輪值主席
歐洲理事會實行輪值主席國制，每個國家任期半年。在每年的1月1日和7月1日輪換主席國。由輪換主席國的國家元首或政府首腦出任歐洲理事會輪值主席。
常任主席
歐洲理事會主席2009年，捷克法院裁定里斯本條約沒有違憲後，里斯本條約正式通過，歐洲理事會設立常任主席一職。2009年11月20日，歐盟27個成員國於比利時布魯塞爾舉行高峰會，選出首任常任主席，競爭者包括前英國首相布萊爾及荷蘭首相揚·彼得·巴爾克嫩德等人。經過選舉決定，第一任主席為比利時首相赫爾曼·范龍佩，2010年1月起就職。2014年12月1日，唐納德·圖斯克正式就任歐洲理事會主席，成為歐洲理事會第一個來自前社會主義國家的主席。
