1945年抗日戰爭勝利後，舉國同慶，重建家園。許壽仁先生欣然攜眷離開吉安，回到闊別八載的南昌市。先生目睹往日讓繁華街道變為廢墟，殘垣斷壁，蔓草叢生，心中燃起無限仇恨和感慨。劫後歸來，親友相見，相互慰藉。先生選擇當時象山北路馬王廟段，臨時安頓，就地恢復門診。昔日病友聞先生歸來，一時門庭若市。
先生回到南昌，發現大難之後，故友同道倖存無多，十分感慨。恨倭寇之殘暴，痛道友之淪亡，中華醫業，瀕於危殆。於是萌復興辦學之念，在經濟十分困難的情況下，毅然決定籌資辦學校，培養中醫後繼人才。這一行動，隨即得到了中醫同道們的支持。先生於是率領門人開始籌備，首先遇到的最大的困難是校舍的問題。到處荒蕪，何來房屋？乃托人設法租借地皮一塊，商定租用十年為期，到期全部建築物歸土地所有者所有。當即與營造廠協定，1947年元月破土動工，半年交付使用。建成後有上下兩層樓房，磚木結構，兩個大教室，四間小型學生宿舍，以及辦公用房，約400平米，有簡單的操場和膳食用房，並積極延聘師資，準備教材。
1947年秋，校舍如期建成。一塊尤其的白底黑字“江西中醫學校”巨大的校牌，懸掛在肖公廟新校舍門前。同時刊出招生簡章，向江西全省招生，報考者近百人，被錄取50名。1947年9月1日正式開學。教學內容採用中西授課，兼收並蓄，以中醫為主，兼學西醫。所受課程除國文、政治、體育、音樂外，上有《內經知要》、《傷寒論》、《金匱要略》、《溫病條辨》、《脈訣》等經典中醫課程，以及解剖生理學、組織胎生學、病理學、細菌學、診斷學、藥物學、方劑學、醫化學、內科學、婦科學（包括產科）、兒科學（包括麻痘科）、外科學（包括花柳科）、喉科學、眼科學等西醫或中西醫結合課程。還開設有戰時救護訓練、臨床實習等實踐性課程。教材大多由任課老師編寫，校方油印發給同學。
除先生任校長外，先後任教務、事務、訓導主任的有林天助、趙丹池、胡德煌、蔡安平、徐克明、游竹隱、王安人等人。專職、兼職教師及職員有李春田、李蔚普、徐適、李谷蘭、尹錦鳳、楊廣居、張嵩亭、陳浚清、許道仁、章真如、黃國祥、王家瑞、萬濟民、李郁、胥頻蓀、謝原祖、王子經、王先覺、肖熙、吳章銘、王鳴球、敖維忠、高庶諧、曾定吉、鄒公榮等20餘人。董事長吳公陶先生，常務董事江公鐵、梅秋圃、盧蔭曾、熊夢等先生亦常兼職授課。陳樹森為專職工友，做雜物工作。教職工團體合作，教學井然有序。
一個初具規模，負有繼承特殊任務、無任何外援，白手起家的中醫教學基地，屹立在南昌市的一角。當時在教育界、衛生界，特別在中醫界震動很大。
學校經費來源，除收取學生繳納的學雜費外，不足之數，由先生自籌。因此，年近五旬的許壽仁先生備極辛勞，個人生活非常簡樸，既要增加門診收入，以補充學校開支的需要，又要處理教學工作，日夜勞頓，自非一般人所能勝任。先生以事業甫成，夙願能償，差堪自慰。先生事業之所以能成功，以因得賢內助游竹隱師母日夜協助，是其成功的基本保證。先生由於平日過度操勞，少於攝養，萬年身體羸弱多病，不假天年，誠我中醫一大損失。
1948年秋，學校又招生一班，約50名，從此教學逐步走上正軌。1949年5月，先生以積極、熱情的行動，迎接中國人民解放軍進城並組織在校學生參加宣傳活動。
第三年組織學生實習，先生自己親自指導學生實習，還聯繫其他開業醫師指導學生實習。
1950年首屆畢業，1951年奉南昌市人民政府教育局指示，因教育事業調整，“江西中醫學校”停辦，先生服從政府指示，處理善後事宜。
首屆畢業生總計29人，分赴各地、縣參加工作。
