內設機構
（一）辦公室
綜合協調黨務、政務工作，負責文電、會務、機要、保密、檔案、統計、安全保衛、後勤服務等機關日常運轉工作；負責機關及所屬單位的組織人事、機構編制、目標考核、技術職稱和離退休人員管理等工作；承擔政務公開、重要文稿起草、信訪、提案議案辦理等工作。
（二）政策法規科（行政許可服務科）
貫徹落實國家、省衛生和計畫生育方面的法律法規，研究提出政策措施建議。全面推進依法行政工作，落實行政執法責任制；負責行政執法監督檢查工作；承擔規範性檔案審核、清理工作；承擔或參與有關行政複議、行政應訴和賠償工作；承擔、指導行政處罰案件的核審、覆核和聽證工作；推動完善計畫生育利益導向機制。
負責涉及衛生和計畫生育方面的各類行政許可工作事項，規範行政許可工作。
（三）醫政科
擬訂全縣衛生事業中長期發展規劃，統籌規劃協調全縣衛生資源配置，管理大型醫用裝備配置；編制並實施區域衛生規劃；負責涉及醫療機構、醫療技術套用、醫療質量和服務、采供血機構管理的相關政策、規範、標準的實施和監督管理工作；組織全縣衛生科技攻關、科研成果的鑑定、推廣以及新技術的引進、普及套用工作；組織實施醫務人員執業標準和服務規範工作，協助開展相關業務培訓；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；承擔醫療機構醫療服務監管和推進醫院管理體制改革工作；建立醫療質量安全控制評價體系；負責對全縣各級各類醫療機構、采供血機構的監督管理等工作；監督醫療機構的醫療質量，負責醫療機構和從業人員的監督管理；依法監督管理采供血機構的采供血及臨床用血質量；配合有關部門做好徵兵和高校招生的體檢管理工作；負責全縣重要會議、重大活動的醫療保障工作。
擬訂中醫藥事業發展規劃、計畫並組織實施；指導中醫醫院規劃建設；擬訂中醫藥防治重大疾病規劃，組織實施中醫藥管理規範和技術標準；負責中醫、中西醫結合的醫療、護理、保健的業務指導和行業管理；指導醫療機構的中藥房建設與管理。
（四）疾病預防控制和衛生應急科
負責食品及相關產品的安全風險檢測、評估、預警工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；組織開展公共場所、飲用水安全、傳染病防治監督檢查。
擬訂重大疾病的預防規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施並組織實施，完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；組織實施重大公共衛生服務項目；組織實施全縣非傳染病和精神衛生防治康復工作；承擔縣政府地方病防治領導小組和縣政府愛滋病防治工作委員會的具體工作。
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、總結評估等衛生應急活動；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（五）基層衛生和婦幼健康服務科
承擔基層衛生、新型農村合作醫療的綜合管理，擬訂農村衛生、新型農村合作醫療、社區衛生和婦幼衛生有關政策、規劃並組織實施；指導農村衛生、社區衛生、婦幼衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作，承擔相關技術服務規範和專項技術標準的組織實施；對農村衛生、社區衛生和婦幼衛生實施監督管理；組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；負責促進基本公共衛生服務均等化。
落實醫藥衛生體制改革相關政策，組織實施藥品法典和國家基本藥物制度；擬訂基本藥物和增補藥物的遴選、採購、配送、使用的政策措施；會同有關部門提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出基本藥物價格政策的建議，提出醫療服務價格、藥品價格政策建議，擬訂藥品和醫療器械採購相關規範。
（六）計畫生育服務科
擬訂全縣計畫生育服務管理中長期規劃，並組織實施；指導全縣計畫生育服務體系建設，依法管理計畫生育技術服務和藥具發放工作；組織實施計畫生育、生殖健康、優生促進、避孕藥具不良反應監測、病殘兒醫學鑑定等工作，協同有關部門降低出生缺陷人口數量，提高人口素質；承擔協調出生人口性別比綜合治理工作。
負責全縣流動人口服務管理工作；規範流動人口計畫生育服務管理工作制度；協調開展區域間流動人口計畫生育服務管理工作；組織實施對基層流動人口計畫生育管理工作的檢查評估；開展流動人口計畫生育便民維權工作。
（七）宣傳教育科
擬訂衛生和計畫生育宣傳、公眾健康教育、健康促進的目標、規劃、政策和規範。承擔衛生和計畫生育新聞宣傳、科學普及和信息發布。
擬訂本系統在職進修教育的規劃及年度計畫，組織實施專業技術人才崗位培訓工作，組織開展醫學教育、健康教育；開展衛生應急和救護知識的普及培訓工作。承擔計畫生育科研項目，負責計畫生育新技術的引進、推廣普及套用工作。
（八）財務審計科
承擔機關和所屬預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作；擬訂財務管理規章並監督實施；指導全縣衛生和計畫生育基本建設，負責機關和所屬事業單位的基本建設管理；負責全縣醫療衛生和計畫生育資產投資管理；指導、監督全縣衛生和計畫生育經費、獎勵扶助經費及社會撫養費的管理使用。
（九）縣愛國衛生運動委員會辦公室
承擔縣愛國衛生運動委員會的具體工作，統籌協調縣愛國衛生運動委員會各成員單位工作職責的落實；組織開展創建衛生城鎮和農村改廁工作；負責開展民眾性監督管理和衛生檢查工作；組織開展除害防病工作。
