背景
第二次直奉戰爭後，馮玉祥崛起，被段祺瑞政權任命為西北邊防督辦兼甘肅督辦，開啟了馮玉祥之國民軍（後來的國民革命軍第二集團軍，俗稱西北軍）在甘肅的統治。1925年10月，劉郁芬以代理甘肅軍務督辦身份，替代馮玉祥率領一部分國民軍來到蘭州，消滅了前任督軍陸洪濤的殘餘勢力，馮玉祥統治時連年用兵，對本來貧瘠的甘肅更是極盡榨取之能事，激化了甘肅的社會矛盾。
針對隴南重鎮河州，劉郁芬派趙席聘代替裴建準任河州鎮守使， 引起了回族軍閥特別是甘邊寧海鎮守使馬麒的注意。趙席聘與馮玉祥同營當兵， 曾結拜兄弟，又是劉郁芬的表兄。他剛愎自用， 用強制手段徵兵、征糧、索款，根本無視定製，也不管人民的承受能力。他更不顧河州回族人民的民族感情和宗教信仰，其部屬在演劇時，把扮演的五個烏龜比作甘肅的“五馬”。1928年4月，河州西鄉、南鄉發生新、老教之爭。趙席聘聽信讒言說回民三十年一小反，六十年一大反，新老教之爭便是他們要造反的煙幕。這時不管他誰是誰非，逮捕幾個首腦，梟首示眾，就可以鎮壓下去。趙席聘把這情形報告給劉郁芬，劉郁芬說： “好！他們三十年一小反，六十年一大反，我這次要叫他三百年、六百年都反不起來。” 於是指示趙席騁以“回民造反”罪名將雙方頭目捕殺。涉案教民開始組織起來向河州進攻，這是河州事變直接的導火線。
馬麒等地方軍閥與劉郁芬為首的駐甘國民軍的矛盾，是河州事變擴大到不可收拾地步的重要原因。馬麒等河州籍回族軍閥一直對國民軍入甘心存疑慮和不滿，趙席聘在河州的作為，正好給了他們一個削弱國民軍的藉口。一天，馬麒對一些親信說：“國民軍滅回滅教，對我們逼得太緊，難道任其宰割？沒有一個兒子娃出口怨氣！” 當時在座的17歲的馬仲英，是馬麒的堂侄，寧海軍的代理營長（營長馬寶是馬仲英的父親，因病離隊）。馬仲英從小“深慕二祖父馬海晏在太子寺新路坡殲滅湘軍的奇蹟” ，於是在馬麒的影響下，馬仲英聯絡7個同夥，於5月2日突擊循化城，劫持縣長，搜尋公款，破獄出囚。又在大力家山伏擊國民軍徵兵官佐，殺13個人，奪得槍枝彈藥，到達河州三法觀時，已有人槍數百。5月8日，涼州鎮守使馬廷勷部的馬廷斌第二團在寧河阻擊馬仲英。隨後，馬廷斌大部譁變，投到馬仲英一方。馬仲英部聚集在韓家集等地，策動回族、漢族、東鄉族、撒拉族各族民眾反對國民軍。這時，有幾個伊斯蘭教阿訇跟隨馬仲英。馬仲英打出“黑虎吸馮軍”的旗幟，自任司令（人稱“尕司令”），並提出“官逼民反”、“不殺回，不殺漢，專殺國民軍辦事員”等口號，規定“殺一回民一人抵罪，殺一漢民二人抵罪”的律例。這些口號在第一次圍攻河州時，曾起過不小的動員作用，但很快被民族仇殺所代替。
經過
河州三圍
1928年5月10日—23日，馬仲英部1萬餘人圍攻河州、寧河城。趙席聘戰敗，閉城待援。馬麒派“銀褐”、“海騮”等3支馬隊（相當3個營）尾隨馬仲英部到河州，先後“譁變”，加入馬仲英部。實際上，馬仲英部隊初期的軍事骨幹和重要槍械，相當一部分都來自於馬麒、馬廷勷部。劉郁芬派國民革命軍第二集團軍第二十五師擊敗馬仲英部，馬仲英退走西鄉。趙席聘被調走，新任二十五師師長陳毓耀繼任河州鎮守使。
