師勁旅萬人往湖廣。十二月下旬，劉體純在巴東縣陳家坡連遭失敗後自縊。接著，郝搖旗、袁宗第在黃草坪作戰中被俘殺。是年冬，王光興、馬騰雲、黨守素、塔天寶相繼降清。李來亨部被20萬清軍重圍於茅麓山，同外界聯繫隔絕，相持數月，糧草不濟，於三年夏兩次突圍未成。八月初，李來亨拒降，合家自焚，所部大多戰死。
此戰，歷時14年，十三家軍主動出擊，流動作戰，多次粉碎清軍圍攻。但因力量懸殊，加之各部之間缺乏統一指揮，被清軍各個擊破而告敗。
平定三藩之亂
參見： 清平耿精忠之戰、衢州之戰、岳州之戰、清平王輔臣之戰、清平尚之信之戰、建昌之戰、保寧之戰
康熙十二年（1672年），康熙帝下令撤藩。雲南平西王吳三桂舉兵造反，福建靖南王耿精忠、廣東平南王尚之信先後回響，是為三藩之亂。吳三桂舊部任他省提督、總兵者也紛紛倒戈反清，半箇中國陷入戰火，清王朝處於生死存亡的危急關頭。吳三桂自立為帝，並授意達賴喇嘛上奏清廷，勸說康熙皇帝“裂土罷兵”，讓他割據南方。康熙帝對此痛加駁斥：“朕為天下人民之主，豈容裂土罷兵？！
”經過八年的戰爭，於康熙二十年最終平定了三藩之亂。
抵抗沙俄
清初抗擊沙俄侵略明清之際，沙皇俄國持續侵擾中國黑龍江流域達數十年之久。康熙帝親政之後
，曾多次通過外交途徑敦促俄國遠征軍從中國領土上自動撤離，未果。康熙二十四年、二十五年，清朝發動了抗擊沙俄入侵、收復中國領土的兩次雅克薩之戰，於康熙二十八年（1689年）與沙皇政府簽訂了《中俄尼布楚條約》，劃定了中俄兩國東段邊界，制止了沙俄的侵擾，使這一地區保持和平一百餘年。雍正五年（1727年），清廷與沙俄政府簽訂《布連斯奇條約》以劃分中俄中段邊界，經勘界後，翌年簽訂了《恰克圖條約》。對此，法國學者加恩評價說：“藉助於《尼布楚條約》，它（清廷）已經遏止了俄國緊逼黑龍江流域；藉助於《恰克圖條約》，它又使俄國人遠離北京，並且用條約阻止俄國人的進展。
”
平定青藏地區
清平西藏之戰
清康熙五十六年（1717年）至五十九年（1720年），清軍擊敗占擾西藏的準噶爾部，開始進軍西藏。
平定西藏的康熙康熙五十九年正月三十日，康熙帝命撫遠大將軍允禵率軍，由西寧移駐穆
魯烏蘇，居中調度；授都統延信為平逆將軍，出青海，向喀喇烏蘇進兵，此為清軍中路；授護軍統領噶爾弼為定西將軍，會合雲南都統武格所部，由四川巴塘進藏，此為清軍南路；命靖逆將軍富寧安與振武將軍傅爾丹，分別於巴里坤、阿爾泰策應。當年四月，清軍出發。平逆將軍延信統領中路清軍，護送達賴喇嘛，由西寧進藏。這條道路多深山窮谷，瘴氣瀰漫，清軍除戰勝惡劣的自然條件外，接連打破大策零敦多布的重重阻截。
八月十五日夜，大策零敦多布襲擊駐於卜克河的清營，反被擊敗。
八月二十日、二十二日凌晨，大策零敦多布先後襲擊齊倫郭爾和綽馬喇的清營，均被擊敗。大策零敦多布慌忙掉頭退向拉薩，後率少數人回到伊犁。延信將大軍留駐達木，率少量騎兵，護送達賴喇嘛向拉薩進發。南路清軍在噶爾弼率領下，自成都啟程，經打箭爐、里塘、巴塘，於六月間至察木多（今西藏昌都）；七月底八月初進至拉里（今西藏嘉黎）。時大策零敦多布派吹木丕勒寨桑，率2600人，守御墨竹工卡。噶爾弼改變原定等候中路大軍的計畫，於八月初六日直撲墨竹工卡。吹木丕勒寨桑逃往達木，墨竹工卡的呼圖克圖歸順清軍。清軍順利占領墨竹工卡後，即向噶爾招穆倫渡口。這裡有第巴達克咱領藏兵2000餘人據守。
