根瘤菌到達皮層內部後,根瘤菌利用根細胞的營養大量繁殖,並在突起中形成許多特殊結構-泡囊,每個泡囊含6-8個根瘤菌。1896年Janse首先命名了“泡囊”,由一種內生菌根真菌在植物細胞內產生,並同時產生“叢枝”,這一真菌與植物之間形成互惠共生關係,稱為“泡囊-叢枝菌根(VAM)”。