管理的原則
1、綜合利用原則
2、開發保護相結合的原則
3、技術措施與管理措施相結合的原則
4、合理規劃海陸產業結構和產業布局原則
管理的方法
1、明確環保責任，強化管理監督，避免對海洋環境造成污染
從事海上開發建設的各單位，都要明確各自的環保責任，調動排污者自行治理污染，開發者主動保護生態的積極性。各海上生產建設單位，要強化環境管理，首先要把環保工作納入生產經營計畫，建立環境保護目標責任制和環境保護崗位責任制，落實各部門、班組乃至每個職工的環境保護職責，把環境保護目標及完成情況與部門、班組和職工個人的經濟利益掛鈎，按照生產流程對污染防治進行全過程控制。
2、依靠科技進步搞好海上安全環保工作，控制和管理海上污染源
治理污染，改善環境，必須依靠科技進步：①在海上進行工程建設項目，必須科學論證，科學設計，科學施工，建造平台和海上各種構築物，首先要從安全環保的角度考慮，堵塞一切可能出現安全環保問題的漏洞，海底輸油管線和電纜，要定期檢測，嚴防腐蝕、斷裂、滲漏。②海上的鑽井、作業、採油平台，一定要配備先進的防污設施，平台上產生的工業污水和生活污水，都必須經過處理後達標排放。海上儲油設施、輸油管線應符合防滲、防漏、防腐蝕的要求，並應經常檢查，保持良好狀態，防止發生漏油事故。③環保部門要定期檢查，對嚴重污染海洋環境的落後生產工藝和落後設備，實行淘汰制度，所有海上生產建設單位都應當優先使用清潔能源，採用資源利用率高、污染物排放量少的清潔生產工藝。
3、完善海洋資源可持續利用的政策支撐體系
(1) 產業政策。政府通過制定相關產業政策，嚴格限制資源浪費大、污染嚴重和破壞生態平衡的產業，在扶持有利於海洋資源可持續利用產業發展的同時，加快處理好資源產業的退出和轉產。
(2) 投資政策。制定合理的投資政策，最佳化投資結構，對生態環境投資給予支持，保證生態環境投資與生產建設投資按比例協調發展。並通過籌措海洋產業風險基金，支持海洋高新技術的發展。
(3) 技術政策。更新傳統技術和開發新一代支持可持續利用海洋資源的新技術，大力開發和推廣使用節約資源、減少廢物排放的海洋清潔生產技術和工藝。
(4) 資金信貸政策。建立國家海洋環境與資源保護基金，資助防治海洋環境污染和保護海洋資源的項目，這一類項目也應得到國家政策性的信貸支持；鼓勵國家、地方和企業擴大利用外資來解決海洋資源與環境保護方面的問題。
(5) 資產化管理。對海洋資源實行有償開發利用、有償使用制度，將海洋資源開發利用權推向市場，並將收益用於資源的補償，使海洋資源在開發利用的同時得到保護。
4、海洋資源可持續開發利用的法制保障
建立、健全以海洋基本法和綜合管理法為主體的、行業法和地方法相互配套的海洋法規體系。 當前應做好以下幾項工作：
(1) 抓緊組織修訂和起草對海洋污染防治和海洋資源保護方面的綜合性法規，以便為專門性法規立法提供依據，在此基礎上制定地方性海洋環境與資源法規。
(2) 儘快制定出台針對海洋開發中出現的新問題的法規。嚴格執行“濃度標準”與“總量控制”相結合的排污標準。
(3) 在制定有關法規時要體現對環境與資源的保護。為此，一是要在有關綜合性經濟法規中體現可持續發展戰略的思想；二是在有關產業法中，設立獨立的環境與資源保護篇章。
(4) 加強沿海及海上執法隊伍建設，建立和健全海洋執法監督機制，組建一支統一、高效的海上監察執法隊伍，維護海洋環境保護。
(5) 認真組織相關人員不斷學習《海洋環境保護法》和有關法律法規，自覺遵守國家法律和規定，進一步增強海洋環保意識。真正做到人人知法，人人守法，嚴格執法的良好局面。尤其是決策層的領導同志更要在海洋資源開發利用的過程中深刻理解國家各項有關法律法規。