清軍一到，藏兵便不戰而潰，達克咱投降。至此，進入拉薩之路被打開。噶爾弼決定乘拉薩兵力空虛，直搗拉薩，遂命達克咱準備皮船，於八月二十二日率清軍渡過噶爾招穆倫河；隨即，兵分三路，進攻拉薩。二十三日晨，拉薩一攻即下。九月十五日，噶桑嘉措在布達拉宮舉行六世達賴喇嘛坐床典禮。驅準噶爾安定西藏戰爭結束。從此，清朝進一步加強對西藏的統治，派兵駐藏，組成四噶布倫聯合掌政的西藏地方政府。
清平青海之戰
參見：清平青海之戰
指揮清軍平定青海的雍正帝平定青海之戰是清雍正元年（1723年）至二
年（1724年），撫遠大將軍年羹堯統軍平定青海和碩特蒙古首領羅卜藏丹津武裝叛亂的作戰。
羅卜藏丹津自稱“達賴渾台吉”，統馭諸部。親王察罕丹津、郡王額爾德尼等不從，羅卜藏丹津便發兵進攻之。雙方四次交戰，察罕丹津、額爾德尼等皆敗，退往甘肅河州地區（今甘肅臨夏），並向清政府求援。雍正元年七月，雍正帝命駐西寧（今屬青海）兵部侍郎常壽往諭，命羅卜藏丹津收兵。羅卜藏丹津竟扣留常壽。九月，青海塔爾寺大喇嘛察罕諾門汗從羅卜藏丹津叛，挑唆遠近喇嘛及百姓20餘萬人，掠牛馬，燒草谷，抗官兵，犯西寧。青海大亂。雍正元年十月，川陝總督年羹堯率師自甘州（治今甘肅張掖）至西寧，奏請進剿。雍正帝於十月初二日，授年羹堯為撫遠大將軍，指揮清軍平定叛亂。時各路清軍尚未聚齊，羅卜藏丹津攻破西寧附近幾處要點，進攻西寧。西寧守軍憑城固守，年羹堯指揮部下用大炮將叛軍擊退。
初戰得勝後，年羹堯一面令清軍繼續肅清西寧附近叛敵，收復失地；一面全面部署平叛作戰：以總兵周瑛率兵一部，截斷叛軍由青海入藏之路；派都統穆森駐防吐魯番（今屬新疆），副將阿喇納駐防噶斯（今青海油砂山附近），防叛軍與伊犁之策旺阿拉布坦會合；命參將孫繼宗駐防於布隆吉爾（今甘肅安西東），就近策應。年羹堯還奏請朝廷增派副都統花色等將鄂爾多斯兵、副都統查克丹將歸化（今呼和浩特）土默特兵，總兵馬黷伯將大同鎮兵，調往甘州，會同作戰。
雍正元年年底，清軍先後在鎮海、南川、申中、北川、奇嘉等堡擊敗叛軍，西寧附近形勢基本穩定。年羹堯又奏請朝廷：選陝西、甘肅、四川、大同、榆林綠旗兵及蒙古兵，共1.9萬人，由岳鍾琪率領，分別由西寧、松潘（今屬四川）、甘州和布隆吉爾四路進剿；防守西寧、永昌、布隆吉爾、巴塘、里塘（今四川理塘）、黃勝關（松潘北）、察木多（今西藏昌都）等重要關口，以保證後方與進軍路線的安全；除歸化與張家口購買馬、駱駝外，另請太僕寺撥給戰馬三千，以巴里坤屯田軍選駱駝兩千，調青海備用；貯備軍糧；請撥發優質火藥一百駱。以上計畫，得雍正帝旨準，並加撥戰馬一千匹，增發火藥1倍。雍正二年正月，雍正帝授四川提督岳鍾琪為奮威將軍，命其隨遠大將軍年羹堯進兵平叛。
平定青海叛亂的年羹堯年羹堯將陸續到達的6000清軍分作三路，總兵吳正安出北路，總兵黃嘉林和副將宋可進出中路
，奮威將軍岳鍾琪和侍衛達鼐出南路，準備二月進兵。時，西寧東北郭隆寺喇嘛忽然齊聚操演，又傳令東山一帶藏民於雍正二年正月十一日叛亂。年羹堯即派岳鍾琪和前鋒統領蘇丹，統兵進剿。十二日，叛軍1萬餘人在哈拉直溝攔截，清軍奮勇衝殺，攻占3座山嶺，搗毀叛軍lo座營寨。隨後乘勝向郭隆寺方向開進，沿途又搗毀叛軍7座營寨。十三日，抵郭隆寺。其時，千餘名叛軍於寺後山洞中，負隅頑抗。清軍施放槍炮，堆柴焚燒，揮刀肉搏，將叛軍6000餘人全部消滅。羅卜藏丹津自西寧附近敗走後，退踞於青海柴達木以東的敖拉木胡盧。郭隆寺之戰後，清軍分三路大軍於雍正二年二月下旬進至伊克喀爾吉，捕獲叛軍頭目阿爾布坦溫布；三月，岳鍾琪部進抵布爾哈屯，直逼羅卜藏丹津駐地額母納布隆吉；並分兵一路向北，加強柴達木兵力，截斷叛軍逃往噶斯之路。羅卜丹津無力組織反攻，先逃往烏蘭穆和爾，又逃往柴達木。清軍在岳鍾琪率領下，蓐食銜枚，一夜間馳行160里，於黎明時抵羅卜藏丹津駐地。叛軍於夢中驚醒，馬不及鞍，倉皇逃潰，羅卜藏丹津易婦人服逃走，後投伊犁策旺阿拉布坦。清軍此次追剿，出師15日，殲敵數萬。
