宗旨
在中國共產黨和人民政府的領導下，團結、引導全市基督徒熱愛社會主義祖國；遵守國家憲法、法律、法規和國家政策；遵守基督教道德風尚，堅持中國基督教自治、自養、自傳的三自原則，保衛和發展三自愛國運動的成果；為辦好深圳市各教會服務，努力與社會主義社會相適應。
主要職能
1、團結和教育深圳市基督徒愛國愛教，遵守國家憲法、法律、法規和國家政策，遵守社會道德規範，積極投身社會主義現代化建設，開展社會公益服務，促進基督教與社會主義社會相適應。
2、積極協助政府貫徹宗教信仰自由政策，維護教會的合法權益。
3、帶領協助深圳市教會各堂點，堅持三自原則，實行民主管理，辦好深圳教會。
4、積極開展與國內外教會的友好往來，促進教會事工的發展，為社會的穩定、祖國的統一、世界的和平貢獻力量。
5、協會與深圳市基督教協會合作，共同創造條件，興辦教會自養事業，參與社會公共事業，開展社會服務。
組織機構
深圳市基督教三自愛國會接受深圳市民族宗教事務局和深圳市民政局社團登記機關的指導、監督和依法管理。協會最高權力機構是深圳市基督教代表會議和它所選舉產生的委員會。協會與深圳市基督教協會聯合設定辦公室，處理日常事務。深圳市寶安區、龍崗區都成立有基督教三自愛國會組織，其中寶安區基督教三自愛國會成立於1993年6月8日，龍崗區基督教三自愛國會成立於2003年8月24日。協會與各區基督教三自愛國會、教會之間是指導、服務的關係。深圳市基督教三自愛國會現任主席為廖德廣牧師，秘書長為蔡博生牧師。
歷程
第一屆基督教三自愛國會成立於1987年12月4日，主席陳道生牧師；第二屆基督教三自愛國會成立於1993年10月15日，主席廖德廣牧師；第三屆基督教三自愛國會成立於1999年10月27日，主席廖德廣；第四屆基督教三自愛國會成立於2005年3月29日，主席廖德廣牧師。第五屆（本屆）基督教三自愛國會成立於2012年6月22日，主席蔡博生牧師。
