選擇標準
水淹稻品種的選擇，既要注重品種優質化，又要考慮栽培地區的氣候條件和土壤情況，選擇優質適應性強的品種，且必須是要得到認證的有機稻種，禁止使用任何轉基因種子。因“水淹稻之父”-袁元榮是江蘇吳江人，其專利技術主要運用於江浙一帶，所以精選的稻種是被譽為“江蘇最好吃大米“的”“南粳46”。
選擇基地
水淹稻水淹稻米生產基地必須具備良好的生態環境，其溫度適宜、陽光充足、雨量充足、土層深厚、有機質含量高、空氣清新、水質純淨作為生產基地。同時要充分考慮相鄰田塊和周邊環境對基地的影響。為確保基地符合有水淹米生產的基本條件，基地的周邊環境（大氣、土壤、水質）必須經國家環保總局有機食品發展中心指定部門監測。大氣按照《環境空氣品質標準GB3095-1996》檢測，土壤按照《土壤環境質量標準GB15618-1995》檢測，水質按照《農田灌溉水質標準GB5084-92》檢測。同時基地周邊要有一定的防護措施，避免常規田塊的農藥、化肥和水流入或滲入有機田塊。另外採用養鴨除草和人工除草相結合的方式。
培育技術
水淹稻又稱水淹稻生態有機水稻，種植方法由江蘇猿人有機水稻種植公司總經理袁元榮帶領團隊潛心研究試驗而成。他們發現，低洼田水稻被大水浸淹後，總有一些田塊的水稻生長健壯、很少有病蟲害，產量有增無減。根據這一特性，袁元榮團隊採用水淹法、換水法、深水抑草法等歷經多次試驗，獲得“新型有機水稻種植方法”和“有機水稻種植過程中的草害防控方法”專利技術（專利號：ZL 2013 1 0464290.0）。該公司在長江兩岸不同地塊種植的生態有機水稻，不使用化肥農藥。據介紹，生態有機稻種植技術從種子浸淹石灰水開始，整個生長過程經過5次深水淹灌和快速排水，每次浸沒深度不同，能將稻縱卷葉螟、稻虱等害蟲淹死或隨水排走，減少水稻紋枯病和稻曲病的菌源。公司還專門飼養了500至1000羽鴨子，放養田間吃害蟲和草。不施化肥，水稻肥力不足怎么辦?在生態有機水稻種植區域，分布著3口直徑10餘米、深度1.4米的有機肥發酵池。公司從附近牧場運來豬糞，經發酵後通過高壓泵向田間噴灌。
水淹稻培養原則
水淹稻水淹稻米的施肥原則是：禁止使用一切人工合成化肥、植物生長調節劑和污水、污泥。必須創造農業生態系統良性養分循環條件，開發利用本地有機肥源，合理循環使用有機物質（經無害化處理）和農家發酵有機肥、餅粕等，建立起有機土壤的循環使用體系，從根本上保證水淹稻的品質及長久的種植。