| 地圖 | 形勢 | |
|---|---|---|
 青海 | 清雍正初年，羅卜藏丹津反清鬥爭失敗後，清朝在青海設定 青海辦事大臣 ，統轄蒙古29旗和青南玉樹地區、果洛地區及環湖地區的藏族部落。青海東北部西寧衛改為西寧府，仍沿襲明朝的土司制度，屬甘肅省管轄。 | |
 西藏 | 1727年，清朝設立駐藏大臣，代表中央監督西藏地方行政；西藏與四川、雲南、青海的區界，就是於此時派員正式勘定的。 1721年，清朝中央政府在西藏建立噶倫制度；1750年，再次調整管理西藏的行政體制，廢除郡王制度，建立西藏地方政府（即“噶廈”），規定了駐藏大臣與達賴喇嘛共同掌握西藏事務的體制。 1793年，清朝政府就駐藏大臣的職權、達賴與班禪及其他大活佛轉世、邊界軍事防務、對外交涉、財政稅收、貨幣鑄造與管理，以及寺院的供養和管理等，頒 布了著名的《欽定藏內善後章程》，共二十九條。此後一百餘年，二十九條章 程確定的基本原則一直是西藏地方行政體制和法規的規範。 | |
平定西北
平定準噶爾叛亂
清前期鞏固西北清軍平定準噶爾貴族叛亂之戰，是一次維護中國統一、反對民族分裂
的正義戰爭。
這次戰爭，起於清康熙二十九年（1690年），迄於清乾隆二十二年（1757年），迭經三朝，歷時70年，最終弭叛息亂，取得了完全勝利。
清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂戰爭的勝利，不僅維護、鞏固了西北邊陲，消滅了準噶爾貴族分裂勢力，而且也打擊了沙皇俄國侵略中國準噶爾的野心，對於以後挫敗帝國主義勾結利用民族敗類分裂祖國的陰謀，捍衛西北邊疆的鬥爭，產生了良好影響。
當然，清軍平定叛亂的戰爭所以延續70年之久，除了沙俄極力插手和支持叛亂者以及民族關係等原因，增加了戰爭的複雜性外，清軍在作戰指導上的一些失誤也是重要原因。而準部貴族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛亂戰爭，是違背各族人民利益的不義之戰，必然遭到各族人民的強烈反對，政治上的不得人心，及其統治集團內部的爭權奪利和軍事上存在許多不可克服的致命弱點，決定了其失敗是必不可免的。
大小和卓叛亂
平定大小和卓之亂的乾隆帝大、小和卓是中國西北地區歷史上兩位著名的伊斯蘭教領袖。大和卓是指波羅尼都（？一1759年），新疆喀什噶爾人，伊斯蘭教白山派和卓瑪罕木特的長子。小和卓指霍集占（？一1759年），伊斯蘭教白山派和卓瑪罕木特的幼子。和卓是波斯語的漢語音譯，意思是“聖裔”，就是專指伊斯蘭教創始者穆罕默德的子孫，後用來稱呼伊斯蘭教學者和大阿訇。
康熙十九年（1680），衛拉特蒙古準噶爾部統治回部後，對其首領實行
人質制。
1755清朝政府出兵平定了新疆準噶爾分裂勢力，乾隆二十年五月，清軍攻克伊犁，釋放作為人質禁錮於伊犁的大和卓（名波羅尼都）、小和卓（名霍集占）。波羅尼都率領他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝軍隊。伊犁平定後，清朝命令他返回南疆，招撫舊部，統領維吾爾民眾。大和卓返葉兒羌（今莎車）統領回部，小和卓留伊犁掌管伊斯蘭教務。
1756年小和卓霍集占從伊犁逃回，參與衛拉特蒙古輝特部首領阿睦爾撒納陰謀發動叛亂，兵敗逃葉兒羌。