6月27日—7月14日，馬仲英第二次圍攻河州。這時，馬廷勷胞弟馬廷賢將馬廷勷在河州的2個窖藏銀38萬元，交給馬仲英作軍餉，聯合反對國民軍。馬仲英部改稱西部邊防聯盟軍，馬仲英任司令，馬廷賢任副司令，率部數萬（有兩萬、三萬、六萬等不同記載）圍攻河州。第一路集中攻擊河州八坊的國民軍工兵連駐地（馬安良的“上將府”）。工兵連480人死傷2/3，只有1/3從地洞中逃出，劉郁芬的參謀長俞嘉培也負重傷，“上將府”被馬仲英放火燒光。在作戰中，國民軍第四十九旅旅長趙重華被擊斃。馬仲英部第二路沿北塬東鄉至唐汪川一帶，在蓮花渡口把大西鄉難民砍死數十人，逼入河中淹死者千人，河州至蘭州道路斷絕。蘭州告急，劉郁芬急調趙席聘、佟麟閣、李松昆3個師進軍河州。7月14日，再次解河州之圍。
8月11日，馬仲英聚眾三萬，第三次圍攻河州。國民軍守住北塬至蘭州通道，其餘三面被圍。劉郁芬令趙、佟、李3個師加上劉兆祥旅會剿，8月18日，與守城部隊會師，第三次解河州之圍。
10月24日，馬仲英部主力出槐樹關，攻陷臨潭、卓尼、岷縣，後又聚集於河州四鄉。11月，駐甘國民軍已改編為國民革命軍第二集團軍第二方面軍（孫連仲部）和第七方面軍（劉郁芬部）。29日，劉郁芬下達總攻擊令，孫、劉5個師約6萬人，全面向馬部出擊，攻占韓家集等重要據點，馬部傷亡也較大。馬仲英部再次退至卓尼、洮岷。馬廷賢離開部隊，同涼州事變失敗後的馬廷勷一道去青海化隆。
在馬仲英三圍河州期間，馮玉祥、劉郁芬曾多次派人與馬部議和，但雙方都缺乏誠意。國民軍的目標是通過改編馬部，削減其軍力，使其不可能成為一支獨立的軍事力量。馬仲英的目標是改編後仍然是一支獨立的、能作戰的、不受限制調遣的武裝力量，因此雙方談判注定失敗。
屠戮河湟
馬仲英起事之初，提出“殺一漢民二人抵罪”的紀律，就是為防止漢回兩族間的仇殺。馬部也是由回族、撒拉族、東鄉族、漢族等各族人民組成的，但趙席聘卻藉口消除內應、處死回民囚犯42名。後來，趙席聘又命令以漢民為主的民團火燒八坊，搶劫財產，濫殺無辜。漢、回民族之間的矛盾公開化了。此後“回民婦女有在夜間偷燒漢廟的，男子們也殘殺漢人以為報復。西鄉漢民逃往藏族聚居區，北塬漢民逃往蓮花堡一帶。此後馬仲英部隊中再無漢人，成為清一色的回民反馮軍了”。 6月下旬，河州大小南鄉一帶漢民村莊，全家被殺的不下800戶，“八旬老人，七歲小孫，都不能倖免，真是空前第一等浩劫”。
在三打河州失敗後，馬仲英部竄擾甘南、青海、河西、寧夏。1928年12月，馬仲英部經臨洮、隴西攻破武山、甘谷、秦安等縣城。21日攻天水，被國民軍吉鴻昌部擊敗，再退竄擾藏族聚居區，駐岷縣宕昌。在此之前，馬廷賢率衛隊、家眷及財物從循化到卓尼，卓尼土司楊復興奉劉郁芬命令截擊。馬廷賢向馬仲英求救。馬仲英率部至臨潭、卓尼，焚燒、搶掠藏族民眾村莊，著名的禪定大寺也被焚毀。1929年2月，勒索掠奪拉卜楞寺後進入青海，一路洗劫保全鎮、屠五屯、過貴德，到西寧南，劫掠塔爾寺，震驚西寧。又屠湟源，經門源出扁都口第一次進入河西走廊。馬部先攻入山丹，2月26日，在永昌受到抵抗。馬部攻破城後屠殺男子2000多人，永昌成為“寡婦城”。3月15日，馬仲英攻破不足萬人的民勤城，屠殺平民4600人。31日，吉鴻昌部劉兆祥旅在民勤紅柳墩、大廟，大敗馬部。4月10日，馬部抵達寧夏阿拉善旗定遠營，自稱“西北聯軍總司令”，受阿拉善塔王（塔旺布里甲拉）的慫恿進攻寧夏。寧夏省主席門致中因輕敵而致兵力部署不當，馬仲英在未遇抵抗的情況下，先占寧朔，4月30日，占寧夏城。門致中逃出廣武。此時，吉鴻昌部已抵達廣武、大壩，同從河州回師的門致中軍吳鵬舉部聯合作戰，先敗後勝。5月6日收復寧夏城。馬仲英退守黃渠橋鎮。
