職能配置
根據海南州人民政府辦公室《關於印發海南州農牧局職能配置內設機構和人員編制方案的通知》（南政辦[2006] 46號，海南州農牧局職能及主要職責是：
1、貫徹國家及省有關農牧業方針、政策，指導全州農牧業生產。研究擬定全州農牧業經濟發展計畫，經批准後組織實施；擬定農牧業開發規劃並監督實施。
2、研究擬定全州農牧業產業政策，引導農牧業結構的合理調整、農牧業資源的合理配置和產品質量的改善；負責起草農牧業地方性法規草案，負責對全州農牧相關行業的管理理。
3、研究提出深化農牧業經濟體制改革意見；指導農牧業社會化服務體系建設和農牧區集體經濟組織、合作經濟組織建設；穩定和完善農牧區基本經營制度；指導、監督減輕農牧民負擔和耕地、草地使用權流轉工作。
4、研究似定農牧業產業化經營的方針政策，促進農牧業產前、產中、產後一體化，引導實施畜牧產品深加工；組織協調生產資料市場體系建設；預測並發布主要農畜產品及農牧業生產資料供求情況等經濟信息。
5、提出耕地保護、補償與改良的政策措施；發布農牧信息；指導糧油、蔬菜、花卉、果樹、中藥材等經濟作物種植業的結構調整和布局；組織、協調重要農牧業生產基地建設。
6、負責農牧業資源區劃，組織實施農牧生態治理和可持續發展工作；指導農用地、宜農地、農村可再生能源的開發利用以及農牧業生物物種資源的保護和管理；指導和促進農牧業基礎設施建設，組織開展防災、抗災、保畜工作；對草原管理、保護、建設和使用進行監督檢查；負責全州飼料管理工作。
7、執行國家農牧業產業技術標準監督實施；組織實施農牧產業產品監督和認證；協調種籽、化肥、農藥、獸醫藥品、種禽、飼料等農牧業投入品質量的登記、監測、鑑定和監督管理工作。
8、執行農牧業機械行政、技術法規和農機監理法規並監督實施；負責農牧機械產品的質量檢驗、鑑定和認證管理。
9、負責保護州內湖泊水域生態環境和水生野生動植物質工作發展水產養殖業；維護國家漁業權益，行使漁政管理。
10、制訂全州農牧科研、教育、技術推廣及隊伍建設的發展規劃和有關政策，組織重大科研和技術推廣項目的選擇及實施；開展農牧業宣傳和技術培訓工作。
11、負責全州動植物防疫、檢疫工作，發布疫情並組織控制和撲滅；負責獸醫藥政、藥檢管理工作。
12、承辦州政府交辦的其他事項。
直屬機構及職責
海南州獸醫站（海南州動物衛生監督所）職能及主要職責：
1、承擔全州動物防疫、動物及其產品檢疫、動物產品安全和獸醫監管。
2、動物疾病的檢測、預警、預報、實驗室診斷、流行病學調查、疫情報告、制定重大動物疫病防控方案。
3、指導、培訓縣鄉動物疫病防治技術等工作。
4、承擔全州相關畜牧業發展規劃和畜禽品種區域布局規劃的制定和組織實施工作。
5、負責開展畜禽良種引進推廣、畜種改良、本品種選育、養殖技術推廣工作。
6、負責制定本地畜禽養殖管理工作。
7、負責本地畜禽質量、飼料質量的檢測和畜禽良種登記工作。
8、承擔本地畜禽養殖管理工作。
9、負責本地州、縣、鄉、村畜牧技術人員技術培訓和農牧民畜禽養殖技術培訓工作。
海南州草原工作站（海南州草原監理站）職能及主要職責：
1、宣傳貫徹草原法律、法規和規章的貫徹執行；
2、受同級人民政府草原行政主管部門的委託，督辦全州草原動態檢測工作，指導監督草畜平衡工作；
3、承擔全州草原防火的具體工作；
4、負責全州草原野生植物資源的保護和監督管理工作；
5、負責州內草原權屬爭議的調解；
6、依法承擔全州草原保護的執法工作，對違反草原法律、法規的規章的行進行查處；
7、承擔全州草原發展項目規劃、開發利用工作；
8、承擔全州草原重大鼠蟲害、毒雜草預測預報及防治工作；
9、承擔牧草新品種引進培育、示範和推廣工作；
10、有關草原保護、建設、監督管理和科技服務工作。
海南州農業科技服務中心（海南州農牧機械監理站、海南州種子管理站）職能及主要職責：
1、承擔全州種植業關鍵性科學研究和試驗示範，新品種、新技術、新成果推廣，種子監督管理、技術諮詢和農作物病蟲害預測預報；
2、負責全州農機安全生產監督管理，農機具產品質量監督檢查和新型農機推廣；
3、負責全州農村土地承包契約管理、農牧民負擔監督、農牧區集體資產財務管理和審計、農牧區經濟益分配統計核算和農牧民專業合作組織的培訓、管理和指導。
