主要職能
深圳市人民政府口岸辦公室是主管全市口岸日常運作協調、管理、監督及處理口岸涉外相關業務工作的市政府直屬機構，其主要職責
(一) 貫徹執行國家、省、市有關口岸工作的法律、法規和政策；起草相關地方性法規、規章，擬訂有關發展規劃和政策，經批准後組織實施。
(二) 承辦一、二類口岸開放或關閉的報批工作並組織落實。
(三) 承擔口岸“大通關”協調服務工作，配合推進口岸查驗方式和監管模式改革。
(四) 負責協調落實來往深港澳之間的客運船舶、直通巴士和國際航班臨時加班的口岸通關事項。
(五) 負責特區管理線自管口、臨時口開設以及巡邏路、隔離鐵絲網局部改移的報批工作。
(六) 承擔協調維護口岸公共秩序和安全的責任，配合有關部門開展口岸反恐和應急工作。
(七) 負責陸路口岸、特區管理線檢查站物業的管理，確保國有資產合理使用。
(八) 根據市政府的授權，組織實施深港口岸合作。
(九) 承辦市政府和上級部門交辦的其他事項。
內設機構
秘書處主要職能
負責承擔文電、會務、機要、檔案、保密、信訪、政務公開、重要文稿起草、財務、固定資產管理、行政接待、保衛，以及黨務、紀檢、監察、機構編制、人事、社會保險、工青婦、計畫生育、離退休人員服務等工作。
陸路口岸一處主要職能
協調陸路口岸（不含深圳灣口岸）日常運作；承辦陸路口岸查驗單位定編、增編的審查報批；協調深港直通車巴士臨時加班的通關工作；監管陸路口岸物業管理，組織協調環境綜合治理、消防安全和共建文明口岸活動。
陸路口岸二處主要職能
協調深圳灣口岸日常運作；承擔該口岸現場監管及口岸區內設施養護監管工作；參與深圳灣口岸的配套設施建設規劃工作；承擔深圳灣口岸與港方口岸的聯絡協調工作；組織協調環境綜合治理、消防安全和共建文明口岸活動。
特管線處主要職能
協調特區陸地管理線檢查站工作；承辦特區管理線自管口、臨時口的開設和巡邏路、隔離鐵絲網局部改移的報批工作；承辦特區管理線查驗單位定編、增編的審核報批工作；組織協調有關環境綜合治理、消防安全文明共建工作。
信息處主要職能
提出口岸基本建設和改造計畫，參與口岸建設的協調和監督；承擔口岸信息化和機關辦公自動化的技術管理工作；指導和協調口岸查驗單位信息化建設工作。
海空港口岸處主要職能
協調海、空港口岸日常運作；承辦查驗單位新增人員的審查報批工作；協調來往深港澳之間客運船舶和國際航班臨時加班的通關工作；協調深港機場軌道聯絡線的工作；組織協調共建文明口岸活動。