馬仲英在寧夏收斂了燒殺擄掠、姦淫婦女的惡行，除了戰鬥，不傷平民。從寧夏城撤退時，只燒了馬福祥的將軍府，對馮玉祥的態度也有改變，稱其為“馮總司令”，甚至向馮軍提出在寧夏由門致中主政，馬仲英主軍的分治方案。吉鴻昌從減少百姓損失出發，提出招撫馬部意見，但被門致中拒絕。
仲英招安
當時，馮玉祥與國民革命軍總司令蔣介石關係惡化，蔣介石欲與西北回族反馮勢力合作。1929年5月，國民政府北平行轅參謀長何成濬接見原馬廷勷部參謀長馬培清、馬廷賢，要求他們回甘肅進行反馮活動。馬培清隨即到黃渠橋會見馬仲英，決定由馬培清任總指揮，率馬仲英部七八千人攻打寧夏城。結果馬部失敗，轉往磴口等地。12月，馬仲英經人介紹，準備帶兩千騎兵到徐州與國民黨馬鴻逵部合作。但剛出發，部隊譁變。馬仲英帶少數隨從到北平。1930年3月，馬仲英被蔣介石任命為國民革命軍討逆軍第十五路軍第二旅旅長，並發給軍餉。第十五路軍總指揮為馬廷勷，馬仲英不服從馬廷勷領導。此時馬仲英部駐後套，約3000人。1930年夏，馬仲英到南京，蔣介石將他安排在中央軍官學校學習。經蔣介石批准，馬福祥將馬仲英安排到山東泰安馬鴻逵部任參議。在此期間，馬仲英結識了一些有“左傾”思想的知識分子。
後續
1930年7月，馬仲英利用甘肅空虛的機會，溜出馬鴻賓軍營，重返寧夏，新任寧夏省主席馬鴻賓任命他為教導大隊長。不久後馬仲英約千人又來到甘肅張掖，其舊部馬謙時任甘州警備司令，馬謙部大多投向馬仲英，馬謙出走天津。12月，馬仲英自稱甘寧青保全司令。1931年2月，又設立河西省，自任省主席，轄個11個縣。此後，馬開始任用漢族知識分子為幹部，其中有幾個是在泰安認識的。陸續整編軍隊，整頓軍紀，改變軍隊成分，將紀律很差的“棗騮隊”繳械，有的遣散，徵發酒泉等地居民、農民約2000人入伍。馬仲英在河西的擴張，引起馬麒的警惕。1931年4月，馬麒之子馬步芳率騎兵突襲馬仲英部，激戰於民樂。馬仲英敗走酒泉，馬步芳部進駐張掖。
1931年5月，新疆哈密王府總管堯樂博斯路經酒泉時，邀馬仲英進新疆。19日，馬部進入新疆。9月，馬仲英作戰受傷，回到酒泉療傷、練兵。1932年3月，國民政府給予馬仲英部新編第三十六師番號，由西安綏靖公署主任楊虎城節制。1933年5月，馬仲英率全部人馬1萬餘人第二次進入新疆，介入新疆內戰，與新任新疆省主席盛世才對抗。1934年7月去蘇聯學習，其部由馬虎山（馬仲英姐夫）率領。1937年10月，馬虎山部因叛亂被消滅。
馬仲英部先後在新疆共約6年多時間，參與新疆內亂，加深了新疆人民的苦難。1934年，馬仲英部馬福元先後消滅了“東突厥斯坦伊斯蘭共和國”與和田“伊斯蘭教王國”兩個非法政府。馬仲英去蘇聯以後下落不明，一說在蘇聯肅反中被殺。馬虎山師被消滅後，其河州籍官兵大部分也下落不明，只有極少數人回到河州家鄉。
