定義
水產種質資源保護區是指為保護水產種質資源及其生存環境，在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁育區域，依法劃定並予以特殊保護和管理的水域、灘涂及其毗鄰的島礁、陸域。
概況
近年來，針對工程建設等人類活動大量占用、破壞重要水生生物棲息地和傳統漁業水域，嚴重影響漁業可持續發展和國家生態文明建設的嚴峻形勢，我部在大力組織開展增殖放流、休漁禁漁等水生生物資源養護措施的同時，根據《漁業法》等法律法規規定和國務院《中國水生生物資源養護行動綱要》要求，自2007年起積極推進建立水產種質資源保護區，目前已審定公布四批共220處國家級水產種質資源保護區。這些保護區可保護上百種國家重點保護漁業資源及其產卵場、索餌場、越冬場、洄游通道等關鍵棲息場所10多萬平方公里，初步構建了覆蓋各海區和內陸主要江河湖泊的水產種質資源保護區網路。劃定水產種質資源保護區是協調經濟開發與資源環境保護的有效手段，對於減少人類活動的不利影響、緩解漁業資源衰退和水域生態惡化趨勢具有重要作用，取得了良好的生態效益和社會效益。
分類
1.按行政層級分：
國家級水產種質資源保護區和省級水產種質資源保護區
2.按保護對象資源狀況、自然環境及保護需要分：
水產種質資源保護核心區和水產種質資源保護實驗區
設立
區域選擇
（一）國家和地方規定的重點保護水生生物物種的主要生長繁育區域；
（二）我國特有或者地方特有水產種質資源的主要生長繁育區域；
（三）重要水產養殖對象的原種、苗種的主要天然生長繁育區域；
（四）其他具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁育區域。
申報審核
1.省級水產種質資源保護區
（1）由縣、市級 人民政府 漁業行政主管部門徵得本級人民政府同意後，向 省級人民政府漁業行政主管部門申報。經省級水產種質資源保護區評審委員會評審後，由省級人民政府漁業行政主管部門批准設立，並公布水產種質資源保護區的名稱、位置、範圍和主要保護對象等內容。
（2）省級人民政府漁業行政主管部門可以根據需要直接設立省級水產種質資源保護區。
2.國家級水產種質資源保護區
（1）合條件的省級水產種質資源保護區，可以由省級 人民政府漁業行政主管部門向 農業部申報國家級水產種質資源保護區，經國家級水產種質資源保護區評審委員會評審後，由農業部批准設立，並公布水產種質資源保護區的名稱、位置、範圍和主要保護對象等內容。
（2）農業部可以根據需要直接設立國家級水產種質資源保護區。
3.擬設立的水產種質資源保護區跨行政區域或者管轄水域的，由相關區域地方人民政府漁業行政主管部門協商後共同申報或者由其共同上級漁業主管部門申報，按照上述規定的程式審批。
管理
主管單位
農業部
分管單位
水產種質資源保護區由所在地縣級以上人民政府漁業行政主管部門管理。
主要職責
（一）制定水產種質資源保護區具體管理制度；
（二）設定和維護水產種質資源保護區界碑、標誌物及有關保護設施；
（三）開展水生生物資源及其生存環境的調查監測、資源養護和生態修復等工作；
（四）救護傷病、擱淺、誤捕的保護物種；
（五）開展水產種質資源保護的宣傳教育；
（六）依法開展漁政執法工作；
（七）依法調查處理影響保護區功能的事件，及時向漁業行政主管部門報告重大事項。
