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研究會設會員大會、會長會議、秘書長會議3個管理層次。秘書長會議由秘書長和副秘書長組成,主持日常工作。辦事機構為秘書處,負責落實會員大會、會長會議、秘書長會議的決定,處理日常課題管理、行政和聯絡協調等具體事務。
研究會成立以來,在市委市政府的親切關懷下,在主管部門的悉心指導下,在全體會員及有關各界的熱情參與和大力支持下,研究會深入總結特區發展的歷史經驗和創新做法,緊緊圍繞我市發展大局和中心工作開展課題研究,取得了一批有分量的研究成果,充分發揮了民間智囊機構的作用,為深圳經濟社會發展作出了積極貢獻。