5、合理利用海洋生物資源，建立海洋自然保護區，保護海洋生物多樣性
我們要保護產卵區、設立幼魚保護區，設立禁捕時間和禁捕區域，控制捕撈強度，發展外海和遠洋漁業。同時，對於珍稀瀕危物種要建立自然保護區，要特別重視紅樹林與珊瑚礁的保護，在保護的前提下，開展適度經營，解決部分保護資金的來源問題，加快制定“海洋自然保護區管理條例”。
6、控制、減少陸源污染物的種類和數量
對排入河流的污染物進行總量控制，對流域沿岸的城市和工業區規定區域排污標準，制定海域濃度標準和總量控制標準，提高陸源污水的處理率、達標率和綜合利用效率，對存放岸邊的固體廢棄物必須達到防滲防漏的要求，防止廢棄物流入大海 。
管理改革
根據中國海洋資源開發利用的經驗教訓，科學家提出科學利用海洋資源環境的10個“用”字：
1、積極利用。即根據需要和可能，以積極主動的姿態把各種海洋資源利用起來，防止其閒置和自行散失，尤其是永久性清潔能源，如波浪能、潮汐能、溫差能、鹽差能、風能等，這一類能源，用則總量不減，不用則白白浪費，甚至還造成一定的破壞。
2、多質多用。許多物質往往是由多種成分組成的，然而在實際利用中，由於專業分工和設備手段等條件限制，常常只用了一種或幾種，而將其他有用成分當成廢物丟掉了。如對山東羊口鹽場的調查，海水中濃度排前的22種元素中，海水化學資源的平均利用率按品種計算僅為27%，按重量計算為38%。所以，對於含有多種成分的物質，主要開採物和伴生物要全面加以利用。
3、大材大用。當同一種資源的使用價值具有多種用途時，按最高的一種利用，否則，就會增大生產的機會成本。資源利用中一個很重要的原則就是資源“備擇性寬”的行業要給“備擇性窄”的行業讓路。如深水港址的“備擇性”就比較窄，它對岸線基質、港灣水深、水文動力、風浪掩護、倉儲場地、配套交通等都有比較嚴格的要求，在岸線利用中就應該優先考慮。
4、適度利用。資源利用的規模和速度有一個閥值，它由兩個方面的要求加以確定：一是不超出資源再生能力的臨界點，二是要與其他生產要素均衡匹配。對捕魚來說，如果冷藏、加工跟不上，魚捕多了造成變質，停留在初級產品階段，影響經濟效益。對於海洋生物資源的利用速度，不應低於因環境擁擠帶來的死亡率，但不能高於資源的更新速度。濱海旅遊景點的開發應該與交通等條件配套。
5、無害利用。同一種資源的利用，以不損害其他資源和產業，不危害生態環境和居民生活為前提；把難以避免的負作用，包括長期積累造成的不良影響降低到最低限度。
6、組合利用。圍繞某一產業，把存在某一共性的不同資源，組合為一個整體，形成一定的規模。如南海旅遊資源，主要分粵、港、澳、瓊、桂5個旅遊區，各區在正當競爭的同時，還應積極合作，如通過交通上的聯運，設定“幾日游”的路線，把南海濱海旅遊資源組成一個系統，這樣，既能增加遊客的數量和停留的時間，又可以共用某些接待設施，節省費用。
7、生態利用。即按照生態經濟原理進行循環利用。如水產業中的魚、蝦、貝、藻類立體養殖，利用生物間的食物鏈和共生關係，可以增氧，清除一些物質殘留，從而節省投餌，增加產量，分散風險，淨化水質。
8、深度利用。對資源進行精深加工，使同樣的資源製造出比一般初級產品高級得多的具有高附加值的產品，大大提高經濟效益。
9、保全備用。把因條件限制暫時不能或不宜利用的珍稀資源，先行保護起來，以備條件成熟或效益更高時利用，防止永久性滅絕。
10、發明新用。積極發現新的資源及對現有資源開發其新的用途。目前已知海洋生物品種有17萬種，是地球生物種類的80%，已經被利用的只是其中的小部分，未找到用途的還是絕大多數，潛力還很大 。