乾隆二十二年（1757年），殺害清廷所遣前往招撫的副都統阿敏道，自立為巴圖爾汗，波羅尼都受到鼓動。他們號召各城起兵反清，一起集眾數十萬叛亂，舉兵反對清朝政府，叛軍控制了天山南路的大部分地方。
乾隆二十三年（1758年）二月，清廷命雅爾哈善為靖逆將軍，率滿、漢兵萬餘自吐魯番進發，進入南疆（天山南路）平叛。起初，清軍出師不利。但由於大小和卓殘酷地壓迫維吾爾族人民，“兵餉、徭役繁興，供給稍遲，家立破；及出亡（兵敗逃亡），又盡其貲以行，民脂殆竭”
。人民不堪其苦，紛紛逃亡。
五月，圍叛軍據點庫車。大、小和卓率萬餘鳥槍兵自葉兒羌經阿克蘇赴援，被清軍擊敗，傷亡4000餘人，鏇率殘部入庫車固守。雅爾哈善未乘勝進擊，而坐守軍營終日博弈，疏於戒備，致使大、小和卓乘夜率400騎逃遁，雅爾哈善以貽誤軍機罪被處死。清軍攻克庫車後，小和卓逃到阿克蘇，守城維吾爾族人閉門不納，只得逃到烏什，同樣為烏什維族人所拒，遂退保葉爾羌。大和卓則據守喀什噶爾。大小和卓相約各守一城。兩人相為倚角，抗擊清軍。
十月，定邊將軍兆惠率步騎4000至葉兒羌，三戰三勝，然以兵少不能取城，即於城東
隔河結“黑水營”自固待援。叛軍萬餘人包圍黑水營，用炮轟、水淹、偷襲等方式頻繁攻擊。清軍堅守三個月，傷亡甚眾。
二十四年正月，清定邊右副將軍富德率兵3000自烏魯木齊馳援，至呼爾滿（今莎車東北），與叛軍騎兵5000激戰四五晝夜，獲勝，渡葉兒羌河，與參贊舒赫德、都統阿里袞部會師。兆惠聞援軍至，督兵突圍。清軍會師振旅，還阿克蘇。
六月，兆惠和富德各率兵1.5萬分別攻喀什噶爾和葉兒羌。清軍兩路會師在葉爾羌城東黑水河畔擊敗叛軍，乘勝分軍，攻取喀什噶爾和葉爾羌。大小和卓見大勢已去，大掠城中財物後率部棄城南逃，越蔥嶺西遁，逃往帕米爾。清軍追至伊西洱庫爾淖爾，將叛軍圍在山嶺上，一面施放火器，一面大呼招降。叛軍“降者蔽山而下，聲如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”
。清軍獲叛軍降卒1.2萬餘。
1759年，清軍兵分兩路，一路由兆惠率領，從烏什攻喀什；另一路由富德率領，由和田直取葉爾羌。大小和卓自知不敵，逃往巴達克山（今阿富汗境內）。清軍窮追不捨，在邊境一帶大獲全勝，大小和卓的親兵和被裹脅的民眾向清軍投降，兩人只帶百餘人逃到巴達克山，被當地首領素爾坦沙擒獲處死。至此，大小和卓叛亂被平定，南疆恢復了往日的寧靜。
結果
清朝用了幾代人的心血，數十年的時間和千萬人的生命逐步完成了中國的統一。使得中國的疆域在明朝疆域的基礎上進一步擴大，並最終確定了中國近代的版圖，積極維護國家領土主權的完整。同時加強了內地和邊疆地區的文化、經濟交流。也進一步鞏固了各民族各地區經濟文化交往的基礎。
但是在戰爭期間清軍野蠻地推行民族壓迫政策，強迫漢族和其他民族改變自己民族原有的服飾和髮式
、信仰，造成了一定的文化災難。
大規模的屠城和殺伐過重也遭到後人的詬病。記錄比如，揚州十日、嘉定三屠等也暴露了清軍的紀律問題，使得中國人口銳減。
很多地區變成“縣無完村，村無完家，家無完人，人無完婦”的恐怖場面。膽敢反抗的居民幾被殺盡，留下的大抵是一些順服的奴才。此外，滿清又殺苗民一百萬，殺回民數百萬，把漠北蒙古的準葛爾部落殺到只留最後一個幼童，在世界歷史上都是罕見的殘忍。
評價
有清一代，國家統一大業的完成，使清王朝幅員遼闊，成為亞洲頭等強國，也是世界強國之一，並且奠定了近代中國的版圖，留給今人一份寶貴遺產。應該說，清代的國家統一，既是歷史的必然趨勢，又與清統治者特別是康雍乾三帝順應這一趨勢，堅決與分裂勢力做鬥爭，實行有利於統一大業的方針和政策相關。
