水運工程屬於土木工程的範疇，其工作內容、套用技術與土木工程基本上相同或相通。僅僅是服務對象著重在水運行業。是土木工程的一個分支。
水運工程包括港口、航道、防波堤（防砂堤）、護岸（海堤）、船閘（通航建築物）、船塢等海岸、近海或內河工程。
水運工程是指港口工程、航道工程、航標工程、通航建築物工程、修造船水工建築物工程、安裝工程和支持系統及其輔助和附屬工程等。
水運工程採用水運行業標準（JTJ、JTS).
水運工程技術取得突破進展 “十五”期間，共完成水運工程技術開發和科研項目1000餘項，其中近20項新技術成果達到或處於國際領先水平，數百項新技術成果達到或處於國際先進水平。例如：“全遮簾樁新結構技術”，“波浪往復作用下地基沙土液化處理技術”，“半圓形防波堤新結構技術”等都是我國“十五”期間引進創新國際領先的新技術。
近年來，我國內河通航建築物技術創新成績顯著。三峽船閘採用四區段慣性輸水系統，船閘單級運行的設計水頭達到45.2m，標誌著中國在高壩通航技術方面取得重要突破。閩江水口2×500噸全平衡式垂直升船機的成功建設，填補了中國大型垂直升船機建設的空白。在通航建築物的平面布置、水工結構和船閘輸水等方面也有許多創新。
內河大水位差碼頭建設取得新進展，開創性地採用了高樁梁板直立式碼頭結構，裝卸工藝採用了岸邊貨櫃起重機，豐富了內河碼頭建設技術。
