主要職能
根據州人民政府辦公室關於印發州水務局職能配置內設機構和人員編制規定的通知（南政辦【2002】51號），海南州水務局職能調整及主要職責是：
（一）擬定全州水利工作的政策，發展戰略和中長期規劃、年度計畫；依據國家有關法律、法規，負責起草本州地方性法規和規章並組織實施。
（二）統一管理水資源（含空中水、地表水、地下水）。組織擬定全州和跨地區水長期供求計畫，水量分配方案並監督實施；組織有關國民經濟規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作；組織實施取水許可制度和水資源費徵收制度。
（三）擬定節約用水政策，編制節約用水規劃，執行有關標準，指導全州節約用水工作，承擔地熱水水行政管理，城鄉（鎮）計畫用水、供水、排水、節水、污水處理、城市規劃區內地下水的開發利用與保護職能。
（四）按照國家資源與環境保護的有關法律、法規和標準，對全州水資源保護實施監督管理。擬定水資源保護規劃；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測全州江河湖庫的水量、水質，審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見。
（五）指導、監督水政監察和水行政執法；協調並仲裁部門間和縣、區、委間的水事糾紛。
（六）擬定水利行業的經濟調節措施；對水利資金的使用進行巨觀調節；研究提出有關水利的價格、稅收、信貸、財務等經濟調節意見；
（七）審查水利基本建設項目建議書和可行性報告；組織州內重點水利科學研究和技術推廣；監督實施水利行業技術質量標準和水利工程的規程、規範。負責協調地方新建水庫移民安置工作。
（八）組織、指導全州水利設施，水域及其岸線的管理與保護，組織指導州內河流、湖泊的治理和開發；組織實施江河州內流域（區域）綜合治理規劃；組織建設和管理具有控制性的或跨縣的主要水利工程；組織指導水庫、水電站大壩的安全監管。
（九）指導全州農村牧區水利工作；組織協調農田、草原水利基本建設、農村牧區水電電氣化和鄉鎮供水工作。
（十）指導全州水土保持工作，研究制定水土保持的工程措施規劃、組織水土流失的監測和綜合防治。
（十一）承擔州防汛抗旱指揮部的日常工作，負責全州防洪工作，對重要水利工程實施防汛抗旱調度。
（十二）承辦州政府交辦的其他事項。
直屬機構及職能
海南州人民政府防汛抗旱指揮部辦公室主要職能：
《海南州機構編制委員會關於海南州人民政府防汛抗旱指揮部辦公室的批覆》（南機編[1996]11號）主要職責是：
（1）貫徹執行國家有關防汛抗旱工作的方針、政策、法規和法令。
（2）組織制定並監督實施各種防禦洪水方案、洪水調度方案和抗旱工作預案。
（3）及時掌握汛期雨情、水情、險情、旱情、災情和氣象形勢，了解長短期水情和氣象分析預報；必要時啟動應急防禦對策。
（4）組織防汛抗旱檢查工作。
（5）負責防汛抗旱物資儲備、管理和防汛抗旱資金的計畫管理。資金包括列入各級財政年度預算的防汛抗旱歲修費、特大防汛抗旱補助費以及受益單位繳納的河道工程修建維護管理費、防洪抗旱基金等。防汛抗旱物資要制定國家儲備和民眾籌集計畫，建立保管和調撥使用制度。
（6）負責統計掌握洪澇和乾旱災害情況。
（7）負責組織抗洪搶險，調配搶險勞力和技術力量。
（8）督促蓄滯洪區拿權建設和應急撤離轉移準備工作。
（9）組織防汛抗旱通信和報警系統的建設管理。
（10）組織汛後檢查、防汛工程水毀修復情況等。
（11）開展防汛抗旱宣傳教育和組織培訓、推廣先進的防汛搶險和抗旱新技術、新產品。
（12）承辦州水務局交辦的其他事項。
海南州水土保持預防監督站主要職能
根據海南州機構編制委員會（南機編）[2003]3號《關於成立海南州水土保持工作站、水土保持預防監督站、水土保持生態環境監測分站的批覆》，海南州水土保持三站為行政管理類事業單位。主要職責：
（1）宣傳貫徹水土保持法律、法規。
（2）監督檢查水土保持法律、法規的實施，查處違法行為。
（3）編制水土保持區劃、規劃，制定年度防治計畫並組織實施。
（4）建立水土流失監測網路，預報本地區水土流失動態，定期予以公告。
（5）審批並監督實施水土保持方案。
（6）組織開展水土保持科學研究、技術推廣、人才培訓工作。
（7）管理水土保持專項資金、物資。
（8）承辦州水務局交辦的其他事項。
海南州水政監察支隊主要職能
根據南政辦[2002]51號和南機編[2004]26號檔案，海南州水政監察支隊的行政管理職能主要有：
（1）宣傳貫徹《中華人民共和國水法》、《中華人民共和國水土保持法》、《中華人民共和國防洪法》等水法律。
（2）保護水資源、水域、水工程、水土保持生態環境、防汛抗旱和水文監測等有關設施。
（3）對水事活動進行監督檢查，維護正常的水事秩序。對公民、法人或其他組織違反水法規的行為實施行政處罰或者採取其他行政措施。
（4）配合和協助公安和法務部門查處水事治安和刑事案件。
（5）對下級水政監察隊伍進行指導和監督。
（6）受水行政執法機關委託，辦理行政許可和徵收行政事業性規費等有關事宜。
